2008/12/31

Wen Quan Yi——文泉驛

在電腦世界中,東亞文字的輸入和顯示一直是個很大的問題。因為漢字的特殊結構及編碼問題,我們有數十種的中文輸入方式 (雖然可以粗分為從音或從形兩大陣營),如正體中文世界中的注音、倉頡、行列、自然等輸入法,以及簡體中文中的拼音、五筆等等。而中文字在電腦上的顯示和排版一直是個令人頭痛的問題。在以前,一些不常見的字根本不可能在一般電腦上顯示得出,如下圖中的幾個字:


罕見字

就算是現在,仍然沒有一個中文字體可以顯示所有的中文字,也沒有一個中文輸入法可以輸入所有的中文。

免費和開放的中文字體有:
王漢宗自由字型教育部字體教育部全字庫字體螢火飛(firefly)字體、還有新近頗有長江後浪之勢的文泉驛字體。若是考量字體美觀度和應用,則王漢宗和教育部字體不錯;但若是考量能顯示正體和簡體,甚至是其他東亞文字,則 firefly 和文泉驛(文泉驛正黑體)是不錯的選擇。

在這裡,我想要說的是最近文泉驛在開發「微黑米」字體。只要是 有閒有能者,都能參與字體的開發。它有點類似 wiki 系統,只要按照它網頁上的簡易教學編輯點陣或向量字並上傳到開發資料庫,那麼,你所編輯的字體就很有可能會在最終入選到「微黑米」字體庫中。怎樣?會不會有種創造的衝動?那就加入文泉驛「造字」的行列,為免費中文字體貢獻自己的一份心力吧,反正以後你也會用得到。在開始之前,請先看一看簡介使用教學,很簡單的。

嗯,唯一可能會讓大家不習慣的地方是整個網站都是簡體版,不常接觸簡體字的人可能會很不習慣。我自已是從高中就接觸簡體字,所以沒有什麼問題。雖然簡體字很醜、缺了點正體字的唯美,而且會讓人聯想到日本文字 (個人觀感啦),不過,要學起來還真不是什麼大問題。剛開始只要按前後句猜字的意思,並按想像猜測,約一周之後就幾乎感覺不到滯礙之處了。



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2008/12/22

張大春之認得幾個字《剩》

張大春在中時電子報上的文章,如果是平面媒體的話,文章應該是會被放在中時副刊上的吧。不曉得這聯結多久後會失效,有空的人早早看完吧。

讀完他老人家的這一篇之後我才發覺《剩》字似乎真的有兩種意思。一種是「多餘」的,另一種則是「僅有」的,下面是節錄該文的第一段:

一定有甚麼哲學上的解釋能夠說明:中國老古人把「多餘的」和「僅有的」兩個全然不同甚至有些相對的意義概念卻用了同一個字來表達。

上面的文字是 copy&paste 來的,所以錯字不是我寫上的,相信也不會是張大春故意寫錯。作家畢竟不同於寫手,他們對文字會有一種特殊的要求。

所以回歸正題,在使用「剩」字時,究竟我們會不會從此就特別注意它在文句中的涵義?我想我自已最近會有這種現象,但久了之後還是回到原來使用它的習慣。語言雖然有規範,但總還是約定俗成地多,有些像是遺傳學中的變異特性。

寫這篇只是分享張大春的這篇文章。另外,記得國中時候在從圖書館中借來某書中的一篇文章裡頭看到有人特別將中文中的含有「打」一字的詞給列舉出來,那時候才發現「打」的用法/用處還真是多呢,它或許是除了「的」之外最隨處可見的字之一吧:架、鬧、理、車/的來、電話、水(別用竹籃啊)、從那時候、掃、臘、秋風、吃飯睡覺東東、算、算盤、氣、電腦(電腦不會壞,XD)……有些可能有意義上的重覆,我就不管了,反正就是舉個例罷了。



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2008/12/17

第二篇本土出品的 Cell 論文:嘗試揭開物種種化的神秘面紗

今天聽到實驗室的榮俊說中研院分生所助理研究員呂俊毅博士在 Cell 發表了一篇論文。

如果沒記錯的話,這應該是台灣第三篇純本土獨立研究後曾發表在 Cell 的論文了。第一篇中興大學某團隊因為其論文內容有作假,所以後來被退回;第二篇是清華大學江安世教授定位果蠅單一神經元的研究。而呂俊毅實驗室的這篇論文,則應該就是近期最有看頭的了。難得的是這篇論文是呂俊毅回國後兩年中做出來並發表的。這在中研院首頁也有相關消息。論文標題是:

Incompatibility of Nuclear and Mitochondrial Genomes Causes Hybrid Sterility between Two Yeast Species

Cell, 2008, 135(6): 1065-73.

順便給一張呂俊毅老師在分生所網頁上的圖:



論文內容我還沒看,不過,中研院首頁的公關簡介中提到了一個概念 (不是呂氏團隊首發,而是由 Dobzhansky & Muller 兩位在 1980 年代所提出的假說),就是不同物種之間所產生的後代 (指 F1) 之所以不孕可能是因為有一組「鑰匙和鎖」之間的特定基因產物無法配對。呂氏團隊所找到的看樣子也剛好是兩個分別位在酵母菌細胞核 (AEP2) 與粒線體 (OLI1) 中的基因。AEP2 和 OLI1 必需是來自於同一個物種才能使得子代具有遺傳能力,好玩的事是 AEP2 會調控 OLI1 的轉譯。我還沒看到原文,所以不清楚是倒底轉錄還是轉譯,不過不管怎麼說,AEP2 應該是進入粒線體中作用。目前不清楚其他物種的「鑰匙和鎖」是否也具有分別位在不同「遺傳物質庫」的特性,即分別位在「細胞核與粒線體」。

看到這兒,大家或許都會開始想像,如果在某不孕的 F1 子代中表現鑰匙或是鎖的基因,是否就會打破種和種之間不孕的藩籬?這樣一來,很多以前只在小說中才會出現的禁忌事物可能也會馬上跟著出現。這應該是繼複製動物議題後最具爭議的話題了吧。

當然,按照慣例,在酵母菌中看起來是這麼簡單的關係到了高等生物如老鼠或人類身上可能就比較複雜些,會多了很多調控的關卡。所以暫時應該還看不到獅虎或虎獅會生下獅虎或虎獅。

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2008/12/09

火警又來了

新聞一新聞二都是隨手從網路上選的報導。大抵是講述十二月六日在院方行政大樓因施工意外所造成的消防事故,並造成一名工人和一名研究員 (PI) 受傷。




而當天晚上九點,生醫所也傳出意外走火事件,消車來了,一堆住在附近的生醫所 PI 也來了,所幸這只是虛驚一場,只是有台零下八十度的冷凍冰箱跳電導致電線走火。人員也「被陸陸續續地疏散」,事實上應該說是一群沒有消防意識的傢伙們三三兩兩地步出生醫所。

新聞上說這是四年來第四起「有記錄在案」的火警,呵呵,這是一種文字遊戲,可能是定義或認知的不同。不曉得這是指在同一個行政區消防隊所接到的案件,還是「被白紙黑字記錄下來」的事件。事實上,這兩個月內就有四起消防事件,其中十月和十一月都是在分生所,而十二月六日的兩起,一個是在行政大樓,一個是在生醫所。這四起事件,消防隊都出動了大量的人力、物力——雖然其中兩起似乎算得上是烏龍消防事件,實在不需要出動消防隊員。所以,實際上這四年豈止四起火警意外。

再附上一張以前 (2006年) 所拍攝的。和十二月六日的火警規模不相上下:



其他相關照片在:http://picasaweb.google.com/lawaylab/RNALab#

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2008/12/05

Specifec Activity of radioactive transcripts

一直以來,計算 in vitro transcribed 出的 RNA 或經由 DNA polymerase 做出的、isotope-labeled DNA 的 specific activity 是我的痛。我一直沒搞清楚為什麼可以由已知 isotope input specific activity (micro-Ci/nmole)、DNA template (nanogram)、和用幾張 filter paper 上點的 isotope 的量 (cpm),計算得到 polymerase 所做出產物的 specific activity (dpm/microgram)。

今天 Lab Meeting 上被電之後,我到圖書館散心找資料,結果意外發現了一個好物,一條計算 specific activity 的公式:



Specific Activity 公式


出自 The condensed protocols from Molecular Cloning (Joseph Sambrook & David W. Russell, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2006) 一書。又是公式,沒錯。在我不應該沒有研究生樣地不想搞清楚 transcript 的 specific activity 到底怎麼得出來的時候,它還挺好用地。
Specific Activity 的單位是 (dpm/μg)。
公式中的其他項目是:
L:input radioactiv label (μCi)
PI:Washed/Unwashed value from DE81 filter paper
m:mass of template DNA (ng)
S:specific activity of input label (μCi/nmole)

而 DE81 filter paper (Whatman) 是要在 0.5M disodium hydrogen phosphate (pH 7.0) 中清洗。而我們 Lab 的 protocol 則是在 0.2M ammonium bicarbonate 中清洗。下次換成前者來洗好了,因為實驗室已經很少在用 DE81 法來計算 specific activity 了,而 protocol 則不曉得是誰抄自何處?

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2008/12/01

RNA-binding proteins and their interacting sequences

唔,這篇是用來記下一些腦子經常會忘掉但又常用的東西。

有越來越多的証據顯示 RNA-binding proteins 大多有其專一性結合的 RNA 序列,即便是 ESE finder 網站上的 SR proteins,也都有各自的 RNA 結合序列。以下的表格只是稍微統整一下手上的資料。以後若有更新的資料,我會再追加。



RNABP 和 RNA seq


RNA 序列是以 IUPAC 的符號來表示:
[A/G: R]、[A/T: W]、[A/C: M]、[T/C: Y]、[T/G: K]、[C/G: S]

在參考資料中,SR proteins 和 Nova 的 RNA 結合序列是由 SELEX 的方式得到。

參考資料:
Nature Reivew in Genetics, Vol 3: 285 (2002)
Nature Genetics, doi: 10.1038/ng.264 (2008)


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2008/11/27

homolog, ortholog, and paralog

這啥?

