ImageJ 測定膠體電泳距離的 Macros - MolWt

前言：

以前在實驗室跑電泳時，雖然聽過有軟體可以計算出，在膠體電泳之後目標片段的距離，但我一直没有親自了解過，一是因為用不到，二則是因為用不到，三還是因為用不到。直到 PTT 上有網友詢問使用 MolWt 巨集 (Macros) 時發生問題的解法後，才想試著使用看看。由於該巨集有附說明，因此可以按步驟一步一步來。但問題也就發生在明明按著步驟來，卻無法得到結果而卡關。後來，研究了一個晚上之後，才試出了解決方法。不過，這個解決方法可能並不適用於其他操作環境，使用時得稍稍微調一下。而經過和 PTT 網友的討論發現，他的問題和我的問題也不盡相同，但是可以相互參照調整。

以下，便試著按照說明文件的步驟一一來進行，並附上可能碰到的問題和可行的解決方案。因為整個操作步驟其實很簡單，只是說明上複雜囉唆了些。下文中是以 DNA 電泳為例，但是拿 protein 電泳的圖來分析也是可行的。

步驟：

I.準備

要準備好軟體 ImageJ、欲分析的膠體電泳圖檔案以及 ImageJ 的巨集，同時也是本文的主角，MolWt。

ImageJ 目前最新版本是 1.49s，可以從 ImageJ 的官方網站 (http://imagej.nih.gov/ij/) 下載。但網站給的似乎只到 1.48 版；我是使用 ImageJ 的檢查更新並自動下載安裝功能，所以目前才會使用到 1.49s 版。ImageJ 在各平台有版本差異，安裝時需要注意；其中也有跨平台版本可用；它需要 Java 才能運行。下圖是我的使用環境：

Mac OS X (10.10.3 Yosemite)
Java 1.6.0_65 (64-bit)
ImageJ 1.49s

ImageJ 版本

PTT 網友的操作環境是 Windows 7 (64-bit)，ImageJ 版本為 1.48v。後來改升到 1.49s 並按照操作說明進行之後，之前碰到的問題似乎都解決了。

MolWt 似乎是某家德國電泳和顯像儀器廠商所寫下的 ImageJ 巨集，目前並未被收錄在 ImageJ 的預設巨集中，也未收錄在 ImageJ 官網上的的巨集列表裡。可以從廠商的網站 (http://www.phase-hl.com/imagej.htm) 下載。這網站非常陽春，別被嚇到了。另外，巨集的說明文件也最好一併下載了，是PDF (http://www.phase-hl.com/ImageJ/MolWt-Macros.pdf) 檔。

ExpressCard/34-USB 3.0 on Mac OS X Yosemite

前言

我有一臺配置了 ExpressCard/34 插槽的 MacBook Pro，這種機型似乎在2012 年之後就消失了，因為 Apple 總是想引領風潮，一邊試新東西，一邊放棄他們認為的舊東西。這個事實讓我非常頭痛，因為想要升級電腦硬體就變得代價更高了。但不管怎麼說，我對升級電腦部分硬體的興趣比整臺換新要大許多，加上還未有這臺筆電處理不了的高級要求，所以目前還是樂在其中地使用著貨齡將達九年，依然老驥伏櫪的同時也堪稱老當益壯的『舊貨』。

由於我有許多電腦週邊設備，但又不想用原來的 USB 孔衍生出更多的 USB 孔，只想要物盡其用地用掉 ExpressCard/34 插槽，也不想加裝其他電源，因此冒險購買並使用 ExpressCard 轉 USB 3.0 的擴充卡來用。貨是登昌恆的 Upteck UTE222 USB 3.0 隱形擴充卡，在光華商場紐頓電子的店鋪購買到，個人感覺有點貴，但比起我設想過的其他方案似乎又好多了。旁邊的優仕蘋果專賣店小伙對 ExpressCard-USB 擴充卡似乎非常陌生；燦坤和順發，一個一邊說没賣，一邊用欣賞恐龍時代生物的眼光看著我，另一個說没現貨；至於其他光華新天地賣鋪也都没有這種東西。爬了網路後看到一些論壇上的網友在2010年就提到一堆內建 Windows 系統的筆電，大多没有 ExpressCard 擴充槽的存在了。想來，在2015年被看做是恐龍也是能理解的一件事。但是我心理上無法接受啊。

登昌恆只提供了給 Windows 系統的 drivers，而網路上其他廠牌大多也是 Windows-only 的 drivers。幸好有人製作了 GenericUSBXHCI.kext，號稱是大多數 ExpressCard/34-USB3.0 擴充卡的通用 driver，其中還有給 Mac OS X Yosemite 的版本。雖然使用轉接卡的網友們大多使用2009年到2011年的 MacBook Pro 電腦，但我懷著僥倖的心思想著，2007年的應該也適用吧。印象中，很多程式都能向下相容以前的硬體裝置。

Citation on Word/Office for Mac 2016 (preview release)

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重要訊息更新(20150617)：
Papers 3.app 的最新更新版本 (ver. 3.2.10)，已經開始支援 Microsoft Word 2016 Preview。詳細內容請參考 Papers 3 官網於六月八日的 Release Note。
但是 Papers 2.x 依然無解。也不曉得會不會針對這個問題做出更新。
==

