Specifec Activity of radioactive transcripts

一直以來，計算 in vitro transcribed 出的 RNA 或經由 DNA polymerase 做出的、isotope-labeled DNA 的 specific activity 是我的痛。我一直沒搞清楚為什麼可以由已知 isotope input specific activity (micro-Ci/nmole)、DNA template (nanogram)、和用幾張 filter paper 上點的 isotope 的量 (cpm)，計算得到 polymerase 所做出產物的 specific activity (dpm/microgram)。

今天 Lab Meeting 上被電之後，我到圖書館散心找資料，結果意外發現了一個好物，一條計算 specific activity 的公式：

Specific Activity 公式

出自 The condensed protocols from Molecular Cloning (Joseph Sambrook & David W. Russell, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2006) 一書。又是公式，沒錯。在我不應該沒有研究生樣地不想搞清楚 transcript 的 specific activity 到底怎麼得出來的時候，它還挺好用地。
Specific Activity 的單位是 (dpm/μg)。
公式中的其他項目是：
L：input radioactiv label (μCi)
PI：Washed/Unwashed value from DE81 filter paper
m：mass of template DNA (ng)
S：specific activity of input label (μCi/nmole)

而 DE81 filter paper (Whatman) 是要在 0.5M disodium hydrogen phosphate (pH 7.0) 中清洗。而我們 Lab 的 protocol 則是在 0.2M ammonium bicarbonate 中清洗。下次換成前者來洗好了，因為實驗室已經很少在用 DE81 法來計算 specific activity 了，而 protocol 則不曉得是誰抄自何處？

Powered by ScribeFire.

homolog, ortholog, and paralog

這啥？

是的，這啥？每回在 paper 上看到 homolog/ortholog/paralog 等等的字時，就會開始在腦中尋找它們的定義。可惜，總沒記得住，以至於情況就陷入像是在『自己/已經』的字詞中，選擇『已/己/巳』三字裡的正確單字——我是用行列輸入法打字的，所以有這種情況出現。

今天，學長走來問我相關用法，而我又不是很確定。於是再次請教 google 大神，看看正確用法是什麼。簡單來說，homolog 是一般我們說的同源基因，也就是基因間有「血源關係」的意思。而 ortholog 呢？它是指『不同物種』間的基因，有源於共同祖源基因的關係，通常基因功能一樣，但又因為演化的緣故，使得在比較兩個 ortholog genes 間的功能時，會發現其中一個有 lost-of-function 或是 gain-of-function 的現象。最後一個單字，paralog 則是指基因間是由於 gene duplication 而來的，是『一個物種』內 genome 的複製產物，最後也有可能會演化出不太一樣的功能，但有時候其中一份會是 pseudogene。有幾個網站上的說明可以參考：參考資料一、參考資料二。

以下是一個簡圖，免得自已忘記。圖中是以 globin 為例：

Powered by ScribeFire.

中研院分生所再招災星

中研院分生所在十月十三日發生頂樓失火事件 (有圖為証)，那時候還是居高臨下的「雞蛋中心」(基因體與蛋白體研究中心) 深夜留下做實驗的人拍到的，消防車也是他們在看到分生所頂樓失火後打電話報警叫來的。 今晚，災星再次照耀中研院分生所，儘管因為寒流來襲，整天都在下雨。

今晚約六點半鐘，我和育修及沛之從實驗室走出，到老家牛肉麵館吃「ㄅㄧㄤˋ ㄅㄧㄤˋ 麵」。在等待上麵的時候，忽然聽到消防車警鈴大作的聲音，不是由遠到近的那種，而像是突然在耳邊響起。隔壁桌坐著四個看樣子也在中研院工作的人，其中一人就說了，「這麼近還要鳴笛？喇叭按一按，大門警衛就會放進去了。」大門警衛怎麼樣都不可能會攔下消防車的吧，何況消防車按喇叭也是規定要這麼做的吧，我心裡這麼想著。不過，中研院大門離台北市消防局舊莊分局才約百又五十公尺之遙。當時，心裡以為發生事故的地點是在院外，隔壁桌的人可能只是隨意猜想罷了。