是的,這啥?每回在 paper 上看到 homolog/ortholog/paralog 等等的字時,就會開始在腦中尋找它們的定義。可惜,總沒記得住,以至於情況就陷入像是在『自己/已經』的字詞中,選擇『已/己/巳』三字裡的正確單字——我是用行列輸入法打字的,所以有這種情況出現。

今天,學長走來問我相關用法,而我又不是很確定。於是再次請教 google 大神,看看正確用法是什麼。簡單來說,homolog 是一般我們說的同源基因,也就是基因間有「血源關係」的意思。而 ortholog 呢?它是指『不同物種』間的基因,有源於共同祖源基因的關係,通常基因功能一樣,但又因為演化的緣故,使得在比較兩個 ortholog genes 間的功能時,會發現其中一個有 lost-of-function 或是 gain-of-function 的現象。最後一個單字,paralog 則是指基因間是由於 gene duplication 而來的,是『一個物種』內 genome 的複製產物,最後也有可能會演化出不太一樣的功能,但有時候其中一份會是 pseudogene。有幾個網站上的說明可以參考:參考資料一參考資料二

以下是一個簡圖,免得自已忘記。圖中是以 globin 為例:







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2008/11/23

Art as Flirtation and Surrender


In your light I learn how to love.

In your beauty, how to make poems.

You dance inside my chest,

where no one sees you,

but sometimes I do,

and that sight becomes this art.


最近有感而發……要說是發春,我也不反對。

這是一首中世紀伊斯蘭世界著名詩人「魯米」的詩,他似乎是號稱中世紀波斯三大詩人的其中一位,而其詩風近似詩仙李白。有關他的生平,請看參考資料一 (wikipedia),詩集部分請看參考資料二 (love poems)。立緒出版社有出過一本魯米的詩集,是由梁永安先生翻譯的,雖然翻得不好,詩意還是能夠從譯文中體會得到。不過因為中文翻譯的關係 (版權?),我就不放上來了。我不確定英文是否確實抓住了原詩的重點,因為我也不懂伊斯蘭話,更沒看過魯米原詩。



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2008/11/18

小學生看地獄變相圖

就在兩三天前,新聞和網路出現了小學生家長告老師告學校的事。這一次的事件不是校園肢體暴力,而是精神暴力。

事情發生在台北天母的一間小學,新聞報導指出學校的態度很強硬。事情地大概是說有位老師不知道在什麼情況下,異想天開地想要用播放地獄受刑的影片給小孩子看。該名老師大概是想要用比較婉轉的恐嚇法讓小孩子接受教化吧,結果沒想到可能是營造出來的氣氛太過逼真,又或許是老師太過小看娃兒們的想像力,結果是受驚嚇的一堆,連大人們也嚇到了。

這年紀的人通常還是無法理解平生不做虧心事,半夜不怕鬼敲門的。所以,老師的做法沒有其他解釋,就只能是恐嚇。就算他本來是好心,不過,就像騎白馬的不一定是王子而是唐僧一樣,好心也有可能辦壞事。

小時候,教堂裡也放過類似的圖片,電視中也常出現刀山火海的畫面——那是個還不大講究電影分級的年代。沒人控訴過牧師或電視台,可能是因為那時節的順民比較多,哪像現在一會兒紅衫,一會兒綠扁帽的竄出一堆,大唱白蓮紅衣野草莓。唔,扯遠了。我一向不喜歡老師強迫「教化」學生善惡的事,我比較傾向這種東西該是家庭教育的一環。小學老師該做的是教同理心,正太蘿莉正是好「教化」的年紀,多多讓小孩思考常站在別人的角度看待人與人相處的事應該會比在國高中教育要來得好多了。在教室上宗教課更是讓我感到噁心的一部分,因為那裡是創造一言堂的沃土。

我覺得受到驚嚇的父母們應該將重點放在老師的教育方式上,而不是該位教師在課堂上播放地獄變相圖的這件事上。會這麼做事的老師,平時的精神威壓可能就已經不知不覺地影響了小孩子,以壓抑的方式來達到控制的目的,很可怕!

2008/11/11

中研院分生所再招災星

中研院分生所在十月十三日發生頂樓失火事件 (有圖為証),那時候還是居高臨下的「雞蛋中心」(基因體與蛋白體研究中心) 深夜留下做實驗的人拍到的,消防車也是他們在看到分生所頂樓失火後打電話報警叫來的。 今晚,災星再次照耀中研院分生所,儘管因為寒流來襲,整天都在下雨。

今晚約六點半鐘,我和育修及沛之從實驗室走出,到老家牛肉麵館吃「ㄅㄧㄤˋ ㄅㄧㄤˋ 麵」。在等待上麵的時候,忽然聽到消防車警鈴大作的聲音,不是由遠到近的那種,而像是突然在耳邊響起。隔壁桌坐著四個看樣子也在中研院工作的人,其中一人就說了,「這麼近還要鳴笛?喇叭按一按,大門警衛就會放進去了。」大門警衛怎麼樣都不可能會攔下消防車的吧,何況消防車按喇叭也是規定要這麼做的吧,我心裡這麼想著。不過,中研院大門離台北市消防局舊莊分局才約百又五十公尺之遙。當時,心裡以為發生事故的地點是在院外,隔壁桌的人可能只是隨意猜想罷了。

等到吃完麵回來,也沒注意到分生所前面的消防車,天很黑,院內又沒有多少亮著的路燈,而那時也只是低著頭躲小水窪和躲雨。臨近生醫所大門,看到一堆人站在玄關,還以為他們是做完實驗要回去,站在生醫所大門外只是想等雨勢小後才動身。直到十點半鐘,從生醫所走出來才發現隔壁的分生所外站著一堆人。嗯,真的是一大堆人,還有兩三部消防車,分生所外頭還拉了像是警匪片中會有的封鎖線。就連生醫所外也停了一部消防蓄水車和一部名為「宇宙一號」的台北市消防局救護車。這時才知道消防車的目的地是多災多難的分生所。

向生醫所那位喜歡和美眉聊天的夜間警衛之後才知道事由。原來,在傍晚時,分生所傳出不明氣體外洩,於是消防車來了,分生所內的人被迫徹離,環保局的稽查人員也來了解原因。因此,分生所的人不是因此而回家就是在外頭痴痴地等。

等我走回租屋處才發現自已早上出門時又忘了將鑰匙給拿出來。於是又走回中研院取備份鑰,再次走出生醫所時已是晚上十一點半左右。這才看到分生所外的消防車正準備徹退,而分生所的人也陸續回到那多災多難的建築物裡。這一夜,還沒 結束呢。


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2008/11/06

什麼?沒辦法用 IE 看!

嗯,這次的主題就是為什麼老外的部落格沒辦法用 IE 觀看呢?

正確來說,是部落格的主頁沒法子用 IE 來觀看。反而是單篇文章的頁面沒什麼問題,點選分類標籤之後的文章列表頁面也沒什麼問題。那為什麼部落格首頁卻有「瀏覽不行」的問題呢?

這個特殊瀏覽器無法閱讀的問題是  米拉羊大人告知的。她說沒辦法打開,當時,我還以為那是因為我正在編輯文章頁面的緣故。而且,用 FirefoxOperaSafari 打開都沒問題。因此,問題是出在 IE 上。為什麼會這麼確認是 IE 而非只是  米拉羊大人的 IE 有問題呢?原因是因為我用其他電腦的 IE 也無法正常閱讀。不過,奇怪的是在用 IE 開啟 http://lawaymayaw.blogspot.com/ 這個網頁時,它會正常 loading/載入,等到載入完後就會跳出一個視窗說「 IE 閱讀不行」,並提供一個確認鈕讓我按下。等按下後,IE 就關閉了。這說明了是 IE 的零件有問題,網頁能正常載入,可不知為什麼就是不和,然後 IE 因此不爽快而自動關閉,雖然 IE 仍會試著和使用者溝通說它不行了。

因此,這告訴我們,使用 IE (至少是 IE 6) 無法正常說讀我的部落格,而且,有一些我網頁上的效果沒辦法顯示,這些效果是在其他瀏覽器上都可以正常顯示的。大家還是別用 IE 了吧。至少不用 IE 6,把 IE 升級到 IE 7 吧,或者在不久的將來把它升級到 IE 8。相信它在比較支援網頁標準了之後會比以前的版本好。

當然,我會希望用 IE 7 或 IE 8 觀看我的部落格時也能和使用 FirefoxOpera 或是 Safari 一樣能正常閱讀。


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2008/11/05

FancyZoom,讓網頁秀圖更夢幻

這是一個透過 javascript 來執行的網路秀圖「動畫」。在網頁上展示的的圖上點一下,縮圖就會變成原圖大小,或是自訂的尺寸大小。如 Eureka! Science News 網頁上所顯示的秀圖效果一樣。

對我而言,這種效果很吸引人,而且在網上衝浪時可以不用換頁。小圖只要點一下就會變成比較清楚的大圖,而放大的圖再點一下又會變回原本的縮圖,很是方便。其所佔版面也比較小。除了在上述的新聞網頁上能看到這種效果之外,在 Apple 的網頁上更是好看。在經營網頁/部落格後,看到這種令我驚豔的效果,自然不會忽略掉,因而開始著磨要怎麼弄到相關的、現有的原始碼放到個人網頁/部落格上。

