2008/11/27

homolog, ortholog, and paralog

這啥?

是的,這啥?每回在 paper 上看到 homolog/ortholog/paralog 等等的字時,就會開始在腦中尋找它們的定義。可惜,總沒記得住,以至於情況就陷入像是在『自己/已經』的字詞中,選擇『已/己/巳』三字裡的正確單字——我是用行列輸入法打字的,所以有這種情況出現。

今天,學長走來問我相關用法,而我又不是很確定。於是再次請教 google 大神,看看正確用法是什麼。簡單來說,homolog 是一般我們說的同源基因,也就是基因間有「血源關係」的意思。而 ortholog 呢?它是指『不同物種』間的基因,有源於共同祖源基因的關係,通常基因功能一樣,但又因為演化的緣故,使得在比較兩個 ortholog genes 間的功能時,會發現其中一個有 lost-of-function 或是 gain-of-function 的現象。最後一個單字,paralog 則是指基因間是由於 gene duplication 而來的,是『一個物種』內 genome 的複製產物,最後也有可能會演化出不太一樣的功能,但有時候其中一份會是 pseudogene。有幾個網站上的說明可以參考:參考資料一參考資料二

以下是一個簡圖,免得自已忘記。圖中是以 globin 為例:







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2008/11/23

Art as Flirtation and Surrender


In your light I learn how to love.

In your beauty, how to make poems.

You dance inside my chest,

where no one sees you,

but sometimes I do,

and that sight becomes this art.


最近有感而發……要說是發春,我也不反對。

這是一首中世紀伊斯蘭世界著名詩人「魯米」的詩,他似乎是號稱中世紀波斯三大詩人的其中一位,而其詩風近似詩仙李白。有關他的生平,請看參考資料一 (wikipedia),詩集部分請看參考資料二 (love poems)。立緒出版社有出過一本魯米的詩集,是由梁永安先生翻譯的,雖然翻得不好,詩意還是能夠從譯文中體會得到。不過因為中文翻譯的關係 (版權?),我就不放上來了。我不確定英文是否確實抓住了原詩的重點,因為我也不懂伊斯蘭話,更沒看過魯米原詩。



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2008/11/18

小學生看地獄變相圖

就在兩三天前,新聞和網路出現了小學生家長告老師告學校的事。這一次的事件不是校園肢體暴力,而是精神暴力。

事情發生在台北天母的一間小學,新聞報導指出學校的態度很強硬。事情地大概是說有位老師不知道在什麼情況下,異想天開地想要用播放地獄受刑的影片給小孩子看。該名老師大概是想要用比較婉轉的恐嚇法讓小孩子接受教化吧,結果沒想到可能是營造出來的氣氛太過逼真,又或許是老師太過小看娃兒們的想像力,結果是受驚嚇的一堆,連大人們也嚇到了。

這年紀的人通常還是無法理解平生不做虧心事,半夜不怕鬼敲門的。所以,老師的做法沒有其他解釋,就只能是恐嚇。就算他本來是好心,不過,就像騎白馬的不一定是王子而是唐僧一樣,好心也有可能辦壞事。

小時候,教堂裡也放過類似的圖片,電視中也常出現刀山火海的畫面——那是個還不大講究電影分級的年代。沒人控訴過牧師或電視台,可能是因為那時節的順民比較多,哪像現在一會兒紅衫,一會兒綠扁帽的竄出一堆,大唱白蓮紅衣野草莓。唔,扯遠了。我一向不喜歡老師強迫「教化」學生善惡的事,我比較傾向這種東西該是家庭教育的一環。小學老師該做的是教同理心,正太蘿莉正是好「教化」的年紀,多多讓小孩思考常站在別人的角度看待人與人相處的事應該會比在國高中教育要來得好多了。在教室上宗教課更是讓我感到噁心的一部分,因為那裡是創造一言堂的沃土。

我覺得受到驚嚇的父母們應該將重點放在老師的教育方式上,而不是該位教師在課堂上播放地獄變相圖的這件事上。會這麼做事的老師,平時的精神威壓可能就已經不知不覺地影響了小孩子,以壓抑的方式來達到控制的目的,很可怕!