本篇內容主要是描述 Papers 2.7.3 以及 Zotero 4.0.26.1 在新版 Word 的使用情況。

新版 Word

這是微軟今年的大作之一。對於長期使用 Writer (LibreOffice) 兼偶爾使用 Pages (iWorks) 的我來說，Word (Office for Mac 2016) 本來不在我的考慮之內。除了它依舊不支援 ODF 格式的檔案之外，另一個反感的原因是 Office for Mac 2011 的難用和龜速，這些方面的討論和抱怨極多，我也不多說了。 

至於這一次為何會想到要試用，一方面是因為微軟號稱這新版本和 Windows 版本之間將會無縫接軌，桌面和行動應用相容性也會大為提高，不再發生格式上的差異之外，另外一點就是從每個 Preview 版本發佈後可以使用 60 天，且會自動更新，一直到下半年釋出正式版後的一個月內都可以免費使用[1]，這其實挺有誠意的。加上使用 OneNote 也有一段時間，感覺還不錯，所以就給了這個算是萬眾著目的新版本一次機會——只支援 Yosemite 系統。於是在 PTT 的 Mac 版一有消息時[2]，便立馬下載試用。由於系統介面是英文，所以我的 Word 操作介面也是英文，但網路上說正體中文可以正常顯示，顯然使用者的 Mac OS 得處於中文介面中。

Word 的 Icon

簡潔的啟動畫面

儲存檔案時偶爾會跳出的畫面

Convert m4a to mp3

在 Mac OS X 終端機下將 m4a 音樂檔轉成 mp3 檔案

因為有一些個人需求，需要將 m4a 或 wmv 之類的音樂格式轉成 mp3，又因為要轉的音樂檔案有點多，所以才會想到要一次性解決這個問題。在網路上查找好一番後，寫下了一點自己用得到的東西。

可轉檔軟體

Mac OS X 系統下圖型介面的轉檔軟體很多，其中也不乏批次轉檔和條件式轉檔的軟體。例如 Audacity、XLD、Audio Converter Lite 等等，以上舉的例子都是自由或免費版本。

• Audacity – http://audacity.sourceforge.net
• XLD – http://tmkk.undo.jp/xld/index_e.html
• Audio Converter Lite – https://geranium-soft.com

XLD 是專門用來轉無損音質的軟體。Audacity 則是無法批次轉檔(需要另外下載 lame 和 ffmpeg 的套件或涵式庫)——或者其實可以，但我還不曉得具體做法。而 Audio Converter Lite 只能固定 bitrate，但可以批次轉檔。

新版 Inkscape 0.91 發表

Inkscape 停留在版本 0.48 已經有很長一段時間了。雖然對於我這種非重度使用者而言，0.48版就已經很夠用，但仍不免會有點期待新版本出現，希望新功能出來的欲望。


0.91 版在2015年01月30日發佈。

https://inkscape.org/en/news/2015/01/30/inkscape-version-091-is-released/

對我來說，在使用上的最大不同，是發現它運行速度變快了。但我的系統也從 Mac OS X 10.8，一路升級到 10.9，到現在的 10.10 (Yosemite)，X Window 環境也不知何時，從 Mac OS 內建的 X11.app 改成 Xquartz，想來，這三者的變化，應該是促成如今 Inkscape 運行速度變快的原因。

LibreOffice 4.4: Colored Non-Printing Characters

Mac 上的新版 LibreOffice 4.4 (prereleased version of LibreOffice) 有個令眾人期待已久的變化：

Non-Printing Characters 終於不再是預設的黑色了，而是 light-blue color。

其實，正確的說法應該是以往都會和文件中預設文字是同一個顏色。要是有人喜歡在編輯的時候使用紅色或藍色等非預設的黑色文字，那麼非列印字符也會相應地跟文字是同一種色彩。使用者只能選擇讓它出現或者不出現，但無法顯示成和文字內容不同的顏色。

這在其他辦工室/生產力軟體中，早就預設，甚至是可以選擇顏色的功能，一直到了 2014 年中左右，才試驗性地在開發版本中加入。對於長期使用 LibreOffice 處理大量文字工作，而且需要以顏色區分可列印和非列印字符的人來說是個福音——雖然轉而使用其他軟體可以更「多彩」。

藍色的非列印字符

當然，除了這個功能之外，我還期待它能增加選項，讓使用者可以自訂非列印字符的顏色。在此之前，我使用的是 4.3.x (但不包括 4.3.5 的版本)，確實還未有這項功能。至於 4.3.5 版如何？我没試過。

它的兄弟版本 OpenOffice，稍微查了一下 Google，卻看不到相關報導，想來是還没有增加。

Mac LibreOffice cannot 'export to PDF directly'

News: 2014/01/28 It seems that LibreOffice Group has solved the problem since version 4.2 (Mac Intel 64-bit version)。預覽版 4.2 已經有 64-bit 版本可以下載試用，而且能直接輸出成 PDF。

Mac 版的 LibreOffice 無法直接將文件輸出成 PDF 檔。

不知道是從哪個版本開始（Version 4.0?），Mac OSX 上的 LibreOffice 就無法直接將文件輸出成 PDF。電腦上的 LibreOffice 是從 3.x 一直不斷升級上來，以前倒是沒這個問題。最近因為新版 Pages (ver. 5) 閹割掉很多有用功能，所以我又回頭使用起 LibreOffice。