請 Google 大神幫了個忙後發現,這種秀圖方式有很多種。有些是用 javascript 就能解決,有些網站則是一不做二不休地用更加炫爛的 Flash 來製作。我根本不知道怎麼弄 Flash ,也沒有相關軟體,太貴了不想買。而 javascript 則是能對照著看懂一丁點兒。於是乎,在權衡了一下便決定以 javascript 來達到效果。網路上主要有 Lightbox 和 FancyZoom 兩型,這倒不是因為效果類型是這兩型發展出來的,而是由於我個人主觀地在觀看了許多網頁秀圖效果後所得到的粗略結論。

LightBox 系列主要是縮圖在放大時是一塊白色塊出現,然後向左右,向上下展開白色區塊,等到區塊放大到能容納圖片大小之後,圖片就秀出來了,此時的網頁是相當於圖片的背景,而且是除了放大圖之外整頁呈現暗色。至於 FancyZoom 一類的,則是從縮圖就直接放上到原圖大小,或是指定的大小,放大的過程中圖案一直都顯示著,而且是呈現半透明的顯示效果直到放大過程結束,網頁本身並不會呈現暗色,圖片四週有像是半透明的陰影。當然,暗色背景什麼的是可以在 script 上調整,並不一定說某種風格並是屬於哪一類。

網友憂藍夢境的部落格上搜集了一些 LightBox 類 javascript 的相關資訊,或是直接到 Lightbox 2 網頁上找尋資料。至於 FancyZoom 則是可以到 Cabel 的部落格上下載其 javascript 來使用。下載的檔案要再修改一下 CSS 檔或 javascrpt 上的檔案路徑,免得瀏覽器在讀取時找不到關聯的檔案。而安裝方式就如 Lightbox 2 或 Cabel 網頁上說明的一步步按順序來裝,很簡單的。我自己是用 FancyZoom 效果,很有蘋果風。

下面便秀兩張網站的截圖:
LightBox 2FancyZoom

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2008/11/04

大有深意的 Unix/Linux 指令

最近在網路上,有人介紹了一部好玩的影片,內容是一個傢伙跑去紋身。

他老兄紋的不是圖案,而是一堆文字/符號。好玩的地方在於,只要熟悉 Unix/Linux 的指令,然後再往邪惡一點的方向想,就能知道這段文字/符號中所想要表達的故事/意思了。

absinthe@havoc:~$

who | grep -i "brunette" |
talk; cd ~; wine; talk; touch; unzip; touch; strip; gasp; finger;
gasp; mount; fsck; more; yes; gasp;
umount; make clean; sleep

Code is art

而影片本身其實並不好看,可以上 YouTube 中找到 (只是看到標題就能猜得到內容,上傳影片的傢伙真不專業)。

(內容挺邪惡的,有些兒少不宜,請注意。)

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2008/11/03

粗略整理一下 Mac 上的好用資源

稍微整理了一下現在電腦上的軟體。
大多是免費取用,所以不必擔心版使用上是否違反著作權等的問題。除了一些真的很不錯的軟體之外,其他都有免費版本可用,而且對於一般使用者來說也用不到付費版的功能。因此簡單地列了個清單在這兒,免得我以後升級或重灌時忘了。

/* -- 網站集合 -- */
* Apple Software for Science
   http://www.apple.com/science/software/
   一堆可以在 Mac 上使用的軟體,有些免費,有些要註册使用。
* Mekentosj
   http://mekentosj.com/programs/
   其中的 4Peaks, EnzymeX, iRNAi等是好用的分析工具。Papers 是超值的 PDF 檔瀏覽和管理工具,你可以下載試用 30 天,可自動到 PubMed 下載該 paper 相關資訊,值得購買。其他是免費的。
  iPaper
   http://ipapers.sourceforge.net/iPapers.html
   另一款和 Papers 一樣的 PDF 管理和下載軟體。我是覺得沒有 Papers 好用。
 其他介紹 PDF 管理軟體的網站
   http://blog.vgod.tw/2006/08/21/mac上的PDF管理工具/
   http://blog.roodo.com/droger/archives/2894381.html
* Mac-u-konw
   http://www.macuknow.com/
   算得上是一些基礎實用大集合,很有用的一個網站。
* Mac 軟體和更新網站
   http://www.pure-mac.com/index.html
   http://www.macupdate.com/
* 一堆免費軟體大集合
   http://www.opensourcemac.org/
* 專門介紹 Mac 軟體的 Blog
   http://applewoods.org/
* 一堆部落格
   我愛吃蘋果
   http://www.mobile01.com/topiclist.php?f=177
   蘋果核
   http://blog.roodo.com/appleseed
   麥克迷
   http://macfansclub.blogspot.com/



/* -- 軟體分類 -- */

** 瀏覽器
   Firefox http://www.moztw.org/   -->推薦使用 (和網頁上有美女無關....)。
   Opera http://tw.opera.com/
   Nally http://yllan.org/mac/Nally   -->Leapard 上的BBS軟體,很好用。

**
MSN 軟體
   Adium http://www.adiumx.com/    -->推薦使用。
   aMSN http://www.amsn-project.net/
   Mercury http://mercury.im/
   
** 圖片編輯和繪圖軟體 
   GIMP http://www.gimp.org/    -->推薦使用,免費,以前號稱是 Linux 界的 Photoshop。
   Inkscape http://www.inkscape.org/   -->推薦使用,免費,好用向量圖繪製軟體。
   (以上需要加裝 X11,這應該在安裝光碟的第二片中可以找到。預設中,系統安裝時不會安裝這一個)
   ArtRage http://www.ambientdesign.com/   -->推薦使用,免費版有功能限制,但無日期限制。
   Seashore http://seashore.sourceforge.net/   -->相當於簡易版的 GIMP,不需加裝 X11。
   Pixen http://opensword.org/Pixen/   -->相當於 Windows 上的小畫家,但功能比較多。
   
** 文書
   OpenOffice http://www.openoffice.org/   -->可完全置換 Microsoft Office。但是簡報軟體,我覺得還是 Mac 上的 Keynote 比較好。而 Word 可以與 Endnote 結合,這是我買 Office 的原因。
   NeoOffice http://www.neooffice.org/neojava/en/index.php -->以前是因為 Openoffice 沒有 Mac 版才發展出來的。現在有 Mac 原生版 Openoffice,所以我不大推薦。
   Abiword http://www.abisource.com/   -->簡易型的 Word。
   Bean http://www.bean-osx.com/Bean.html  -->超好用的 Word 簡易型替代品。
   Plot http://plot.micw.eu/   -->數據製圖。
   GnuPlot http://www.gnuplot.info/    -->類似 Plot。
   Skim http://skim-app.sourceforge.net/   -->Preview 在閱讀 PDF 的替代品, 比Adobe 小巧, 但不巧的是中文說讀上會有些問題。
   
** 多媒體
   Mplayer http://www.mplayerhq.hu/design7/dload.html
   VLC http://www.videolan.org/vlc/    -->可以部分取代 QuickTime, 尤其是某些檔案無法打開始很好用。 也可以讀取 flash 檔。
   Perian http://perian.org/   -->讓 QuickTime 讀取許多不同格式的影音檔案。
   RealPlayer http://www.real.com/
   Flip4Mac http://www.flip4mac.com/    -->讓QuickTime 可以讀取 windows media 專屬格式的檔案。
   Audacity http://audacity.sourceforge.net/    -->編輯音樂,支援多音軌製作。
   
** 遊戲
   Goban http://www.sente.ch/software/goban/    -->Mac 圍棋軟體,可連線對奕,亦可單機自娛。
   Gomoku http://mac.deray.org/Gomoku.html     -->五子棋。
   Supertux http://supertux.lethargik.org/     -->瑪莉兄弟企鵝版。


** 其他
   日誌軟體 http://journler.com/
   ArtText http://www.belightsoft.com/products/arttext/overview.php     -->可以弄些很好玩的字體,會輸出成圖檔。
   Cyberduck http://cyberduck.ch/    -->FTP 軟體。
   RAAViewer http://web.mac.com/rlivingston/Site/Radiology_Anatomy_Atlas.html     -->用來看人體解剖的軟體,免費。可用以教學。

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2008/10/31

以標籤雲來顯示文章分類標籤

一直以來,我都很羨慕其他人部落格上的分類標籤是以文章分類頻率的多寡來顯示其大小,而不是以字母順序或是以文章分類頻率來條列式呈現。

Blogger 上的分類標籤可以選擇要不要顯示,到版面配置下的網頁元素中選擇新增小工具,然後就能在預設選項中找到是否要新增分類標籤的小 widget。只是預設的顯示方法太占版面了,我更喜歡將所有標籤擠在一塊兒,然後以部落格文章分類的頻率大小來顯示分類標籤,如此一來更加顯眼和簡潔,這即是所謂的標籤雲 (Label Clouds) 顯示法。Blogger 上預設的小 widget 上沒有標籤雲的選項,害我還很納悶的認為 Blogger 是不是真被 Google 給買下了,怎地連這種好的小東西都沒得用?還是說它真是個小東西,小到 Google 也注意不到?要不然就是我沒找到....

新增小工具中的小工具還真不是普通的多,我只能在上面用搜尋的方法找找有沒有可以將分類標籤顯示成標籤雲的小工具。沒想到這麼多小工具當中還真找不到,真是的。後來沒辦法啦,還是得請出 Google 大神出來幫忙才搞定了。我找到的是這個網頁中的方法,Label Clouds for Blogger,是 Josh's Note 上的一篇文章,他也是參考了別人的文章寫成簡單易懂的中文介紹 (雖然我不是很喜歡他部落格的排版)。基本上是一步步地照抄他文章中說的方法就行了。唯一不一樣的是最後一步:在我的 html template 中找不到那一項....