2008/11/11

中研院分生所再招災星

中研院分生所在十月十三日發生頂樓失火事件 (有圖為証),那時候還是居高臨下的「雞蛋中心」(基因體與蛋白體研究中心) 深夜留下做實驗的人拍到的,消防車也是他們在看到分生所頂樓失火後打電話報警叫來的。 今晚,災星再次照耀中研院分生所,儘管因為寒流來襲,整天都在下雨。

今晚約六點半鐘,我和育修及沛之從實驗室走出,到老家牛肉麵館吃「ㄅㄧㄤˋ ㄅㄧㄤˋ 麵」。在等待上麵的時候,忽然聽到消防車警鈴大作的聲音,不是由遠到近的那種,而像是突然在耳邊響起。隔壁桌坐著四個看樣子也在中研院工作的人,其中一人就說了,「這麼近還要鳴笛?喇叭按一按,大門警衛就會放進去了。」大門警衛怎麼樣都不可能會攔下消防車的吧,何況消防車按喇叭也是規定要這麼做的吧,我心裡這麼想著。不過,中研院大門離台北市消防局舊莊分局才約百又五十公尺之遙。當時,心裡以為發生事故的地點是在院外,隔壁桌的人可能只是隨意猜想罷了。

等到吃完麵回來,也沒注意到分生所前面的消防車,天很黑,院內又沒有多少亮著的路燈,而那時也只是低著頭躲小水窪和躲雨。臨近生醫所大門,看到一堆人站在玄關,還以為他們是做完實驗要回去,站在生醫所大門外只是想等雨勢小後才動身。直到十點半鐘,從生醫所走出來才發現隔壁的分生所外站著一堆人。嗯,真的是一大堆人,還有兩三部消防車,分生所外頭還拉了像是警匪片中會有的封鎖線。就連生醫所外也停了一部消防蓄水車和一部名為「宇宙一號」的台北市消防局救護車。這時才知道消防車的目的地是多災多難的分生所。

向生醫所那位喜歡和美眉聊天的夜間警衛之後才知道事由。原來,在傍晚時,分生所傳出不明氣體外洩,於是消防車來了,分生所內的人被迫徹離,環保局的稽查人員也來了解原因。因此,分生所的人不是因此而回家就是在外頭痴痴地等。

等我走回租屋處才發現自已早上出門時又忘了將鑰匙給拿出來。於是又走回中研院取備份鑰,再次走出生醫所時已是晚上十一點半左右。這才看到分生所外的消防車正準備徹退,而分生所的人也陸續回到那多災多難的建築物裡。這一夜,還沒 結束呢。


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2008/11/06

什麼?沒辦法用 IE 看!

嗯,這次的主題就是為什麼老外的部落格沒辦法用 IE 觀看呢?

正確來說,是部落格的主頁沒法子用 IE 來觀看。反而是單篇文章的頁面沒什麼問題,點選分類標籤之後的文章列表頁面也沒什麼問題。那為什麼部落格首頁卻有「瀏覽不行」的問題呢?

這個特殊瀏覽器無法閱讀的問題是  米拉羊大人告知的。她說沒辦法打開,當時,我還以為那是因為我正在編輯文章頁面的緣故。而且,用 FirefoxOperaSafari 打開都沒問題。因此,問題是出在 IE 上。為什麼會這麼確認是 IE 而非只是  米拉羊大人的 IE 有問題呢?原因是因為我用其他電腦的 IE 也無法正常閱讀。不過,奇怪的是在用 IE 開啟 http://lawaymayaw.blogspot.com/ 這個網頁時,它會正常 loading/載入,等到載入完後就會跳出一個視窗說「 IE 閱讀不行」,並提供一個確認鈕讓我按下。等按下後,IE 就關閉了。這說明了是 IE 的零件有問題,網頁能正常載入,可不知為什麼就是不和,然後 IE 因此不爽快而自動關閉,雖然 IE 仍會試著和使用者溝通說它不行了。

因此,這告訴我們,使用 IE (至少是 IE 6) 無法正常說讀我的部落格,而且,有一些我網頁上的效果沒辦法顯示,這些效果是在其他瀏覽器上都可以正常顯示的。大家還是別用 IE 了吧。至少不用 IE 6,把 IE 升級到 IE 7 吧,或者在不久的將來把它升級到 IE 8。相信它在比較支援網頁標準了之後會比以前的版本好。

當然,我會希望用 IE 7 或 IE 8 觀看我的部落格時也能和使用 FirefoxOpera 或是 Safari 一樣能正常閱讀。


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2008/11/05

FancyZoom,讓網頁秀圖更夢幻

這是一個透過 javascript 來執行的網路秀圖「動畫」。在網頁上展示的的圖上點一下,縮圖就會變成原圖大小,或是自訂的尺寸大小。如 Eureka! Science News 網頁上所顯示的秀圖效果一樣。