等到吃完麵回來，也沒注意到分生所前面的消防車，天很黑，院內又沒有多少亮著的路燈，而那時也只是低著頭躲小水窪和躲雨。臨近生醫所大門，看到一堆人站在玄關，還以為他們是做完實驗要回去，站在生醫所大門外只是想等雨勢小後才動身。直到十點半鐘，從生醫所走出來才發現隔壁的分生所外站著一堆人。嗯，真的是一大堆人，還有兩三部消防車，分生所外頭還拉了像是警匪片中會有的封鎖線。就連生醫所外也停了一部消防蓄水車和一部名為「宇宙一號」的台北市消防局救護車。這時才知道消防車的目的地是多災多難的分生所。

向生醫所那位喜歡和美眉聊天的夜間警衛之後才知道事由。原來，在傍晚時，分生所傳出不明氣體外洩，於是消防車來了，分生所內的人被迫徹離，環保局的稽查人員也來了解原因。因此，分生所的人不是因此而回家就是在外頭痴痴地等。

等我走回租屋處才發現自已早上出門時又忘了將鑰匙給拿出來。於是又走回中研院取備份鑰，再次走出生醫所時已是晚上十一點半左右。這才看到分生所外的消防車正準備徹退，而分生所的人也陸續回到那多災多難的建築物裡。這一夜，還沒 結束呢。

Powered by ScribeFire.

Human papillomavirus (HPV)

其實，我要說的不是 HPV，而是 HPV type 5 E2 protein。碩士班剛入實驗室時，老師要我試著在 cell line 中表現 HPV-5 E2 蛋白。於是乎，我便做了兩個 expression plasmids 好在 Tet-off/Tet-on system 中表現這個蛋白。一般來說，和人類癌症比較有關的是 HPV-16 和 HPV-18。而今年諾貝獎得主當初發現的正是 HPV-16。我們之所以選 HPV-5 E2 是因為這個蛋白質上面有很長的，喔不，是非常長的 SR-rich region (RS domain)，比一般 SR protein 上的 RS domain 還要長。老師本身就對 SR protein 很有興趣，所以才會做到這東西。否則，再怎麼樣都不大會和病毒打交道，即使只是它的其中一個基因產物。而我沒做出來。在實驗室常用的 Tet-off HeLa cell line 中無法表現出來。我本來很鬱悶，結果，在聽到了其他實驗室成員 (當時是諸位學長與學姊) 也沒能用其他方法在任何 cell lines 上表現出來之後我就比較寬心些。後來，我就換題目了。到現在，好像也沒聽說有哪間實驗室能做出可以表現 HPV 的 cell line。真是難搞！嗯，其實，我是想要在這一篇文章中打廣告：

The Federation of Asian and Oceanian Biochemists and Molecular Biologists, Inc.

這個組織在本月份的 23~25 日，於陽明大學舉辦研討會。其中，就有一個 section 將討論有關 RNA 的東西。這對我們研究 RNA 的實驗室來說是個相當難得的會議。有興趣的人就來聽聽吧。我們老師和她博士班時期的老闆，中研院分生所的鄭淑珍老師，在這次會議上都會給個題目發表演說。

上個星期就聽老師說到這會議了。只不過，在陽明大學的首頁和研討會訊息的相關聯結中一直找不到有關會議的一點訊息。反而是在有人到首頁上的「國際交流中心」聯結才在一個不起眼的角落中找到它的蹤影：

Powered by ScribeFire.

Adenovirus type 5, E1A: splicing patterns

很多涉及 alternative splicing 的 RNA-binding proteins 實驗都會選一些古早時期便在使用的 splicing assay minigene 來當作 general effectors。例如 adenovirus 的 E1A minigene, 或是 nucleolin 1 (NOL1/P120) 的 intron F minigene 等等。E1A 常表現出的是所謂 9S (distal), 12S, 以及 13S (proximal) 的 splicing patterns (見下圖)。不過，偶爾也會有極少數的 10S 和 11S 的產物。

為了讓自己好找，所以在參考了原始 paper 給的資訊，加上實驗室經過定序之後的結果，我將 splicing patterns (圖摘自 EMBO journal, 1987, 6: 2027) 中在 splicing junction 兩旁的 exon sequences 給畫在 splicing patterns 圖上，一目瞭然 (其實是懶得再重畫一張美美的)。我們實驗室用的就是 human adenovirus type 5 的 E1A minigene。

Type 5 Human Adenovirus E1A Splicing Patterns

Powered by ScribeFire.