而事實上算是有的,只是內容不大一樣。因為我早已將分類標籤給加入部落格中,所以幾個值的設定不大相同。總地來說,我是把原來分類標籤中的所有原始碼都換成 Josh's Note 上的原始碼就大功告成了。

在他描述的第二步,也就是那一段在 ]]></b:skin> 和 </head> 之間的 javascript 上可以修改標籤雲的字體大小和字體顏色,還有,是否要顯示分類次數等等的設定值。

2008/10/28

天才抑或「慣犯」?

這是一部取自 YouTube 的影片。說牠是慣犯似乎有些不公平。不就是一只靈犬嗎?我可能想太多了。看過影片後不得不佩服牠,真乃犬界智勇者。
不過,有人回應說他不會覺得如何,因為狗狗沒有把牠的同伴救出來。真是夠了!





這影片「害我」想到家裡以前養過的一只雜種台灣土狗,她叫

她從出身就是一身深紅,有點紅到發紫的味道。所以老爸在把她從鄰居的狗群中抱回來的時候就被叫做小紅了,當時的我應該還在唸幼稚園吧。
印象總是有過多的美化和醜化,但是我「寧願」相信小紅在記憶中被美化了的部分,因為我對她的壞印象似乎也不多。
她很黏人,總喜歡將爪子和舌頭往我身上招呼,臉是不可避免的。我在想我的初吻是不是在那時候就已經沒了。
對我家人不大會吼叫,見到自家人也喜歡搖尾祈憐,喔不,是表達興奮之意。但對陌生人就不是那麼好了,會用低吼和瞪視法對著她不熟的人,直到我們叫她名字,她才似乎會意似地自顧自的不理人了。當有其他狗或貓侵犯了她的勢力範圍時,印象中她會立刻沖了出去趕人,嗯,是趕狗。偶爾,我也會和她一起跑去趕人,嗯,是趕狗....還挺好玩的。
就算餓了,也只會在食桌旁呆看著進食中的我們。和我一起外出巡視我童年的「國界」時也只會興奮地在我身旁轉來轉去,或是在一旁玩她自個兒的。叫一聲「小紅」,她又會馬上跑回我身邊。有時候,她會走到身旁靜靜地趴下伸舌頭,現在想來,頗有些麻吉麻吉的感覺。
曾經有一段時間,我看到路邊的野狗或是沒事亂吠的別人家的狗就很瞧不起牠們----瞧看這話說的....我的意思是說,還是我家的小紅好,端莊,賢淑。

小紅有很多「英雌」事蹟,到現在還牢牢地刻在我地腦海。
有一回她自個兒出去玩,不曉得怎麼一回事被大貨車給捲進車底下去。這還是其他人告訴我們的。原本還以為小紅就這麼走了的老爸趕到現埸時才發現她自己靜靜地臥在路旁。肇事者當然早不在現埸了。老爸只得將她抱起來帶回家裡去。我和妹妹是到了放學回家時才知道小紅出事了,當時難過得要命,比我的玩具被生氣的老媽因為我不聽話而全部丟到河裡去還難過。還好,好像沒有骨折什麼的事傷害,在經老爸簡單包扎還有短暫地休養後便痊癒了。從那時候起,她似乎比以前沉靜了,更像個獨行女俠。
在鄉下,要是別人家的狗兒踩盤子到其他家去,一律會被其他家的狗兒追趕。輕則趕出勢力範圍就罷了,重則被眾狗圍歐。狗兒也是會搞幫派的。聽說有一次她不小心逛到其他惡勢力地界,被眾狗追趕,在迂迴了幾下後發現前有兩三公尺寬的河橫擋,後有惡犬急追,權衡(?)了一下後便直往河邊沖,然後一躍而過。其他的追兵們只得望河興歎。我在同學描述了之後,頗感自豪,彷彿自個就如同小紅一般地英勇,完全不將眾犬們放在眼中,也不認為「區區」兩三公尺寬的小河能難得倒我,輕輕鬆鬆便可跨過。小時候不懂事,所以會這麼想。我想,沒人會以被狗追自豪的吧,也沒人會將自己代入情境似地當自己是條狗吧,XD,我真的這樣想過……

小紅的最後一刻我在她身邊。那是星期日的早晨,當天我並沒有上教堂,那應該是我第一次很清楚地憎恨神衹。
那時候的她不曉得懷孕多久了,腹部龐大。不過,早上起床後我聽到怪聲從她的小窩傳來,有點像哮喘,有些尖銳,又很急促。待我找到小紅的時候,她幾乎無法張開眼睛,還任我摸她的頭。以前她懷孕還有剛生下小狗仔時,還挺兇的呢,就和小學班上最嗆的女生一樣兇。只是,不知道怎麼一回事,我就是知道她很難過。爸媽當時正在忙其他事,我手足無措地不曉得要找誰來幫忙。後來,在我正揪心時小紅就生下幾個包膜樣的東西,黑綠黑綠的樣子很是嚇人。而這時候的小紅幾乎是沒在喘氣。果不其然,沒過多久小紅就動也不動地趴在地上,任我如何搖都沒友應。
趕忙將爸媽找來之後,才知道她去逝了。我不大清楚當時有沒有哭出來,只記得自已好像少掉了什麼很重要的東西似地非常難過。
後來,我找了鄰居的一位同年玩伴,哀求他不要上教堂,同我一齊到海邊將小紅給葬了……

之後近五年吧,印象中家裡沒再養狗。

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CrossOver 免費下載 (限於美國時間的 10/28 號)

CrossOver 是一款能讓 Mac 或 GNU/Linux 系統跑 Windows 軟體的平台。它是基於 Wine Project 而做的收費軟題,很貴。難得這次有傢伙當好人.... 詳細內容請參考下圖:
或是連上官方網站: 解說內容有點搞笑。 只有一天的免費下載期,要把握時間喔!!

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2008/10/27

Mac 影音轉檔--摘取影片檔音訊

(整理自台大批踢踢實業坊BBS,Mac板)

1. 以 QuickTime Pro 打開影片檔,然後在 Windows 下選 Properties,出現如下的圖。
    將 Video 勾選掉,留下 audio,然後轉成音訊檔即可。在此,我成功地轉換了自網路下載的 EOL 的 flv 影片檔成音訊檔。




2. 以 ffmepegX 打開影片檔。在此,我也是以 flv 檔為試驗對象。
    在 output target 處選擇 mp3 或其他音訊格式,最後按 encode 即可。



3. 有人建議使用 garageband,然後和 quicktimePro 的方法一樣,刪除影視檔而留下音訊檔,最後另存新檔即可。不過,我沒能比試成功。

4. 也有人說用 MpegStream Clip 打開影片檔,然後可以 export audio。結果我也沒試成。

5. 我嘗試著用 VLC 輸出時,發現它也可以輸出音訊,但是不曉得怎麼一回事,都會有個 error 訊息跑出來。

還好,有 QuickTime Pro 可以使用,不必再花大錢想著要 extract 影片中的音訊來用。而且音訊檔弄出來了之後,還可以用 Audacity 這個免費軟體來編輯。

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2008/10/22

投影片的模版

以前在使用 Office 的 powerpoint 時,我常常在第一時間先考慮模版該用哪個才會心情為之爽快。雖然重點應該是放在內容和描述方法上才是王道,不過,身為「外貌協會」分會成員的我,還是很容易偏向以美美的模版來彌補先天上的內容缺限....XD

後來,在離開微軟的行列之後投入了 OpenOffice 的陣營,雖然目前我覺得 Apple iWork 的 keynote 比起 powerpoint、impress (NeoOffice)、或 presentation (OpenOffice) 都好用得多,而且轉場效果非常之吸引人。Presentation (OpenOffice) 內設的模版比 Powerpoint (Office) 的還少,而且又陽春,介面更是不夠討喜,播放時又沒有後者來得順暢。只是,看在它是開源碼而且又可以免費取得的份上,就....只好接受吧。所幸,新版的 Presentation (OpenOffice 3.0) 比起先前的版本要來得輕快,而且介面美觀得多,模版又能令人為之一亮,加上它依然可以免費取得,檔案格式更是通過了國際標準組織的認証,不用它豈不是太對不起自己了?

大多數的人都喜歡有現成的模版可以套來用用,網路上若有人提供漂亮又好用的模版那更是大快人心,美其名為物盡其用,實則不勞而獲....XD
下面便稍稍整理一下這些網路資源,免得自己都忘了還得白忙活:

For Presentation (OpenOffice):
OOExtras: 含有許多 openoffice 可用的模版和 icons 等等。
OpenOffice.org Extentions: 官網上的可下載模版,不過大多是內建他國語言。其實是可以不用管是否有其他國家的語言,照用不誤。
Taiwan 2.0: 內容在介紹如何自製 Presentation (OpenOffice) 模版。實用性高,這方法還可以套用在 Powerpoint 2003 的母片上 (我套用過)。
Chih-Hao Tsai: 蔡先生的網站上有很多可用的範本,漏掉可惜。蔡先生是上項聯結 (Taiwan 2.0) 的作者。

For Powerpoint (Office):
Sonia Coleman: Free Powerpoint Templates for Micro$oft Powerpoint. 顧名思義。
Templateswise: 100% Free Powerpoint Templates。不曉得它強調 100% 作啥?
Micro$oft Office: 微軟官網上就有一大堆可用於 powerpoint 的模版,而且,還不用擔心會有格式問題(?)。嗯,我是沒碰過有問題的模版啦。

原則上, powerpoint 上的範本是只能給有買 M$ Office 的使用者使用的,好像是因為一些法規問題限制。不過,大家可以「合理」使用。當然,網路上免費的範本是可以自己在 powerpoint 和 presentation 上互轉的。這也許是為何有些網站會標榜其模版為 100% Free 的緣故了。若是害怕這些法律問題,不用微軟提供的範本就好了,要不然,轉換到 OpenOffice 上吧!放棄微軟吧!