對我而言,這種效果很吸引人,而且在網上衝浪時可以不用換頁。小圖只要點一下就會變成比較清楚的大圖,而放大的圖再點一下又會變回原本的縮圖,很是方便。其所佔版面也比較小。除了在上述的新聞網頁上能看到這種效果之外,在 Apple 的網頁上更是好看。在經營網頁/部落格後,看到這種令我驚豔的效果,自然不會忽略掉,因而開始著磨要怎麼弄到相關的、現有的原始碼放到個人網頁/部落格上。

請 Google 大神幫了個忙後發現,這種秀圖方式有很多種。有些是用 javascript 就能解決,有些網站則是一不做二不休地用更加炫爛的 Flash 來製作。我根本不知道怎麼弄 Flash ,也沒有相關軟體,太貴了不想買。而 javascript 則是能對照著看懂一丁點兒。於是乎,在權衡了一下便決定以 javascript 來達到效果。網路上主要有 Lightbox 和 FancyZoom 兩型,這倒不是因為效果類型是這兩型發展出來的,而是由於我個人主觀地在觀看了許多網頁秀圖效果後所得到的粗略結論。

LightBox 系列主要是縮圖在放大時是一塊白色塊出現,然後向左右,向上下展開白色區塊,等到區塊放大到能容納圖片大小之後,圖片就秀出來了,此時的網頁是相當於圖片的背景,而且是除了放大圖之外整頁呈現暗色。至於 FancyZoom 一類的,則是從縮圖就直接放上到原圖大小,或是指定的大小,放大的過程中圖案一直都顯示著,而且是呈現半透明的顯示效果直到放大過程結束,網頁本身並不會呈現暗色,圖片四週有像是半透明的陰影。當然,暗色背景什麼的是可以在 script 上調整,並不一定說某種風格並是屬於哪一類。

網友憂藍夢境的部落格上搜集了一些 LightBox 類 javascript 的相關資訊,或是直接到 Lightbox 2 網頁上找尋資料。至於 FancyZoom 則是可以到 Cabel 的部落格上下載其 javascript 來使用。下載的檔案要再修改一下 CSS 檔或 javascrpt 上的檔案路徑,免得瀏覽器在讀取時找不到關聯的檔案。而安裝方式就如 Lightbox 2 或 Cabel 網頁上說明的一步步按順序來裝,很簡單的。我自己是用 FancyZoom 效果,很有蘋果風。

下面便秀兩張網站的截圖:
LightBox 2FancyZoom

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2008/11/04

大有深意的 Unix/Linux 指令

最近在網路上,有人介紹了一部好玩的影片,內容是一個傢伙跑去紋身。

他老兄紋的不是圖案,而是一堆文字/符號。好玩的地方在於,只要熟悉 Unix/Linux 的指令,然後再往邪惡一點的方向想,就能知道這段文字/符號中所想要表達的故事/意思了。

absinthe@havoc:~$

who | grep -i "brunette" |
talk; cd ~; wine; talk; touch; unzip; touch; strip; gasp; finger;
gasp; mount; fsck; more; yes; gasp;
umount; make clean; sleep

Code is art

而影片本身其實並不好看,可以上 YouTube 中找到 (只是看到標題就能猜得到內容,上傳影片的傢伙真不專業)。

(內容挺邪惡的,有些兒少不宜,請注意。)

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2008/11/03

粗略整理一下 Mac 上的好用資源

稍微整理了一下現在電腦上的軟體。
大多是免費取用,所以不必擔心版使用上是否違反著作權等的問題。除了一些真的很不錯的軟體之外,其他都有免費版本可用,而且對於一般使用者來說也用不到付費版的功能。因此簡單地列了個清單在這兒,免得我以後升級或重灌時忘了。