桃園龍潭渴望園區

國防生科所在六月十九、二十兩日，在桃園龍潭的渴望學習園區(宏碁)舉辦了第八屆論文研討會兼新生座談會。我參加了論文佈告比賽----這是我今年第三次貼論文佈告了。

這一次研討會，我們班有人參加論文口頭報告比賽(豐正)，不過，內容部分就比其他人要來得少而且比較不完全些，畢竟其他人的都是已發表或是畢業論文了。貼佈告就只有兩個人，我和雅妮。另外還有其他四位認識的人也來貼佈告。我其實對自已的東西能否得獎很沒信心。同實驗室的一位國防生科所學生兼我大學同學瑋倫，也來貼佈告。這算得上是她近年來第一次將實驗成果展示出來和大家分享，很不容易的，因為她的實驗歷程比實驗室其他人還要來得困頓。

渴望園區地方很小，但算得上是五臟俱全了。有吃有住，還有得玩。附近多樹多草皮，還有好幾片的茶樹園。空氣還算不錯，至少比中研院好多了，在這兒，我的鼻子比在台北市還來得自在呢。剛進來就見着許多正在換羽的小白鷺悠閒地在草地上散步。在園區的會議室可以無線上網，很快；而住宿區收到的無線網路訊號就不能，可能是有住戶架上私人 AP 吧。還好還有有線網路可以用，讓我這個半宅男不至於憂慮沒有網路可用。

裡面有一家7-eleven，營業時間真的是早上七點到晚上十一點。今早，我騎著腳踏車在園區和園區附近晃，結果，經常被警衛給擋下。因為這附近還有幾個私人住宅區，沒法乘腳踏車闖進去。被擋下的感覺非常差，不過，私人社區就是有這種規定。

給幾幅園區的圖：

MAPK 蛋白家族的名稱

我們實驗室並不是研究 kinase 的，對於非 SR protein kinase 的成員，普遍感到陌生，尤其是它們的名稱。在生物界，一個在早期就發現到的基因或蛋白質通常都會有許多的別名 (而且還大量使用名稱縮寫)，大多是因為研究人員對它們有不同的命名，這種情況對於後進人員而言，簡直是一種負擔。
這裡，我根據 NCBI 上 Gene Database 的命名方式給 Mitogen-activated protein kinase (MAPK) 家族的成員來個名稱大匯整，內容可能不完整，不過，也應該夠我用的了。

MAP Kinase Family Members

基本上，它算一目瞭然了，我也懶得多加解釋了。

Powered by ScribeFire.

農民曆

某一日，老師走到實驗桌前，先是嘆了一口氣後問：「唉，你們誰有農民曆啊？」
眾生：「……」
師：「誰幫我看一看今天適不適合 submit paper 啊？」

siRNA設計的注意事項

事實上這一段是老闆整理過的東西。放在這兒讓我自個兒不至於忘掉：

Rules:
1) low G/C content (36~52%)
2) at least 3 A/U bases at positions 15~19 (sense strand) [A at position 19 is more prefered]
3) sense strand base preferences: 3(A), 10(U), 13(not G), 19 (A or U)

References:
1. Nat Biotechnol. 2004 Mar; 22(3): 326-330. Rational siRNA design for RNA interence.
2. Dharmacon, Inc.

Dharmacon 網站上可以貼上已知序列或以 NCBI 上 nucleotide 的 Accession Number 做為序列來源，讓網站替人計算可用的 siRNA。一般來說，所得 score 越高，越符合規則。但是，效果如何確無從判斷了。

我們這裡不是hotel

今天，收到行政單位的一封信，如附圖。

唉。當研究生或助理還是會累啊。有時候會想要找個安靜一點兒的地方小瞇一下，有椅子的交誼廳、休息區自然是上上之選。小瞇一下過後，更有精神做實驗了。當然，有時候躲老闆那裡也是個不錯的逃亡地點。