在備份檔案成 PDF 或要傳佈 PDF 文件時，碰到以下跳出來的東西會非常想要爆粗口：

連最新版本都無法直接輸出成 PDF

[Mac] OpenVanilla 1.0.x for Mountain Lion

最新版是 1.0.1。OpenVanilla 網頁在 http://openvanilla.org/。

已經沒有內建注音輸入，而且內建輸入法之間也不再能以快速鍵相互切換，得用點選的。和 Mac 內建輸入法間還是可以使用 「command + space」切換。還好我愛用的行列輸入法也還在，和 Dvorak 鍵盤排列也能相容無誤。而自訂的輸入法表格檔 (*.cin) 也能在 OpenVanilla 的偏好設定中輸入。

OpenVanilla 作者群還開發了和新版 OpenVanilla 同樣簡潔的注音輸入法，叫小麥注音輸入法，http://mcbopomofo.openvanilla.org/，目前是 0.9.5 版。有傳統注音和自動選字注音兩種。但我不曉得為什麼將注音輸入法從 OpenVanilla 的程式中移除，然後另設一個注音輸入法的程式。

安裝使用比以前方便許多，移除也是。安裝好後最好能重新登入，使用才會沒問題。

我之所以從 0.8.3 升級到 1.0.1，是因為 0.8.3 是 32 位元程式，而 1.0.1 則是和系統一樣的 64 位元。約兩三年前，曾想從 0.8.3 升級到 0.9.x，但當時系統還是 10.6.x，而且 0.9.x 和 Dvorak 鍵盤排列似乎有衝突，因而又重新回到 0.8.3 版的懹抱一直到幾天前。

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[Mac] Converts RGB file to CMYK format

許多雜誌社在接收論文初稿時都要求將彩圖設為 CMYK 檔，其中有些雜誌社能自動幫忙轉，有些則要求作者自行轉換。對於電腦中己有 Photoshop 的人來說，這或許不是什麼大問題。但是没有 Photoshop 時該怎麼辦呢？

有個開源碼界號稱可以媲美 Photoshop 的跨平台強大程式，GIMP，在許多方面的確能和 Photoshop 平起平坐，甚至猶有過之。但是在對 RGB-to-CMYK 的轉換上卻明顯地跛了腳，我也是頗費了些功夫才知道 GIMP 没有內建轉換功能。網路上提供了一些額外安裝的 plug-ins 以達到轉換目的，但無一不是麻煩得要死的步驟。例如，有位日本人在維持的 'separate' (http://cue.yellowmagic.info/softwares/separate-plus/index.html) 等，詳細轉換方式可以在網路上得到，在此便不贅述。

在 Mac 裡，Seashore 這個仿 GIMP 和 Photoshop 的免費小巧程式也內建有 RGB-to-CMYK 的轉換，可以下載安裝試用。但是根據我的經驗，Seashore 轉換後的檔案會明顯地比原始檔還小（維度大小没有差異），我猜測它不是壓縮了某些東西，就是將原始檔中的 'color space' 給轉換/刪除了。

Canon Digital Professional (DPP) 無法使用 batch process 的小問題

問題：
在Mac OS X 10.6 的環境下，將 DPP 從 2.2 版升級到 3.10.1 版之後，突然無法使用 Batch Process (批次處理) 的功能——在選取多張 CR2 檔的照片後，「Execute （執行）」任我怎麼點都沒反應。

解法：
進入 ~/Library/Preferences/，將其中 com.canon.Digital Photo Professional*.plist 的四個檔案刪除掉，再重開 DPP 即可正常使用 Batch Process 的功能。（註：* 為萬用字元）

說明：
原本我以為問題是因為只更新了 DPP 這款軟體而未更新相關軟體所延伸而出的，但在將 Canon Utility 升級後，問題照樣存在。google 了 'canon dpp cannot batch process' 後出現的前兩頁似乎也未解答到我的問題。在即將由原廠附贈光碟全部重灌並降轉為原來的 2.2 版本前，突然想到以前常用的一種賤招，砍 plist。試用結果就是不用再進入「重灌軟體，然後還得一直重開機」的惡夢當中。至於精確一點的作法，如只砍其中某個 plist 的問題，我就懶得追究了。

請安心服用。

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[Mac] 寫論文的好幫手 "Papers2"

對於要寫論文、趕畢業的學生而言，做實驗、讀論文之餘，最讓人頭痛的莫過於要整理分類上百、甚至是上千的參考資料。現代人還好些，所有東西都電子化了，只要全放進電腦裡頭就好。可是即便如此，在茫茫論文海中要找出依稀有些印象的、或是下載了卻還來不及翻閱的文章，有時也是件會讓人上火的事兒。對我來說，蘋果電腦用戶比其他系統用戶更能感受到一份優秀論文管理軟體的威力。Papers 就是我將要介紹和推薦的（但重點會放在最新釋出的第二版）。