/* -- 網站集合 -- */
* Apple Software for Science
   http://www.apple.com/science/software/
   一堆可以在 Mac 上使用的軟體,有些免費,有些要註册使用。
* Mekentosj
   http://mekentosj.com/programs/
   其中的 4Peaks, EnzymeX, iRNAi等是好用的分析工具。Papers 是超值的 PDF 檔瀏覽和管理工具,你可以下載試用 30 天,可自動到 PubMed 下載該 paper 相關資訊,值得購買。其他是免費的。
  iPaper
   http://ipapers.sourceforge.net/iPapers.html
   另一款和 Papers 一樣的 PDF 管理和下載軟體。我是覺得沒有 Papers 好用。
 其他介紹 PDF 管理軟體的網站
   http://blog.vgod.tw/2006/08/21/mac上的PDF管理工具/
   http://blog.roodo.com/droger/archives/2894381.html
* Mac-u-konw
   http://www.macuknow.com/
   算得上是一些基礎實用大集合,很有用的一個網站。
* Mac 軟體和更新網站
   http://www.pure-mac.com/index.html
   http://www.macupdate.com/
* 一堆免費軟體大集合
   http://www.opensourcemac.org/
* 專門介紹 Mac 軟體的 Blog
   http://applewoods.org/
* 一堆部落格
   我愛吃蘋果
   http://www.mobile01.com/topiclist.php?f=177
   蘋果核
   http://blog.roodo.com/appleseed
   麥克迷
   http://macfansclub.blogspot.com/



/* -- 軟體分類 -- */

** 瀏覽器
   Firefox http://www.moztw.org/   -->推薦使用 (和網頁上有美女無關....)。
   Opera http://tw.opera.com/
   Nally http://yllan.org/mac/Nally   -->Leapard 上的BBS軟體,很好用。

**
MSN 軟體
   Adium http://www.adiumx.com/    -->推薦使用。
   aMSN http://www.amsn-project.net/
   Mercury http://mercury.im/
   
** 圖片編輯和繪圖軟體 
   GIMP http://www.gimp.org/    -->推薦使用,免費,以前號稱是 Linux 界的 Photoshop。
   Inkscape http://www.inkscape.org/   -->推薦使用,免費,好用向量圖繪製軟體。
   (以上需要加裝 X11,這應該在安裝光碟的第二片中可以找到。預設中,系統安裝時不會安裝這一個)
   ArtRage http://www.ambientdesign.com/   -->推薦使用,免費版有功能限制,但無日期限制。
   Seashore http://seashore.sourceforge.net/   -->相當於簡易版的 GIMP,不需加裝 X11。
   Pixen http://opensword.org/Pixen/   -->相當於 Windows 上的小畫家,但功能比較多。
   
** 文書
   OpenOffice http://www.openoffice.org/   -->可完全置換 Microsoft Office。但是簡報軟體,我覺得還是 Mac 上的 Keynote 比較好。而 Word 可以與 Endnote 結合,這是我買 Office 的原因。
   NeoOffice http://www.neooffice.org/neojava/en/index.php -->以前是因為 Openoffice 沒有 Mac 版才發展出來的。現在有 Mac 原生版 Openoffice,所以我不大推薦。
   Abiword http://www.abisource.com/   -->簡易型的 Word。
   Bean http://www.bean-osx.com/Bean.html  -->超好用的 Word 簡易型替代品。
   Plot http://plot.micw.eu/   -->數據製圖。
   GnuPlot http://www.gnuplot.info/    -->類似 Plot。
   Skim http://skim-app.sourceforge.net/   -->Preview 在閱讀 PDF 的替代品, 比Adobe 小巧, 但不巧的是中文說讀上會有些問題。
   
** 多媒體
   Mplayer http://www.mplayerhq.hu/design7/dload.html
   VLC http://www.videolan.org/vlc/    -->可以部分取代 QuickTime, 尤其是某些檔案無法打開始很好用。 也可以讀取 flash 檔。
   Perian http://perian.org/   -->讓 QuickTime 讀取許多不同格式的影音檔案。
   RealPlayer http://www.real.com/
   Flip4Mac http://www.flip4mac.com/    -->讓QuickTime 可以讀取 windows media 專屬格式的檔案。
   Audacity http://audacity.sourceforge.net/    -->編輯音樂,支援多音軌製作。
   
** 遊戲
   Goban http://www.sente.ch/software/goban/    -->Mac 圍棋軟體,可連線對奕,亦可單機自娛。
   Gomoku http://mac.deray.org/Gomoku.html     -->五子棋。
   Supertux http://supertux.lethargik.org/     -->瑪莉兄弟企鵝版。


** 其他
   日誌軟體 http://journler.com/
   ArtText http://www.belightsoft.com/products/arttext/overview.php     -->可以弄些很好玩的字體,會輸出成圖檔。
   Cyberduck http://cyberduck.ch/    -->FTP 軟體。
   RAAViewer http://web.mac.com/rlivingston/Site/Radiology_Anatomy_Atlas.html     -->用來看人體解剖的軟體,免費。可用以教學。

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