如今，連睡個小覺都不行了。

二毛在N223

這是兇手的照片！

老師辦公室外有個面向西方的小陽台。我取名為觀夕台。

她在觀夕台外種了幾株植物，最讓她感到驕傲的是幾株從種子長成的芸香科的橘子。
一週前，她出國開會去了。沒想到回來之後到陽台欲澆灌植物時發現她的橘子被蟲子吃得連葉子都沒了。所幸，她種了很多，被吃掉的只是其中幾株，那長得「亭亭玉立」的反而沒受到波及，只是像是被其他蟲子當做了臨時住所。我們找了一下才發現那是被鳳蝶的幼蟲給吃了。

這是其中的幾張照片。還好，它們才要開始進入蛹期而已，每天記錄的話應該能夠記到羽化時。我們目前看不出是哪種鳳蝶的幼蟲，不過，待蝴蝶出來就知道了。

我把它叫做二毛！

文章千古事

最近在幫老師寫一篇 review article 的部分內容。而內容實際上和我做的東西有關，甚至寫到一部分我們未曾發表的小東西。
寫文章， 尤其是 review，經常要引經據典，旁徵博引其他思想和數據，和寫一般文章來比較，真的是差很多。尤其是對一個第一次動手寫 review 的人而言，其中苦楚更是「點滴在心頭」，「不足以與人道」。以前常聽老師很自豪地說她在出國開會期間，利用飛機上往返的時候就把 paper 或 review 的 manuscript 給寫完了，或者聽到她老人家說她用了一天或一個週末弄完了一個 proporsal 或什麼的，讓她覺得自我感覺非常棒、很了不起。聽在我們這些學生助理的耳中，便覺得那沒什麼了不起，不就是寫文章、爬格子，至於嗎？俗話說，「坐著說話不 覺腰疼」，我們可能聽多了老師稱讚她自已的話就覺得事情似乎也沒多少難度。可實際上讓自已親手寫、自已碼字時，才知道文章是多麼地得來不易啊。

Ganesh 返印

在我們實驗室待了三年的 postdoctor 因為一些因素要回到印度去了。這是 11 日時在實驗室的小型餞別會。當時 Ganesh 一家子也到實驗室同歡 (?)。在實驗室，這種「大型」的聚會都會招來一些 pizza 來享用。

和 postdoctor 的交情不深，一來是英文不夠好，二來是個性孤僻像個老頭子。不過，他就這樣走了，感覺還是有些像是充滿了藍色似地奇怪。

田園生活？

某日......

師曰：「我每天忙得要死要活的。你們怎麼會這麼悠哉？」

生：......(汗！)

不喜歡玩

今天老師剛忙完了一篇 review article。在傍晚的時候跑來和正趴在休閒廳桌上啃飯盒的我們三個人小聊了一回兒。

她說她其實不喜歡到處玩。

嗯！ 關於這一點我們私底下其實是非常認同的。老師甚至還有過年期間大年初一到實驗室待著的記錄。今年過年，她們一家子和其他人家到泰國旅遊。老師還帶了 manuscripts 和筆記型電腦過去。老師對我們說其他同梯次的人都說她很無趣。老師可能也很無奈吧。因為，她有交稿的壓力。只是，我在聽老師描述的時候並沒感受到她對於把 manuscript 帶出去玩感到有任何不對的地方。

在我剛來實驗室的時候，老師還帶整間實驗室爬過陽明山上的七星山。還帶我們到她剛完成的新家參觀過。當時，我並不以為她是個不好玩 (好發第四聲) 的人。只不過，這三四年間，她坐在辦公桌前的時間確實比以往多了很多倍。

美金 2,370 元

這是什麼數字？是大樂透頭獎號碼？還是一台頂級筆記型電腦的價格？

都不是！這是今年要在 Nucleic Acids Research 發一篇論文所需要的價錢，是他們要求的 Open Access 的價格。老闆猛一看的時候簡直是不敢相信----搶錢也不是這麼搶的呀！