Papers1 icon Papers2 icon

有人會說管理論文資料（尤其是 PDF 檔），使用 EndNote 或 References Manager，甚至是 firexfox 超強力套件 Zotero 就可以做到了。（EndNote 部分請參考我之前的文章；至於 Zotero ，請看神人 Yumi 的詳細介紹）。喔不，Papers 絕對會讓動目前的使用者感到驚豔，讓目前的懶人擁有神器降世的感動，讓眾多研究生（菸酒牲？）感激涕零，嗯，更正，是使用蘋果電腦（現在還包括了iPhone，或者應該說是 iOS 系統）的研究生才能有的強烈情感，其他系統使用者頂多只會感受到一絲絲波動。

ASUS RT-G32 無線路由器和 Mac 無線上網

最近寄居在親戚家——目前看來會持續到六月底七月初，除非有移防。而為了不讓筆電生銹，原本「塵封」於臺東的筆電也跟著我來到了臺北。

親戚家裝有無線網路路由器，是 ASUS 的 Wireless Router 'RT-G32'。前幾個星期的試驗發現我的 MacBook Pro 3.1 無法有效地設定經由這 router 上網。但我在 Starbucks 可以經由 WiFi 上網，所以不是筆電的問題。在上網查詢之後也發現很多網友有類似的問題，似乎 Apple 筆電和 ASUS 的 RT-G32 不對盤。

令人意外的是，昨天更新了電腦軟體 (AirPort Utility 5.5.2 for Mac, 2010/12/16, download ID: DL955) 之後，問題便迎刃而解。我並不清楚兩者間是否真有關係。但可以讓有類似問題的「蘋友們」參考。

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[Mac] Mac 底下的字型與 X11 不同步

繼上回提到 Mac OS 升級之事與使用 Inkscape 這款向量繪圖軟體後，最近才發現了一個問題。

在 Mac 上安裝的字型，似乎並不會因此而自動被 X11 下的程式使用。

在前次提到使用 Inkscape 的圖層特性製作瀏覽器版的投影片時 (要安裝 JessyInk 這個小套件，記得嗎？)，有個不錯的字型，fontin。在使用 Times 系列的字型多年之後，我個人覺得 fontin 這字型很美。所以就去下載安裝使用。眾瀏覽器下的英文呈現和 Pages、Writer 程式中的英文首選字型，我都是使用它。嗯，它有個缺點是在使用諸如 delta (Δ)、alpha (α) 之類的字符時，行高會因而改變，這使得文章呈現有點瑕疵。而在使用 Times New Roman 字型的情況下，加入上述的字符並不會改變行高，這是使用 Times New Roman 時的優點。

Inkscape 0.47 prerelease 出來了。還不是穩定版本。它有 Mac 的 binary file，於是我就先行安裝使用。而在桌機上，我也下載 source 檔並編譯完成。就我的使用情況來說，Inkscape 0.47 並沒有什麼問題發生。

重點是，在 Inkscape 中我竟然找不到已經在 Mac OS 下無腦安裝好的 fontin 字型。可它在 Mac 諸程式下明明可以使用啊？我想了很久才想到可能性，畢竟不是電腦專家。現在的 Mac OS 雖然已經是 Unix-based 的系統，但它和運行在機子上的 X11 環境確實是兩個不大相干的系統。所以，X11 系統下的程式秀不出安裝在 Mac OS 預設目錄下的字型是可理解的一件事。

於是我就將字型放到 /usr/share/fonts 底下，然後使用 fc-cache 讓系統重新讀取。這樣就行了。

後來才又想到，其實應該使用 link 的方式將 Mac OS 上的字型檔 link 到 /usr/share/fonts 下的，這能省下空間來。不過，我也懶得再試著重新改回來看看是否可行，反正現在硬碟空間很大。

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[Mac]Tiger 升級 Leopard 上的一些小問題

我是直接從 Tiger 升級成 Leopard，而不是採一般建議的重灌。

直接升級可以省時間，一些重要設定都可以保留下來。不過，軟體方面會有版本差異的問題出現。這沒辦法，只能乖乖地重新安裝那些 Leopard 限定的軟體。之所以要升成 Leopard 而不是等 Snow Leopard 開賣後再升，一方面是許多正在使用的軟體新功能是 Leopard 版本的才有，尤其是 iLife'09，只認識 Leopard，Tiger 根本無法灌。Mac 眾軟體的升級並未造成多大問題，只是要花時間下載並安裝罷了。

令人頭痛的是 Unix/Linux 移植的軟體。這方面我有用 Gimp 和 Inkscape。Inkscape 的問題不大，重灌 Leopard 版的就好了。可是 Gimp 在灌上了 Leopard 系統的版本之後，鍵盤輸入就有問題了。我習慣使用 Dvorak 鍵盤配置，快速盲打中英文不是問題。而一般的 QWERY 鍵盤反而已經讓我重新回到一陽指的時代，而且得手眼並用。升級系統前，Gimp 下的英文輸入沒有問題。可是在升級之後，Gimp/X11 下的鍵盤輸入就很怪了，根本不是 Dvorak 配置。本來以為這不是 X11 的問題，因為 X11 下的 Inkscape 沒有相同情況而是一片正常。

昨天，在我升級了 Xcode、X11 還有 Macport 之後再重新開啟 Gimp，結果惱人的問題沒了。只是，我依然不曉得是怎機一回事。最有可能的是 X11 升級所影響。