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2008/10/16

Adobe Flash Player 10 出爐了

嗯,難道我真是個宅男,連這種東西都要寫?還是只是為了寫東西不得不抓些垂手可得的東西抵數?

其實,都算啦!

Adobe Flash Player 10 聽說會盡量使用 GPU 來運算有關圖形的部分,相較起來,比起以前的版本對於 CPU 的負擔算是少得多。這個消息對我來說很不錯,因為我的 PC 上用的顯示卡很普通。而且,它對 GNU/Linux 的支援也比起以前的版本好多了。所以,用之何樂而不為呢?看 YouTube 時,CPU 風扇應該會比較小聲一點了吧?

若想知道更多有關 Adobe Flash Player 10 的新功能,可以到 ZDNet Taiwan 看看,或是上 Adobe 的官網閱讀更詳盡(更看不懂)的解說。

請享用!

補充 (2008/10/22):
我的 PC 是 AMD64,上面灌的是 OpenSUSE 的 Linux 發行版,原本的 flash player 是 9.0。而新版 flash player 10 給 Linux 的 plugin 是 32 位元版的,和我的系統以及瀏覽器都不合,所以前一陣子都沒有更新過。
後來,有幸在網路上找到同為 openSUSE 使用者的部落格,黑眼珠2 幾乎很仔細地描述了 AMD64/OpenSUSE 系統上安裝的方法,按圖索驥也就能正常使用了。在我的電腦上真的感覺到新版 flash player 的暢快和平順。快下載使用吧。

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ScribeFire 上傳圖片無法以聯結顯示

最近才發現一個有點嚴重的問題,是以前在 Blogger 線上寫 blog 時不曾發現的。

在線上寫 Blogger 時,上傳的圖片或是經由網路所聯結上的圖,可以在線上選擇大小,而且圖片會以聯結的型式呈現,雖然它只有三種大小可以顯示。在用 ScribeFire 離線寫 Blogger 時,圖片大小可以自由修訂,但是上傳後的圖片卻不再是「外聯」,而是「內建」。可聯的圖可以讓頁面長度小些,想要看大圖的人可以點選圖片另開新分頁/新視窗見大圖。而「內建」就無法改變大小了。

當然,這是「所見即所得」式編輯所造成的不便,若會使用網頁原始碼直接寫 Blogger,這種問題應該不存在。只是這樣一來要花的時間就變多了。有點兒討厭。

另外,最近有越來越多的網頁在顯示大圖時,會由小圖經由動畫呈現出大圖來,很炫!我也想要。不過,估計這要修改我 Blogger 的模版源碼了----唉,要什麼時候才能學會呀?

ScribeFire 目前並不支援多人編寫 Blogger 的同一個 blog。還挺可惜的,不然的話可以讓許多人使用同一台電腦或瀏覽器上傳文章應該是件不錯的事。或許原作者有些安全上的考量吧。

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2008/10/15

Human papillomavirus (HPV)

其實,我要說的不是 HPV,而是 HPV type 5 E2 protein。碩士班剛入實驗室時,老師要我試著在 cell line 中表現 HPV-5 E2 蛋白。於是乎,我便做了兩個 expression plasmids 好在 Tet-off/Tet-on system 中表現這個蛋白。一般來說,和人類癌症比較有關的是 HPV-16 和 HPV-18。而今年諾貝獎得主當初發現的正是 HPV-16。我們之所以選 HPV-5 E2 是因為這個蛋白質上面有很長的,喔不,是非常長的 SR-rich region (RS domain),比一般 SR protein 上的 RS domain 還要長。老師本身就對 SR protein 很有興趣,所以才會做到這東西。否則,再怎麼樣都不大會和病毒打交道,即使只是它的其中一個基因產物。而我沒做出來。在實驗室常用的 Tet-off HeLa cell line 中無法表現出來。我本來很鬱悶,結果,在聽到了其他實驗室成員 (當時是諸位學長與學姊) 也沒能用其他方法在任何 cell lines 上表現出來之後我就比較寬心些。後來,我就換題目了。到現在,好像也沒聽說有哪間實驗室能做出可以表現 HPV 的 cell line。真是難搞!嗯,其實,我是想要在這一篇文章中打廣告:


這個組織在本月份的 23~25 日,於陽明大學舉辦研討會。其中,就有一個 section 將討論有關 RNA 的東西。這對我們研究 RNA 的實驗室來說是個相當難得的會議。有興趣的人就來聽聽吧。我們老師和她博士班時期的老闆,中研院分生所的鄭淑珍老師,在這次會議上都會給個題目發表演說。

上個星期就聽老師說到這會議了。只不過,在陽明大學的首頁和研討會訊息的相關聯結中一直找不到有關會議的一點訊息。反而是在有人到首頁上的「國際交流中心」聯結才在一個不起眼的角落中找到它的蹤影:





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2008/10/13

蟯蟲病毒

今天看到一則令我感到好笑又好氣的新聞。原圖是從 Yahoo!/奇摩中時電子報上弄下來的。


iiiii



話說,一直以來我只聽說過蠕蟲病毒 (事實上一般認為蠕蟲和病毒是兩回事),從沒聽過「蟯蟲病毒」這東西。下回不曉得是不是會多了「鈎蟲病毒」、「線蟲病毒」、「滴蟲病毒」。說不定還有「電腦後天防護不全症候群」的病毒出現呢。

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Install Gimp-2.6

以下僅為個人安裝新版 GIMP 的過程,是 Linux 小白的白癡安裝法。

GIMP-2.6 是繼 2.4 版後的最新版本,最近才發佈。

在 openSUSE 11.0 的 official repository 中只有 2.4 版。所以,我先是下載了 2.6 版的原始檔。在嘗試著編譯的過程中,想當然地會免不了需要我再安裝其他的必需檔案,所以,在正式編譯之前,我花了一些時間透過 yast2 下載並安裝那些必需檔。在看過了 INSTALL 上的說明之後,我發現我得要先把已安裝的 2.4 版給移除才行,要不然,試著將新 gimp 的 prefix 設在其他地方也行,如後來設定成 --prefix=/usr/local/bin。在我嘗試著由 yast2 移除 gimp-2.4 的摩門特,它竟然想要偷渡 gimpshop。這當然不行啦!所以,後來我才會想讓新舊版的 gimp 都存在在電腦裡。

OK,在花了將近一小時 configure、make clean、make 和 make install 之後,gimp-2.6 binary 檔果然出現在 /usr/local/bin 中。我以為這樣就行了。結果,原來的 gimp-2.4 是能夠正常開啟,gimp-2.6 卻遭遇到了 libgimp dependency 的問題。 電腦告訴我,開啟 gimp-2.6 時所用的不應該是 libgimp-2.4.x 的版本。我愣了一下----上哪兒找 libgimp 檔呀? Yast2 上根本沒這傢伙啊。

在 google 了一陣之後 (keyword: "suse, gimp-2.6"),發現一些國外論壇提到可以在 openSUSE 的資源庫 (repository) 中找到新 gimp-2.6 的 rpm 檔。在我興沖沖地下載了這些 rpm 檔後,我又傻眼了,因為它們 (rpm 檔) 有相依性問題 (dependency),而我不大懂得要怎麼解決這東西。所幸,後來又找到一種方法,openSUSE 的 one-click installation。在 openSUSE 的 software search 網上找 gimp-2.6,就能找到無痛安裝的方法。更!害我白花了一個小時在搞升級。原本還以為會有點兒進入自由軟體世界悠遊的自信心,結果,這地方果然不是隨便什麼人都能進來的。
還好,最後還是裝好了。下面秀些圖:
這是開啟過程

這是編輯圖時的樣子


雖然 2.6.0 的正式版在本月初就發佈了,不過,官方網站上卻已經有 2.6.1 版供人下載。可能有些小問題存在,所以這麼快就發了更新檔。


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2008/10/11

[網站簡介] LinuxTOY


自從灌了 GNU/Linux 之後,我便經常地需要逛些有關 GNU/Linux 的論譠或是發行版的官方/非官方網站。一來是這個作業系統在操作上不是那麼平易近人,而且,對於中 Windows 毒頗深的人來說,軟體硬體上的「經常性不支援」也是個令人頭痛的問題。所以,上網找答案或是找個「好人」是解決問題的方式。

對於一個相當於是宅男的人來說,自是 DIY 會比較自然些。可以網海無涯,要上哪兒找有意義或者是一針見血的評論或帖子呢?除了 google 排行在第一頁的那些網站有機會成為正主之外,一些相關文章的聯結更會透露出個蛛絲馬跡來。

LinuxTOY 是我常逛的一個論譠,一個大陸人弄出的類似部落格的地方。經常會有關於 Linux 的相關新聞出台,包括軟體的更新。比起 Linux Today 這個芵文網站來說,LinuxTOY 相當地簡潔,幾乎只講重點,而不像 Linux Today 一樣有時廢話一大堆。



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2008/10/07

Adenovirus type 5, E1A: splicing patterns


很多涉及 alternative splicing 的 RNA-binding proteins 實驗都會選一些古早時期便在使用的 splicing assay minigene 來當作 general effectors。例如 adenovirus 的 E1A minigene, 或是 nucleolin 1 (NOL1/P120) 的 intron F minigene 等等。E1A 常表現出的是所謂 9S (distal), 12S, 以及 13S (proximal) 的 splicing patterns (見下圖)。不過,偶爾也會有極少數的 10S11S 的產物。