一篇論文要價美金 2370 元？這還讓不讓人活啊？

Powered by Zoundry

對話_001

討論中﹍﹍
生：「關於這個問題，我倒是沒仔細想過﹍﹍」
師：「你怎麼就不會動一下腦子？唉呀！我的媽呀！」

生：「我覺得﹍﹍」
師：「你不要再想！被你想過都是錯的！」

IMB 二十週年慶

Joan A. Steitz 是老大在國外當 Postdoc 時老大。說起來，她是我們的師祖，而實驗室裡平時也是如此稱呼她的。當然，老大除外。

師祖是 Francis Crick 的學生之一。Crick就是 1953 年時在自然 (Nature) 期刊上發表 DNA 雙螺旋中的其中一位。

若非這一回分生所成立二十週年慶，我們或許還見不到她老人家的盧山真面目呢。事實上，這是師祖第二度來到台灣。而第一次就如同這一回一樣是和師祖的先生 (同在哈佛大學任教) 同來。這一次是參加分生所所慶，而上一次來則是二十年前，是在分生所創所時。

沒 真見到這些人，我還感受不到所謂外國大頭們對於研究的熱忱是達到了什麼樣的地步。分生所所慶第二天中午，老大便帶著師祖和實驗室一同吃午餐，順便聽聽實驗 室在進行些什麼樣的研究，也請師祖給些建議，交流一下想法。不過，大部分時間裡 (說老實話，時間很緊迫) ，師祖都是說 「菲力應特里斯亭」「那廝甲伯」「古德」等等的話。或許只是客套吧，不過，能得些讚許也是不錯的。

師祖人年紀雖大了，不過，顯然腦筋比我還好使。很多在報告當天我沒注意到的細節，她都問出來了。真是令人汗顏！而且，那些報告的內容都是在實驗室會議時就曾經報告過的。

另外，我們總覺得老大有些部分和師祖很像，例如小動作和穿著個味等等的。或許，她們是一類人也說不定。

「折」學式談話

今天，實驗室中因為最近「屏風」的表演而興起一些哲學式的對談和討論。也因為倒扁風潮而湧起一些「時話」(對應時事的對話)。

瑞旻忽然想到一個腦筋急轉彎的中心主題，正在找人試驗效果並嘗試加強笑果。他的主題是丫扁最不可能參加的舞台表演形式是相聲，而觀眾卻最想要他講出謝幕的最後一句話——「丫扁、某某某，下台一鞠躬。」

就在測試階段時，學弟看我們一堆人聚在一塊兒不曉得在幹什麼，忙湊上。待聽得明白後突然拋出了一句「男人就像洋蔥一樣」的話出來，要我們猜這句話的意涵。這是他從觀看劇團表演的收獲之一。
看樣子，他是受不了了一群人在一旁耍冷兼取暖。

有個傢伙，在死拗活賴的功夫下向聽過相聲表演的學妹問出了洋蔥男人的意涵 (大約是指『男人有很多表象，卻少了真心』的意思)。在回到了坐位上後興沖沖地跑向眾人處說道：「在 Luc Besson 拍攝 Taxi 某一集有耶誕老人的最後一段中，女主角對男主角說『男人永遠不缺乏熱情，但缺乏行動。』」眾人無語 (因為不曉得要怎麼回應)。

唉！這是在幹什麼呀？裝什麼一秒鐘哲學家，把場面都搞冷了。還真不愧是「折」學家，折了學問的專家。

那傢伙是我。

Rotation Student

這是前年暑假，實驗室在貝里尼聚餐時的合照。那時正是兵馬荒亂時，新生剛進來，舊人將淡出。

我們家現在的成員共有博士後研究學者一名，博士班學生八名，碩士級助理一名，rotation students 三加一名。再加上老師就一共有十五個人。
這其中，有兩位博班學生同時是國防役助理，有一位剛從碩士畢業又考上博士班；有三位台大學生，有四位國防學生，還有一位清大學生。
Rotation students 當中，有兩位是國防學生，另外兩位是國際研究生學程的外國人。
我們實驗室裡的外國人中，有兩位來自印度不同地方，另一位是伊拉克人。
「伊拉克人耶！」
我們現在有些戰戰兢兢，怕會刺傷了伊拉克「小回回」(李熬對新疆回族人的膩稱，我用來通稱回教世界的人) 的心。不過，她可能只會待在我們實驗室一陣子，因為她還是新生，非常有可能會再到處看看。而且，我們實驗室已經有八位學生，而且都是博士班！
還有，伊拉克學生 (我還不曉得她名字，聽說她和她先生都是醫生。) 似乎沒有分生方面的背景，一些實驗原理也不懂。不過，老師說她很積極。