那中文輸入呢？呵，我沒針對 X11 環境安裝中文輸入模組，而且也沒這方面的需求，所幸就擱在一旁不管不問了。倒是若有短期且量小的需求，剪貼就行了。

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Unite Opera：企圖引領潮流的新一代 Opera 瀏覽器

Opera 10 早就出爐了，還只是 beta 版。而現在 Opera 已經出來了新版本——其實還是 Opera 10——有個叫 Unite Opera 的新名稱。

現在官網上的穩定版本是 9.x。而下載的話一般都會自動連到 9.x 的連結。

之所以寫 Unite Opera 是因為它有著新功能。諸多其他瀏覽沒有的、而且可能會在它們新版本中追加的新功能。詳細的介紹除了官網之外，還可以到 Opera 中國新聞中心，或著是到 Taiwan.CNET 看看相關消息。繼 Apple 的 Safari 4 之後，我覺得 Opera 10 或 Unite Opera 是地表上開啟網頁速度最快的瀏覽器。它動要的新功能如下：

• 內嵌 Web 伺服器
• 整合部分開發網頁環境以利於新增功能
• 可以當作檔案分享器 (P2P 或類 P2P 技術)
  
• 可以當作線上對談軟體
• 線上留言
• 其他
  

簡單來說，我們可以期待在 Unite Opera 的首開風氣之下，以後可以線上操作和網路連線有關的許多東西，而且是都能在單一軟體下操作。這個軟體就是瀏覽器本身。其他的新功能或許可以像 Firefox 的 addons 一樣自由地新增移除。當然，這應該就像是以前有人說過的以瀏覽器為作業系統基礎的未來作業系統。Unite Opera 走在其他瀏覽器之前，雖然目前還是 beta 版本，不過比起 Google 的眾多萬年 beta 軟體來說，它已經有了算是屬於自已的、並推展出來了的基本架構。重要的是 Opera 是跨平台的瀏覽器，橫越 Windows、GNU/Linux 和 Mac OS X，更跨足手機平台已多年。雖然 Firefox 和 Chrome 也跨平台，但和目前的 Unite Opera 來說，在整合功能發展上還是慢了很多步，更別提 Internet Explorer 了。

不能避免的是要先註册了才能使用 Unite Opera 的功能。

而它們可以在瀏覽器的側邊欄中叫喚出來。

我還不想註册，所以到底如何就只能靠網路上的能人來解惑了。可是只要想到它能和其他使用者直接對傳電腦中的資料並且能夠線上對談，就足以令人振奮了。

那它會大行其道嗎？不曉得。這世界並非最好的就會流行。

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Cooliris 也開始支援 Linux 上的 firefox

Cooliris 是一個網路瀏覽器的 plugin 或 extension/addon。它的主要功能是能在瀏覽器上以炫麗的動畫播放網頁上的相片或影片。

早期，它只能看網路相片，而且是世界上為數幾個知名的大站。後來，它支援的網路相本越來越多；除了由它們自個找要支援的網站之外，其他網站主還可以籍由推薦的方式請程式設計者擴充支援的清單。除了相片之外，去年開始吧 (詳細時間我記不得了)，它也開始支援在 cooliris 下播放網路影片 (經由 flash 播放)。今年，它甚至也將客戶端電腦硬碟中的相片也納入了它播放的對象，由此一來，如果只是想要觀看相片的話，cooliris 不但可以報到瀏覽的標準，還能以賞心悅目的角度欣賞自家的相片呢。至於硬碟中的影片，可能是因為無法由瀏覽器上的 adobe flash player 來開啟，因此目前為止並沒有這項功能。

它原來是主要支援 Internet explorer、Firefox 和 Safari，而且是 Windows 和 Mac OS 的平台，但現在，Linux 上的 Firefox 也能籍由安裝 addon 的方式將這程式給掛上，真的是項福利啊。如此一來，只要看照片的話，我就會使用 Cooliris，再加上原本就安裝的 Picasa 3 beta for Linux，這真的是看圖的雙雄啊。

由於這兩款軟體都走唯美精緻路線，所以對電腦硬體便有著比較高的要求，像是 CPU 要強點兒，最好要有獨立顯示卡 (big RAM)。請參見 cooliris 網頁上的說明。

國外幾個大站，像是 Google 的 Picasa web album、Yahoo
! 的 Flickr 和 Google 的 Youtube 之外，其也地我就不熟了。而國內的相片網站中，應該還沒有一家的網路相片能用 Cooliris 觀看。嗯，除了無名正妹牆之外…… XD

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[Linux] OpenSUSE 11.1 的升級

最近在搞系統升級的事兒：將 OpenSUSE 11.0 升級到 11.1。

KDE 4.x 比起 KDE 3.5 來說多了很多好玩的東西，畫面很美 (plasma 等東西的加持)，若再加上 compiz (Beryl + compiz --> compiz-fision --> compiz) 的作用，那簡直是視覺上的一大享受，雖然 Kwin 本身已經是美化桌面的一大進步，但還是比不上以炫麗為宗旨的 compiz。但美丑都是相依的，或者說每件事都有其兩面性 (呿，搞哲學來著？)。KDE 4.0 及 4.1 版對我而言簡直是個惡夢，畫面美則美矣，但是桌面環境極其不穩很多程式也常會停在半路不動，或者像是在 compiz 下的 konqueror 4 或 dolphin 少了 window decorator 之類的等等，所幸還能登出 KDE 4.0 並登入回到 KDE 3.5。後來，KDE 4.2 發佈了，依著黑眼珠大的指示，很輕鬆地將系統中的 KDE 4.1 升級到了 4.2 版，偉哉 1-click install。