為了讓自己好找,所以在參考了原始 paper 給的資訊,加上實驗室經過定序之後的結果,我將 splicing patterns (圖摘自 EMBO journal, 1987, 6: 2027) 中在 splicing junction 兩旁的 exon sequences 給畫在 splicing patterns 圖上,一目瞭然 (其實是懶得再重畫一張美美的)。我們實驗室用的就是 human adenovirus type 5 的 E1A minigene。

E1A splicing patters
Type 5 Human Adenovirus E1A Splicing Patterns


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2008/10/03

[網站簡介] Eureka! Science News

Eureka! Science News 這個網站是我從科景 (Sciscape) 網頁得知的。其他介紹內容可以點選科景的網頁連結觀看。按科景上的消息來看,這網站是一位加拿大人 Michael Imbeault 在就讀於 Universite Laval 研究生時所做,網齡還不到一年。

網頁內容主要是呈現最新科學新知為主的新聞介紹網站。不曉得會不會被告。因為它是用機器人去科學雜誌網站上抓各類科學新聞下來,然後秀在自家網站上,而不只是列出新聞出處而已。由於這個網站上的新聞是「即時」公告的,所以,理論上來說,新出爐的科學研究可以很快地以平民化的語言周知大眾。有點兒像是 Scientific American 的新聞,只是少了類似回顧/評論之類的專文,可以將它看做是進階英文版的科景。這個網站內容包含有 Science, Nature, NASA 等知名科學雜誌或組織的新聞,因此,非常具有可看性。

我呢,則是把自己的 Firefox 首頁設成 e! Science News。實驗室開會時會有新論文介紹,所以,可以將它當做是參考來源,看看有哪些有趣又新奇的東西可以拿來介紹給大家。

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純文字的 line-end 問題

最近在改寫一部分自已網頁上的 CSS,上傳到 Google Page 這個免費網頁空間後發現了一些問題。

原本的網頁原始碼都是在 Windows 或 Fedora 5 上寫的。在 Windows 上,那時還沒考慮到編碼 (file encoding) 的問題和所謂 line-endings 的東西。所以,那時後將網頁上傳到 Yahoo 或 PCHome 的免費網頁空間時,沒有怪問題。而後來投入 GNU/Linux 的懷抱後 (題外話,因為部落網站上傳資料和 Picasa、GenoPro 等軟體的關係,又把 Windows 找了回來),偶爾還會修改一下 html/CSS 內容,也沒發現有多大問題。在 Fedora 或 SuSE 上,不論是用 gEdit 或 Kwrite/Kate 碼字,上傳到網路上也不曾發現過類似問題。而且,後來我都是設定"編碼/行尾" (encode/line-end) 為 UTF-8/Unix。

現在,手上有了 Mac OSX,在使用 Smultron 或 TextWrangler 寫 CSS 時,設定的都是 UTF-8/Unix。可是 CSS 檔上傳到 Google Page 後,網頁顯示就有問題了,像是沒有設定任何 style 一樣。一開始檢查 file encoding 是否有誤時,我曾將每個檔案都看了一遍,結果都是 UTF-8,所以應該不是編碼的問題,而且一般編碼問題都是以亂碼的型式表現出來,不是什麼都沒有或編排錯誤。我也忘了後來是怎麼懷疑到 line-endings 的問題上。而 line-endings 有分 Unix/Mac OSX (LF), Mac (CR), Windows (CR/LF) 三種。選 Windows (CR/LF) 就對了。這種情況還真是可惡啊!

秀個圖,在 Sumltron 上的偏好設定中,line-end 設定找不到 Windows 字樣,作者寫成 Dark Side,哈哈!



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2008/09/23

很逗的一篇新聞

Yahoo!奇摩引中廣新聞網.... 乍看之下真覺得很莫名奇妙。如果忽略掉了這則新聞的第一句的話,一時間還真可能會以為是件靈異新聞呢。

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2008/08/23

Firofox 的擴充套件: ScribeFire



ScribeFire 是可用來離線寫部落格用的小程式。是 Firefox 的擴充套件之一。

以前在使用 Windows 時,寫部落格可以用一些網站專用的離線程式寫寫東西,而且是所見即所得的那種。如微軟的 Windows Live Writer、或是Zoundry 等等。而在 Linux 上也有一些很陽春、功能時好時不好的軟體可以用。但 Windows Live Writer 只能在微軟的 My Space 上加東西,對於像是 Blogger 等其他網站的部落格並不支援。而 Zoundry 則是可以寫 Blogger 等眾多知名部落格 (不算台灣知名的無名、樂多、PCHome 和 Pixnet等)。

而在 Mac 上,能用的、而且免費寫在 Blogger 上的似乎就只有 ScribeFire 了 (因為我用 Blogger)。它就和 Zoundry 一樣好用 (可惜 Zoundry 只能在 Windows 上使用),只不過目前還有些小缺點就是了。像是無法真的貼上照片,雖然它旳功能選單上有貼照片這個欄位;它也無法加上類似「Powered by ScribeFire」的標韱,雖然它同樣有這功能選項 (新的更新已經修正了這個問題)。此外,其他功能對我來說不是很正常就是暫時用不到,所以,寫部落格就非它莫屬了。


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2008/08/13

同名同姓又同校

最近民視新聞有個「同名同姓、同分又同校」的消息,見出處

考高中同分(288分)的兩人,不僅同名同姓(曾薇庭),還分發到同一所學校(國立武陵高中)。這要多大的緣分才會發生啊,其中一位曾同學的母親還說要認另一位曾同學為乾女兒呢。

這不禁讓我想到我國中分發班級時所發生的類似的事情:
在國一剛開學時有個實力測驗。我這個剛從鄉下跑到大都會區的小子雖然自認不是很頂尖,但是就成蹟來說不至於太差。可是,當考試成蹟出來時,我被分到男生班的第十一班,而全校一年級新生的男生班也不過十三個班而已,每個班級都有約五十個人左右。可想而知,這個消息實在是令人消沉。

第一天上課時,我幾乎快上不下去了。等到班導師來班上點名時發現,班上人數似乎與點名單上顯示的不一樣。於是在一一唱名時才發現多了一個人----我和另外一位和我同名同姓的同學被叫出來詢問誰才是應該留下、誰才要離開?我當時快嚇壞了,心想我的確是有報名考試和註冊的,所以有問題的應該不是我。搞到後來,老師也沒辦法,只得拎著我們兩個人到教務處查查是怎麼一回事?結果發現,是我看錯榜單了,我應該被分到男生第一班。呵呵,頓時間有種從地獄飛到天堂的感覺,在飄飄然了一陣之後才醒來向原來的班導敬了個禮後道謝後走去男生第一班的教室。連我自己看錯和在進教室後因為遲到而被老師唸了一下的事情都變得雲淡風輕了。

而到大學聯考的當年,和我同名同姓的老生一共有五位。這不算什麼。畢竟我不是叫志明、建雄之類的菜市場名字。

今年的北京奧運,大陸跳水女將郭晶晶也很有名,她不但暨上屆奧運得冠後又拿了個第一名的奧運金牌,在中國大陸也同樣也數千名郭晶晶出現呢,見新聞出處

2008/08/03

我的 Firefox 3 擴充套件

嗯,這一篇應該算是湊字數用的。許多人都喜歡將自己瀏覽器上加的東西都放在部落格上,一來顯擺,二來還能達到推廣的作用。

這是 firefox 的首頁圖案

Firefox 3 在我來說比起其他瀏覽器算是優秀很多。一則記憶體的占用比在 firefox 2 時期還要少,啟動速度和開啟網頁的速度也快很多。加上有很多的擴充套件可以用,又能盡量避免釣魚網頁的影響,比起 Windows 上的 Internet Explorer 和 Apple/Mac 的 Safari 好很多。比它稍差一些的是 Opera 這一款也是跨平台的瀏覽器。

我 Firefox 3 上的擴充套件如下:
Adblock plus --
可以用來擋網頁的廣告,還能設定要擋下哪些個廣告呢。Opera 上可比擬的有 block content。
DownloadHelper --
可以下載網頁上的 flash 動畫或是影片。預設是 .flv 檔。
Easy DragToGo --
可以將選取的文字在原網頁上,輕輕拖動後以自定的搜尋引擎找網頁。或是將連結於分頁或新視窗中開啟。再來是將滑鼠點到的照片以輕輕拖動方式下載到預設目錄底下。
Flashblock --
現在很多網頁上都會放上許多以 flash 制作的廣告。這些東西很煩人又會拖慢網頁速度。使用 flashblock 後就能預先阻擋那些 flash 檔。
Image Toolbar --
這是一個模仿 IE 上的圖片小工具。只要滑鼠移動到照片上,就會有五種選項出現,如下載、檔案資料、列印等等。
Image Zoom --
可以放大或縮小網頁上的圖片。
NoScript --
我是因為安全和開啟網頁速度上考量才使用這套件。主要是可以使網頁不呈現 javascript 或 Java 的內容。至於其他 script,如 Perl 或 PHP 等是否也在阻擋之列我就不曉得了。它也能擋下 adobe flash 及 微軟 silverlight 的內容。
PDF download --
下載 PDF 時的小小管理工具。對經常下載 PDF 檔案的研究人員來說算是個不錯的控制工具。
PicLens --
看圖片的超炫工具。尤其是看 Picasa、Flickr和無名正妹牆,更是一大享受。目前並不支援 Linux 系統。
ScribeFire --
離線寫 blog 的套件。我寫 blogger 時就用這東西。不過,目前看來,在從電腦上傳照片一事上還有待改進。
Stop or Reload Button --
將 firefox 的停止和重啟兩個按鈕給統一起來。可以節省空間。
Tab Mix Lite CE --
設定開啟分頁模式的工具。
Web Developer --
網頁開發者的好工具。也是下載防右鍵網頁照片的好物。

當然,除了以上這些之外,還有非常多其他好玩的套件。只是,我不想裝罷了,如果裝太多東西,firefox 就會開始肥了,網頁開啟也會慢下來。

2008/07/27

超音波青蛙

最近亂逛些網頁,看到了個有趣的網站。它是個專門收集期刊新聞的網站叫做 e! Science News,上面以類似網路爬蟲的方法收集科學期刊上的要聞。

今天看到的是一篇談論一種會使用超音波的青蛙,叫做凹耳蛙,是大陸黃山一帶,生活在瀑布那種喧鬧場所的兩生動物。在世界上知道了這種特殊生物存在之後,也特別給了它一個「中國蛙」的別稱。

超音波蛙

它有什麼特別的地方呢?


