2015/05/31

ImageJ 測定膠體電泳距離的 Macros - MolWt

前言:

以前在實驗室跑電泳時,雖然聽過有軟體可以計算出,在膠體電泳之後目標片段的距離,但我一直没有親自了解過,一是因為用不到,二則是因為用不到,三還是因為用不到。直到 PTT 上有網友詢問使用 MolWt 巨集 (Macros) 時發生問題的解法後,才想試著使用看看。由於該巨集有附說明,因此可以按步驟一步一步來。但問題也就發生在明明按著步驟來,卻無法得到結果而卡關。後來,研究了一個晚上之後,才試出了解決方法。不過,這個解決方法可能並不適用於其他操作環境,使用時得稍稍微調一下。而經過和 PTT 網友的討論發現,他的問題和我的問題也不盡相同,但是可以相互參照調整。
以下,便試著按照說明文件的步驟一一來進行,並附上可能碰到的問題和可行的解決方案。因為整個操作步驟其實很簡單,只是說明上複雜囉唆了些。下文中是以 DNA 電泳為例,但是拿 protein 電泳的圖來分析也是可行的。

步驟:

I.準備

要準備好軟體 ImageJ、欲分析的膠體電泳圖檔案以及 ImageJ 的巨集,同時也是本文的主角,MolWt
ImageJ 目前最新版本是 1.49s,可以從 ImageJ 的官方網站 (http://imagej.nih.gov/ij/) 下載。但網站給的似乎只到 1.48 版;我是使用 ImageJ 的檢查更新並自動下載安裝功能,所以目前才會使用到 1.49s 版。ImageJ 在各平台有版本差異,安裝時需要注意;其中也有跨平台版本可用;它需要 Java 才能運行。下圖是我的使用環境:
Mac OS X (10.10.3 Yosemite)
Java 1.6.0_65 (64-bit)
ImageJ 1.49s
ImageJ 版本
PTT 網友的操作環境是 Windows 7 (64-bit),ImageJ 版本為 1.48v。後來改升到 1.49s 並按照操作說明進行之後,之前碰到的問題似乎都解決了。
MolWt 似乎是某家德國電泳和顯像儀器廠商所寫下的 ImageJ 巨集,目前並未被收錄在 ImageJ 的預設巨集中,也未收錄在 ImageJ 官網上的的巨集列表裡。可以從廠商的網站 (http://www.phase-hl.com/imagej.htm) 下載。這網站非常陽春,別被嚇到了。另外,巨集的說明文件也最好一併下載了,是PDF (http://www.phase-hl.com/ImageJ/MolWt-Macros.pdf) 檔。