再後來，聽說 OpenSUSE 11.1 加上 KDE 4.2.2 比之前的版本還要穩定時，我又動心了，再次陷入不斷升級的迴圈……這次花了四天才升級完畢。以前只要下載了映象檔 (iso) 再燒入光碟，升級只要幾個小時便能完成，不過，升級的過程當中常會碰到碟碟分割和重新給 id 的麻煩，雖然近年來的 GNU/Linux 版本已經越來越人性化了。這一回，我採取線上升級更新的方式，一個對我來說是種全新升級的做法。看了幾篇網文，基本上在我原系統的基礎上只要一兩個指令便能順利升級。好事多磨，可能是因為我經常在更動系統又常編譯些有的沒的程式的緣故，在終端機下更動 repositories 到 11.1 後打上 zypper dist-upgrade 讓我白花了兩天時間在解決套件相依性的問題上，最後還是無法解決問題。

不過，zypper update 竟然讓我成功地升級上來了，這還是不小心打成 update 後才發現的。我不是很清楚為何在改變了 repositories 到 11.1 之後，以 update 的方式可以將 11.0 的系統 upgrade 到了 11.1。總之，它成功了。過程中有幾個套件未能安裝完成，但在大部分軟體都升級完畢之後，我再刷新 repositories 並以 zypper update 一次，幾乎所有可更新可升級的東西都順利完成了。沒想到這一段升級過程竟也花了兩天時間在下載並安裝 1.2 GB 左右的資料才升級完畢 (房東沒升級網路已經很久了)。

現在用的不是 compiz 而是內建的 kwin，但視覺效果已經和中上程度的 compiz 效果差不多了。感覺很滿意！

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讓 Inkscape 具有簡報功能的套件： Jessyink

最近上 Inkscape 的網頁看新消息時，注意到了一個有趣的玩意兒：Jessyink。它的功能是在瀏覽器上將自 Inkscape 建立的 SVG 一系列圖層以類似簡報的方式序列呈現。換句話說就是用 Inkscape 這個繪圖軟體做出簡報檔。只是簡報是 SVG 向量圖，得用支援 SVG 呈現的瀏覽器控制並播放，Firefox、Opera、Apple Safari 和 Google Chrome 估計是沒多大問題，IE 可能要用 IE8 才行，IE7 以下版本得要找 plugin 來幫忙了。

以下是幾個相關聯結：
Inkscape 官網
Inkscape 教學 (英文一、英文二、中文一、中文二)
Jessyink 下載 (or 載點二)
Jessyink 教學 (flash 檔，約 140 MB，約五十分鐘)

Inkscape 是個免費、實用、功能強大幾乎不輸 Adobe Illustrator 的向量圖繪製軟體。最近三年，我的許多圖檔大多是用它畫出來的。報告用得到它，簡報也用得到它，甚至是論文的圖，有些也是用它來畫。除了 向量圖之外，還能將之輸出成點陣圖。多數時候，它的操作是很直覺的，就像是在使用辦公室軟體一樣地簡單，此外，它還有更多的功能，這些在上述的聯結中都能找到例子。如果會寫些程式，像是 python 或 javascript 等等，還能自行擴充 Inkscape 的功能哩。Jessyink 就是好心人 (Hannes Hochreiner) 寫出的功能延伸套件。

Jessyink 要怎麼玩？

嗯，簡單來說，只要在 Inkscape 製作 SVG 圖時，做出許多圖層，然後用 Jessyink 處理過後就能用可讀取向量圖的瀏覽器開啟並 (手動) 播放。上述聯結中的 Jessyink 教學挺一目瞭然的，只是旁白有點囉嗦，要有點耐心。此外，它還有簡單的過場效果呢。雖然功能比不上 MS Office 的 Powerpoint 和 Apple iWork 中的 Keynote，甚至於比 OpenOffice.org 中的 Impress 還陽春又麻煩。不過它免費又小巧，不想花大錢買套裝軟體又不想下載使用有點耗資源的 Impress 的話，可以考慮使用 Inkscape + Jessyink。它看起來有點像是雞肋程式，不過，應該會很實用不是嗎？我是滿期待它的後續發展。

下載了 Jessyink (目前是 1.0 版) 之後解壓縮，找到 extensions 的目錄，將裡面的東西全都複製到 Inkscape 的特定目錄內：
在 Mac OS Tiger 中是 /Applications/Inkscape.app/Contents/Resources/extensions/ 中，
而在 GNU/Linux 的話應該是 /usr/share/inkscape/extensions/。
Windows 的話我就不知道了，記得教學檔案中好像有提到是 ?:\Program Files\Inkscape\share\extensions\ 。