是青蛙都會叫吧?錯!母蛙就不會!不過,這是指一般青蛙。

一般青蛙在繁殖期間,公蛙都會用宏亮的叫聲來吸引母蛙。宏亮的叫聲表示它「功能正常」、「特別有力」,是公蛙中的公蛙。而凹耳蛙就不只是這樣。它們一樣會叫,可是會叫的不只是公凹眼蛙,還有母凹眼蛙;除了公蛙的一般聲音之外,在繁殖期間,母蛙叫出來的聲音,無論再怎麼大聲,人就是聽不到。(叫人來也沒用不是?)

因為公凹眼蛙的鼓膜演化成可感受超音波的接受器,而且,這還是可以微調的接受器,像是收音機一樣。凹耳蛙的耳朵和一般蛙類不一樣的地方就在於它是凹的。一般生物的身體器官,其形狀都和功能有關係,而經過許多年的研究,凹耳蛙那特別的器官的功能終於在 2006 年時被發表在 Nature 。研究團隊是中國科學院生物物理研究所沈鈞賢教授的實驗室和與其合作的國際友人們。母凹耳蛙會在繁殖期以超音波吸引公凹耳蛙相會,而公凹耳蛙會將平常接收一般聲音狀態的耳朵轉變成只專門接聽母凹耳蛙超音波叫聲的狀態。這樣一來,會聽到的就只是超音波,而少了一般聲音、尤其是嘈雜瀑布聲的干擾。

除了在 2006 年發表令人震驚的論文之外,今年,沈教授的團隊又在 Nature 發表了另外一篇凹耳蛙的論文。有興趣的可以拿那文章拜讀一番。而這個月,在 PNAS 也有一篇相關的文章。我在本文的最後會附上相關內容出處。世人之所以驚訝,並非是因為中國人在 Nature 發表論文,這早就不是新聞了。而是在發現會用超音波傳遞訊息的,除了海豚、鯨魚和蝙蝠等哺乳類之外,還多了個兩生類的凹耳蛙。

從這裡當然就延生了很多問題:一是除了凹耳蛙之然,還有沒有其他的蛙類、甚至是其他動物也會使用超音波來達到溝通的目的?二是會叫出超音波的是母凹耳蛙,而接收超音波的是公凹耳蛙,這是要經過什麼樣的協同演化才能達到傳達訊息的目的?這和收音機和電台得同時發明才能有效果是一樣的意思。另外一個問題就比較玄幻一些,常聽到有人說「功力高的」或是經過訓練的人,可以在吵鬧的環境中只聽到特別的聲音;那人是不是也可以微調自己的聽力到某種程度呢?

嗯,以上是一些雜談。有興趣的,還可以再參考以下的資料:

1. Nature paper 1 (2006)。
2. Nature paper 2 (2008) 或中文摘要
3. PNAS paper (in press):"Active control of Eustachian tubes confers ultrasonic hearing in frogs"
4. 中科院的新聞
5. e! Science News 上的介紹

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2008/06/20

桃園龍潭渴望園區

國防生科所在六月十九、二十兩日,在桃園龍潭的渴望學習園區(宏碁)舉辦了第八屆論文研討會兼新生座談會。我參加了論文佈告比賽----這是我今年第三次貼論文佈告了。

這一次研討會,我們班有人參加論文口頭報告比賽(豐正),不過,內容部分就比其他人要來得少而且比較不完全些,畢竟其他人的都是已發表或是畢業論文了。貼佈告就只有兩個人,我和雅妮。另外還有其他四位認識的人也來貼佈告。我其實對自已的東西能否得獎很沒信心。同實驗室的一位國防生科所學生兼我大學同學瑋倫,也來貼佈告。這算得上是她近年來第一次將實驗成果展示出來和大家分享,很不容易的,因為她的實驗歷程比實驗室其他人還要來得困頓。

渴望園區地方很小,但算得上是五臟俱全了。有吃有住,還有得玩。附近多樹多草皮,還有好幾片的茶樹園。空氣還算不錯,至少比中研院好多了,在這兒,我的鼻子比在台北市還來得自在呢。剛進來就見着許多正在換羽的小白鷺悠閒地在草地上散步。在園區的會議室可以無線上網,很快;而住宿區收到的無線網路訊號就不能,可能是有住戶架上私人 AP 吧。還好還有有線網路可以用,讓我這個半宅男不至於憂慮沒有網路可用。

裡面有一家7-eleven,營業時間真的是早上七點到晚上十一點。今早,我騎著腳踏車在園區和園區附近晃,結果,經常被警衛給擋下。因為這附近還有幾個私人住宅區,沒法乘腳踏車闖進去。被擋下的感覺非常差,不過,私人社區就是有這種規定。

給幾幅園區的圖:



2008/05/30

MAPK 蛋白家族的名稱

我們實驗室並不是研究 kinase 的,對於非 SR protein kinase 的成員,普遍感到陌生,尤其是它們的名稱。在生物界,一個在早期就發現到的基因或蛋白質通常都會有許多的別名 (而且還大量使用名稱縮寫),大多是因為研究人員對它們有不同的命名,這種情況對於後進人員而言,簡直是一種負擔。
這裡,我根據 NCBI 上 Gene Database 的命名方式給 Mitogen-activated protein kinase (MAPK) 家族的成員來個名稱大匯整,內容可能不完整,不過,也應該夠我用的了。


MAP Kinase Family Members


基本上,它算一目瞭然了,我也懶得多加解釋了。

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2008/05/21

Get Firefox 3

Mozilla Firefox 已經開出了第三版的 release candidate, Firefox 3 rc-1

和第二版最大的差異是網頁瀏覽時的速度提升了很多、已經可以開啟向量圖檔 (如以 SVG 為副檔名的圖)、書簽的管理、前後頁鈕的樣子、安全度提升等等。另外,對於記憶體的使用也變得比較合理。

快下載體驗吧。不過,這時候下載的話,會有一些 add-ons 還來不及更新。

2008/05/18

部落格離線編輯軟體

以往在 Windows 上有 Microsoft 本身的軟體可以寫 Microsoft.com 的 Live 部落格,只是它對其他部落格系統的支援當然不佳。另外,還有個 Zoundry,免費的軟體,支援很多部落格系統,不過大部分台灣常用的如無名、Yahoo! 奇摩等等也沒法子用上。

以上,對我來說都不是問題,因為我用 Blogger。

Zoundry 可以同步化使用者電腦端和 Blogger 上的部落格資料。只是,按照我自已的經驗,Zoundry 在空白行的格式上與 Blogger 還是有些差異的。這很令人傷腦筋。

使用 GNU/Linux 後,這更令人不適應了。每每要寫文章就要上網,這實在是惱人啊。自從安裝了 Wine 後,我也想說裝上 Zoundry 看看是否能讓我多多少少也用一下 Zoundry 寫點東西。不過,結果不順利,到現在我還是無法順利安裝 Zoundry 於 GNU/Linux 上。Kblog 原本還支援 Blogger 的,不曉得為何到了後來就不行了。

我現在只能乖乖地上網用 Firefox 或如本篇文章一樣乖乖地用 Flock 編輯。

2008/05/17

Running GenoPro on Mac

既然可以通過 Wine 在 GNU/Linux 上執行 Windows 上才能跑的 GenoPro,那是否同樣可以用模擬器 (Emulator) 在 MacOS X 上執行 GenoPro 呢?還有我最愛的圖片管理兼編修軟體 Picasa 是否也能通過 Wine on Mac 運作呢?