解壓縮後的檔案要先處理一下資料權限才能正常使用。

其他軟體做出來的、有多重圖層的 SVG 是否可以匯入 Inkscape 以 Jessyink 處理，然後在瀏覽器上播放？這我沒試過，也不清楚效果如何。另外，教學檔中用到的字體 Fontin 可以到 http://www.josbuivenga.demon.nl/index.html 下載，個人使用是免費的。

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用 Fx3 + Zotero + OOo3 寫論文

之前曾經介紹過如何用 EndNote X2 搭配 OpenOffice.org 3 或者是配合 Mac 的 Pages '09 來達到在文章中建立文獻資料的目的。而 Microsoft (MS) Office Word 和 EndNote 的搭配無疑是目前最方便的論文/文獻編寫工具，這方面的介紹已經很多了，所以我也不打算在這兒介紹 (按：其實是因為我手上沒有 MS Office 可用)。

Word 要花錢買 (MS Office 軟體之一，可單買，但是單買划不來)；Pages '09 也要花錢買 (Apple iWork '09，不能單買，'08 版以前甚至根本沒這功能哩)；EndNote 更是要用幾張小朋友買，除非人在公家單位或好野公司，有大量授權版可供使用。除了要忍痛看著諸多小朋友出走皮夾之外，可有其他免錢的法子？在這個好人工程師滿世界地反抗昂貴商業軟體的環境中，的確有些免費方案可以使用。只是要多花些時間來熟悉而已。

本篇要介紹的是使用 Firefox 和它的一個 addon (Zotero) 在 OpenOffice.org Writer 上編寫論文文獻的方式。不會難到哪兒去，只要把握住三個項目就好了：
一是使用 firefox 這個開放原始碼的瀏覽器，並曉得要如何加套件 (addons)。
二是曉得 Zotero 這個套件的使用方式。
三是以 Zotero 在 OpenOffice.org 的 Writer 添加文獻。

以上三項中，就屬第二項比較麻煩。這麻煩來自於它的設定，或者說是它的功能選項太多。一般說來，使用 Zotero 在文章中加入文獻時要用到功能其實並不多，煩就煩在你要先知道哪些功能你用不着，或者你只要用到哪些。其他兩項只是照章辦事便行了，下面有簡單說明。另外一件事就是，你也可以使用 MS Office 的 Word 來取代 OpenOffice.org 中的 Writer。Zotero 有給 Word 或 Writer 的 Plugins。

現在便稍加說明上述的三件事：

• 使用 Firefox 3.0：

唔，Zotero 目前有 1.0.x 穩定版和 1.5 beta 版，而 1.5 beta 版要求使用 Fx 3.0 以上版本。只要到 Fx 網站下載瀏覽器軟體並安裝完。之後的 addons，可以到官方網站選用下載。

• 使用 OpenOffice.org 3.0：

OpenOffice.org 3.0 (OOo 3.0) 對 Zotero 有更好的契合度，而且 OOo 3.0 本身的功能更加完善，和 Word 檔的互通性更好。到 Zotero 的 plugin 頁面下載給 OOo 3.0 的 plugin (檔案以 OOo 3.0 開啟就會有安裝畫面出現，按需求按下同意鍵便行了)，注意它有不同版本。而 OOo 3.0 Writer 的介面和 MS Office 2003 Word 的介面很像，不熟悉的人應該不用花太多時間來適應這個免費的文書軟體。

• 使用 Zotero：

首先，大夥兒可以觀摩 yimi 在部落格上的圖解說明，我覺得她講解得已經夠詳細了，我沒法講得比她更好，也懶得寫太多。另外，研究生2.0 大的兩篇相關文章看看也不錯 (將 Zotero 文獻格式改成英文，簡單、免費且跨平台的書目管理軟體：Zotero)。唔，我覺得，北海．尋道．我愛丁堡大的十大拒絕使用 Zotero 的理由 (益rz) 也值得一看。看完了之後再動個一兩下就不會覺得這東西有多難了，只是麻煩了些。

軟體方面，我建議使用 Firefox 3.0 版以上 (3.1 版還挺不錯的)、最新版的 Zotero (Version 1.5) 以及 OpenOffice 3.0 以上。Mac OS X 系統使用者，可以考慮使用 NeoOffice 3.0，目前的 OOo 3.0.0 for Mac 還無法正常使用 Zotero 的 plugin，似乎是因為 Python 的問題，要等到 OOo 3.1.0 之後才有可能改善。不過，Zotero 的網站上有消息指出，OOo 的分支版本 EuroOffice 有推出補丁 (patch) 檔，可以按網站上的介紹修正 (這可不是 OOo 亦非 Zotero 的官方補丁喔)，或者看看下一段的解說。

OOo 3.0 for Mac 原本對 python plugin 的支援有缺陷，因此 Zotero 給 OOo 3.0 的 plugin 在 Mac 上便無法使用。不過，目前有三種解決之道：
一是等 OOo 3.1 的發佈，屆時 OOo 應該就能將對 python 的缺陷補全。
二是使用 NeoOffice 3.0，而 Zotero 給 OOo 3.0 的 plugin 可以在 NeoOffice 3.0 上安裝並正常使用。
三是到 EuroOffice 這個 OpenOffice 分支軟體網站下載非官方版本的 python patch。Leopard 的使用者可以下載 OOo 3.0 Python Patcher.dmg 檔安裝修正補丁。而 Tiger 使用者就稍微麻煩一些，要下載的是該文中段 Known issues 中提到的 patched uno.py 檔。然後用這新下載的 uno.py 檔取代 /Applications/OpenOffice.org.app/Contents/basis-link/program/ 目錄下的 uno.py 就好了。之後再安裝 Zotero 給 OOo 3.0 的 plugin 就能正常使用了。不過，我的 (Mac OSX 10.4.11) 情況是 Zotero 的 toolbar 在 NeoOffice 3.0 的 Writer 上是 icons，而在 OOo 3.0 的 Writer 上卻盡是文字說明，平白占了好大一塊空間。都能用就是。因為這 patch 檔並非是 OOo 或 Zotero 官方發佈，所以使用上有任何風險的話就自行擔待了。

話說回來，我用得比較順當的是以 NeoOffice 3.0 加上 EndNote X2 的組合來編寫論文。其他方式稍微麻煩了點 (這裡提到的並不包括 MS Word 和 EndNote 的最佳組合)。但是為了以後離開單位後沒法再使用要花大錢買的 EndNote，只得先行熟悉一下 Zotero 的操作。還好我是 Firefox 和 OpenOffice 的愛用者。我最期得的還是 Papers 的作者們能提供 cites while you write 的功能，最起碼也能像 Zotero 一樣支援直接在眾 Offices 軟體中塞文獻。

PS. NeoOffice 3.0 在 Mac 上使用起來比起 OpenOffice.org 3.0 這個 OpenOffice.org 在 Mac 上最近才有的 Mac 原生軟體還來得順又快速。

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KKBOX Mac 1.0

雖然Apple 的 iTunes Store 早就開張並提供音樂下載服務。但是，早些時候，在我註册時發現它在註册過程當中就向註册者索取信用卡號。這種方式讓我不甚習慣，所以目前為止，我依然未使用 iTune Store。雖然我在 Google 的加值服務早就差不多是這種方式。簡單地說這是觀念和信任度上的問題。

OK，今天要談的是比 iTunes Store 上的華語歌還多 (?)、有中文介面以及付費機制相對方便多樣的國內線上音樂網站和其軟體。之所以會使用到它，是因為找籍口搭訕某妹子時聽到她在使用 KKBOX 聽音樂，這讓我忽地將原本對 KKBOX 持不屑一顧的念頭轉變成積極接觸並瞭解，以期有所裨益……益rz

以前我對 KKMan 的印象不好，所以連帶地對 KKBOX 也就不怎麼感冒。但後來聽說它出了一款給 Apple 電腦使用者聆聽 KKBOX 音樂的軟體 (2008年09月左右) 時，我對 KK 系的印象好了一些。只是那時候仍未有要使用的想法，而後來在嘗試著使用 iTuens Store 未果後便一直不再往這方面想。直到這星期，事情有了轉變。

使用前，要先在 KKBOX 網站上免費註册，不要在 hinet 上註册，除非已有 hinet 帳號而且想使用 hinet 相關服務。不然的話，hinet 和 Yahoo!奇摩一樣會索取身分証號碼。你會需要在註册後/使用前下載 KKMan 的音樂播放軟體來聽曲子，或是使用網頁瀏覽器開啟 flash 式的音樂播放器。新人有 24 小時可以盡情試聽，之後若想要繼續聽，可以選擇三種付費方案。音樂軟體有 Windows、Mac、Mobil phone等的版本。以下是 KKBOX Mac 的基本使用介面。歌手是目前 KKBOX 首頁上的第一名，Taylor Swift。(點小圖放大)

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KKBOX Mac 可以下載高音質音樂。這對我而言是 KKBOX 最大的兩個賣點之一，另一個則是無止盡地試聽音樂。可惜的是 Mac 版 (1.0.3) 是個閹割版本，它不能下載音樂，也不能編輯歌詞。KKBOX 是說要等到 2.0 版才開放這些功能。誠彼娘之非悅！我是買了半年版的 KKBOX 方案才知道它有很多不可以……也不能說它不好啦，只是因為無法離線聆聽會覺得有些不方便，而且還覺會有矮人一等的感覺。像是聽古典音樂時，若沒有高音質音樂下載，而且耳機是千元以下的普通機的話，會讓人覺得像是沒法品嘗到一道好菜的好到底在哪裡似的。

除此之外，KKBOX 讓我驚奇連連。以前買過的錄音帶，因年代久遠兼且我早已使用數位音樂聆聽的方式，所以有些以前覺得不錯的音樂早已不在手邊，我人又不曉得台北的唱片行都躲在些什麼地方，除了捷運台北站地下街和誠品書店之外。來到 KKBOX，讓我重溫了舊夢。我能找到一些以前喜歡的音樂或音樂團體，像是楚世版的山東小開門，彭修文的秦兵馬俑幻想曲，檳榔兄弟的音樂，King's Singers 等等。當然，它還有更多我想聽的音樂或某個特別版本的音樂根本就找不到，像是這個 YouTube 上的 Bizet_Farandole 舞曲，KKBOX 就找不到這個版本的單曲或專輯；而琵琶曲『十面埋伏』就沒有一首我想聽的版本在上面 (我還想找交響曲版的呢)。

總地來說，事情似乎是往好的方向走。

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