如果是下載安裝 CrossOver,這問題便似乎可以解決了,不過,CrossOver 應該也和 Wine 一樣不 能看做是一種模擬器。灌完後,我可以正常使用 GenoPro 和 Picasa。不過,如同在 GNU/Linux 上需要先灌上 InstallMfcDLL.exe 後再灌 GonoPro 才能正常運作,在 Mac OS-X,CrossOver 灌完後要先灌 InstallMfcDLL.exe 才灌 GenoPro 的 Installer,然後運行 GenoPro 才會成功。而其後的中文顯示和在 GNU/Linux 上的設定一樣。只不過,我還無法解決中文輸入的問題。

2008/05/16

Running GenoPro on Linux

GenoPro 是一款非常好的、很直觀的族譜編寫軟體。它能讓人一眼就看懂族系的來龍去脈。以前在 Windows 使用的時候,我非常喜歡用它來編輯我家的部分族譜。後來轉移作業系統之後,由於還不曉如何在 GNU/Linux 上使用這個原生於 Windows 的出色軟體,因此,數位化族譜的工作就暫時停止了。

以前在其他 GNU/Linux 的平台上,我也曾經試著要灌上 GenoPro。直到現在,我才曉得我可能是少做了某些工作以致於以前用過的 Ubuntu 6.10, Xubuntu 6.10, Fedora Core 6, 和 Fedora 7 等都被我誤會了。

以下就簡單說明我如何在 OpenSuSE 10.3 上使用 GenoPro 這東西。

首先,選定要灌的 GNU/Linux 發行版本,當然,如果能跑上 2007 年之後的版本是最好。之後,再灌新的 WineWine Is Not an Emulator,不是灌酒喔),版本最好是 0.9.6 以後,包括最新的 1.0-rc1版。

再來是下載 GenoPro 的軟體,還有最重要的記得也同時下載 InstallMfcDLL.exe 這個檔案。在執行 GenoPro.exe 之前要先安裝上 InstallMfcDLL.exe。方法是在打開終端機軟體:
進入含有 InstallMfcDLL.exe 的目錄中

打上

wine InstallMfcDLL.exe

讓 Wine 執行 InstallMfcDLL.exe。



最後就是以終端機打開含有 GenoPro 安裝檔 (名稱應該是 GenoPro-installer.exe 之類的) 的目錄,同樣以 Wine 執行 GenoPro 的安裝檔。

之後就能在應用程式的 Menu 上找到 Wine 的分類,在它下面就有已安裝好的 GenoPro 檔,如圖例。



當然,還可以在終端機下進入含有 GenoPro.exe 的目錄下以命令列打開:

wine /home/laway/.wine/drive_c/Program\ Files/GenoPro/GenoPro.exe

記得要用 Wine 打開它喔。

如下圖,是張在 OpenSuSE 10.3 的 KDE 環境下執行的 GenoPro,秀的是它的範例檔,哈利波特的族譜。


不過,接下來還得解決它的中文介面和輸入問題。我自已的例子是在 KDE 下用 SCIM 輸入模板輸入中文應該沒問題,事實上也是如此。只要如正常地顯示中文就好了。而中文顯示問題可以在 File (檔案) / Properties (屬性) 上的 Font (字型) 中選取可顯示中文的字型就好了。


我是選了 LeiHe Pro 這個 Mac OS X 上的漂亮字型。原本顯示成方塊的中文就會美美地出現了。

2008/05/04

再灌回 openSUSE linux

前一兩年用的是 Fedora。而在這之前有用過 openSUSEUbuntu 等。

我算得上是娛樂導向的電腦使用者, 而且覺得要是電腦上無法聽到音樂、 無法看電影, 那這種系統可以被我淘汰了。本來, 我是想要灌 UbuntuStudio 這一款重影音的發行版, 加上適逢長期支援版本剛發佈, 所以 Ubuntu 8.04 系列的 distribution 似乎很值得期待。 不過, 在我安裝的過程當中一直出現問題, 要嘛不是說光碟燒壞了, 要不然就是灌到最後重開機時, 出現了 Grub Error 15 的字眼 -- 無法找到某 個開機過程中的重要檔案。 我不是 Linux hacker, 所以, 這種比較深入的問題就足以讓我「當機」。而且,我的顯示卡也不是高級貨,CPU 也只是 Athlon 64 3000+,所以很可能跑不了許多影音和影音編輯軟體。

大約在一個月前, openSUSE 發佈了 11.0 beta 版, 這讓我又對 SUSE 感興趣了,目前的版本是 10.3。因為它社群背後的大老闆是剛和微軟達成許多協議的 Novell。所以, 在影音編碼上的支援度有可能會比較好, 在灌的過程中比較不需要太傷腦筋。事實上, 除了要花一些時間安裝系統本身和更新之外, 對於像是 adobe flash player、 adobe pdf reader、mp3 codecs、 picasa 等非開源軟體的安裝來說, 相比於以往, 現在幾乎是無痛安裝了。

我有 Google Picasa Web Album, 而且以前還有微軟 XP 的時候, 我就喜歡上了這個好用的軟體, 再加上我偶而也會拍幾張照片, 因此, 有個像是 Picasa 一般好用的圖片管理和編輯軟體是不可少的。 今年, Google 出了 Picasa for linux 版本, 雖然不是原生版, 它還需要 wine 來模擬 Windows 的環境, 不過, 能用就好。 而且新版本 (2.7.*) 也增加了將電腦中的照片上傳到 Picasa Web Album 的功能, 這大大的好啊。 我只下載了給 SUSE 的包裝檔, 然後安裝時 SUSE 便自動在 YaST 上幫我解決了 dependency 的問題, 真是免煩惱啊。

接下來看影片聽音樂的好幫手, VLC, 就按照網頁上的方式就可以安裝完成。 至於其他 codecs 的問題, 我是在嘗試著要打開 mpeg 檔等的時候, 因為 openSUSE 的安裝光碟上不會附贈 codecs 但是它會嘗試著要連結至 openSUSE community (OSC) 的網頁, 上面顯示的也有無腦安裝法。非常容易就能讓人在灌完後吃遍電腦中的絕大部分影音檔。

其他灌 openSUSE 中的其他東西, 等我有空後會再上來說說。 對了, 那個 KDE4 千萬不要選成預設桌面啊, 會哭的。 我就是因為 session 的選項中有 KED4, 所以就選擇了它。 可是, 它唯一有用的就是 terminal。而且, terminal 下我不曉得要如何 logout (在 openSUSE 上, logout 完全無用), 只會下 shutdown 的指令。 後來還是東找西找了一些和桌面管理有關的檔案後才得以解決無法換回 KDE3.* 和其他桌面端的問題: 在家目錄下有個「.dmrc」, 我是將它內容中的 session = kde4 改成 kde 就行了。之後重開啟, 它進入的就是 KED3.* 了, 而不是無用的 KDE4。

另外, 我除了喜歡用 Firefox 之外, 還常用 opera 這個瀏覽器。 可是, 以往使用 opera 時, 我都無法正常地在 scim 下輸入中文, scim 甚至叫不出來。 不過, openSUSE 10.3 倒是幫我解決了這個難題。還有就是 Dvorak 和 行列輸入也不相衝了, 不需要我再到處下載其他 patch 之類的檔案解決這東西。

2008/04/29

Opera for Linux 無法輸入中文

最近下載使用了 Opera 9.5 beta2 版本,對一些網站的呈現很是迅速。可惜,網路上說明的異版本修改檔案法都無法讓我的 opera 乖乖地接受中文輸入,這讓我非常地受傷……

問題在於,我無法在 opera 中叫出中文輸入法,只能用英文。

而且,令人傷腦筋的是,我中文輸入是用行列,英文則是用 Dvorak 的鍵盤排列。在使用 gcin 時,行列會隨著 Dvorak 的設定而更動。我只得使用 scim 了。可是,網路上的人說了,opera 和 scim 不對頭,因此,本題目前無解。

還好,Firefox 3.0 beta5 比起之前任可版本都好用,速度快了不說,連向量圖也能比較正常的呈現。以後網站上的圖 (除了照片之外),或許可以考慮用向量圖了,減少失真的問題。

2008/04/22

Firefox 的華麗畫面套件:Personas

這是一個讓人心情好的套件--除非電腦跑得很慢。

Personas for Firefox 目前還未正式推出,它被放在 Mozilla 的程式實驗室中。只要按下網頁中的圖 (如下圖), 套件就會開始安裝。

安裝完,它會在 Firefox 的左下方有個小圖,點選它之後可以選很多種圖案。

以下是我喜歡的幾種樣式:



2008/04/16

Create PDF using virtual printer: CUPS-PDF

在 Windows 和 Mac 的系統中有很多軟體可以將文件輸出成 PDF 檔。
我窮,而且不喜歡功能太多又得付錢的軟體。有些免費/共享軟體又喜歡在製作的 PDF 檔案加上一些有的沒的額外圖案。

在這裡要推介一款實用的、可以將文件轉成如 A4 尺寸 PDF 檔的軟體:CUPS-PDF
其專案網頁在:http://freshmeat.net/projects/cupspdf/ 。
Linux 下的使用方法請參照:http://www.ubuntu.org.tw/modules/newbb/viewtopic.php?post_id=18326 。
Mac 下的使用方法請參照:http://blog.roodo.com/droger/archives/2894303.html 。

我經常需要下載論文 PDF 檔。而有越來越多的期刊社喜歡在論文的前面加上一頁說明,這對要看論文的我來說很是果擾,比如在電腦上經常得要翻到第二頁才是正文的部分。而且,有需要列印出來時,又得手動將第一頁的廢話頁排除掉。可是 Linux 和 Mac 下的似乎沒有免費軟體可以以頁數為單位將 PDF 檔的某一頁給刪除掉。
後來,我找到了 CUPS-PDF 這個虛擬印表機軟體。它有 Linux 版和 Mac 版。安裝完成後會直接建立虛擬印表機。而我的問題可以在以任何 PDF Reader 開啟 PDF 檔後用 CUPS-PDF 列印出該 PDF 文件的頁次,而列印出的文件自然是另一份 PDF 檔。這樣就能達到刪除某頁 PDF 的目的。
至於合併文件?這我還要再想想。

另外,Mac 上有一款軟體叫做 Yep。是個專門用來管理 PDF 文件的好物之一 (它要錢……)。它能在瀏覽器上以按鈕的型式存在,在需要將某個網頁列印成 PDF 檔時,只要按一下該按鈕,它就能將網頁整個列印成原網頁的樣子,而不會自動分頁成一張張的 PDF 檔。對習慣看網頁的人來說,可以將整個網頁存成 PDF 後再慢慢瀏覽是一件很幸福的事吧。可惜,不曉得有沒有類似的、免費的軟體可以用在 Linux 上。
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2008/03/16

農民曆

某一日,老師走到實驗桌前,先是嘆了一口氣後問:「唉,你們誰有農民曆啊?」
眾生:「……」
師:「誰幫我看一看今天適不適合 submit paper 啊?」