ImageJ 測定膠體電泳距離的 Macros - MolWt

前言：

以前在實驗室跑電泳時，雖然聽過有軟體可以計算出，在膠體電泳之後目標片段的距離，但我一直没有親自了解過，一是因為用不到，二則是因為用不到，三還是因為用不到。直到 PTT 上有網友詢問使用 MolWt 巨集 (Macros) 時發生問題的解法後，才想試著使用看看。由於該巨集有附說明，因此可以按步驟一步一步來。但問題也就發生在明明按著步驟來，卻無法得到結果而卡關。後來，研究了一個晚上之後，才試出了解決方法。不過，這個解決方法可能並不適用於其他操作環境，使用時得稍稍微調一下。而經過和 PTT 網友的討論發現，他的問題和我的問題也不盡相同，但是可以相互參照調整。

以下，便試著按照說明文件的步驟一一來進行，並附上可能碰到的問題和可行的解決方案。因為整個操作步驟其實很簡單，只是說明上複雜囉唆了些。下文中是以 DNA 電泳為例，但是拿 protein 電泳的圖來分析也是可行的。

步驟：

I.準備

要準備好軟體 ImageJ、欲分析的膠體電泳圖檔案以及 ImageJ 的巨集，同時也是本文的主角，MolWt。

ImageJ 目前最新版本是 1.49s，可以從 ImageJ 的官方網站 (http://imagej.nih.gov/ij/) 下載。但網站給的似乎只到 1.48 版；我是使用 ImageJ 的檢查更新並自動下載安裝功能，所以目前才會使用到 1.49s 版。ImageJ 在各平台有版本差異，安裝時需要注意；其中也有跨平台版本可用；它需要 Java 才能運行。下圖是我的使用環境：

Mac OS X (10.10.3 Yosemite)
Java 1.6.0_65 (64-bit)
ImageJ 1.49s

ImageJ 版本

PTT 網友的操作環境是 Windows 7 (64-bit)，ImageJ 版本為 1.48v。後來改升到 1.49s 並按照操作說明進行之後，之前碰到的問題似乎都解決了。

MolWt 似乎是某家德國電泳和顯像儀器廠商所寫下的 ImageJ 巨集，目前並未被收錄在 ImageJ 的預設巨集中，也未收錄在 ImageJ 官網上的的巨集列表裡。可以從廠商的網站 (http://www.phase-hl.com/imagej.htm) 下載。這網站非常陽春，別被嚇到了。另外，巨集的說明文件也最好一併下載了，是PDF (http://www.phase-hl.com/ImageJ/MolWt-Macros.pdf) 檔。

SR Protein 的重新命名

James Manley 和 Adrian Krainer 這兩位最近在推動 SR protein family 的統一命名。以下的表格是結果 (從我老闆 Dr. Tarn 公布在實驗室的表格抄下來)。而 Dr. Krainer 最新的期刊論文便採用新命名 (Nat Struct & Mol Biol, 2010, 17: 306)。

New Name for SR proteins

一開始肯定會非常不習慣。就像是一位很熟的人突然改了名字一樣地令人彆扭，但久了之後也就會習慣了。至於記不記得住的問題，我這兒不就貼上了個對照表嗎？而且，免疫學領域中的 CD?? 和 IL?? 一堆基因和蛋白質，重要的那些不都讓研究人員給記得清清楚楚的嗎？似乎不用擔心。

臺版 RNA2010 研討會

臺灣 RNA 小小世界的第三屆大型研討會，RNA 分子生物科技研討會/RNA2010 要開始了。

壁報展的論文上傳已經截止，但不死心的可以再拗拗看，說不定會放行。
一般報名是到元月十七日下午五點鐘為止。

研討會時間是
2010年02月08日 (12:30, Monday) ~ 2010年02月09日 (17:50, Tuesday)
地點依然是在
國立成功大學醫學院 (一樓第三講堂，建國校區)

本次議題主要有三部分
1. Control of Gene Expression
2. microRNA and Gene Silencing
3. RNA Virus

這次邀請了三位國外講者
Masatoshi Hagiwara，主講 RNA Splicing 和新治療手段的展望(？)。
Haruhiko Siomi，主講 RNA silencing 和 transposon repression 之間的關係。
Nicolas Locker，主講 HIV 和 HCV 中 IRES 的轉譯調控。

以下是本人的一些會議前觀點。
最近幾年有關 RNA 的相關研究又再次紅了起來，西元 2000 年後的幾座諾貝爾獎頒發也証明了 RNA 顯學的地位。

在臺灣研究 RNA 的人不算多，前幾年的同儕間的交流大多是經由其他大型會議下的小小分類，或是麻吉間的口耳相傳，要不然就是純屬偶然的交會。這兩三年，經由幾位臺灣 RNA 研究界大佬們的商議和催生，總算有了個比較大型的、以 RNA 研究為主題的交流會。好處是可以一次看個夠，壞處是怕被看個夠，不過，這種疑慮在臺灣應該不是多大，機會小得很，大多是交流互補比較多吧，畢竟人少。

前兩屆會議是一整天，早上一大早起來趕開場，傍晚才結束。但好處是不必過夜。這一回不曉得為什麼會想要開兩天，很傷精力和金力。記得前兩屆才在討論說是不是改成每兩年開一次研討會的，沒成想卻變成了一開就是兩天。嗯，或許下一次就是在後年舉辦吧？不過主辦單位有提供成大校友會館的住宿報名，看起來還不錯。

會議網頁外觀每年都有進步。但今年的報名系統很機車，竟然是 IE-only，而且還大辣辣地就在報名頁面上寫著「請使用 IE 瀏覽器」報名，而且，它還真的非 IE 不可呢，除非改換 user agent，讓非 IE 瀏覽器假裝成 IE。真的是個不友善的系統，我記得前兩年不是這樣子的啊，而且今年的贊助商名單中並沒看到微軟在裡頭，這讓我非常納悶。像我老闆一類不使用 IE 的、也不大懂電腦的人，想要報名還得花時間搞偽裝瀏覽器，她哪兒有那個時間啊？

另外報名系統只能用 ATM 轉帳的方式，這對歪國人很不友善啊，分明是不想讓歪國人來參加。不過，話說回來，歪國人都會選擇參加美國 RNA Society 舉辦的 Annual RNA Meeting 吧，誰會沒事來臺灣來參加個小會議？這樣一想就覺得只開放 ATM 轉帳似乎也有道理。

會議主題 1. 和 2. 基本上可以歸類在一塊兒，可能是因為研究主題不同，不怎麼好分別，所以才這麼區分的吧。

最後，海報上的圖真的是令人無語……

喔，對了，這次國內的受邀講者，有部分是博士後研究人員，算是 RNA meeting 的創舉吧。其中，榮俊是我們實驗室的傑出研究人員。大家有興趣的話，可以報名聆聽。

有趣的 frogfish (Histiophryne psychedelica)

前一陣子在 eScienceNews 上看到一則報導，它似是引自 UWNEWS (華聖頓大學新聞網？) 的校內新聞，內容在講述一種在印尼新發現的魚類。後來，在國內外其他的新聞入口網站上都能看到編譯過的報導：如雅虎/奇摩、大紀元、UFO、BBC 等網站。

這魚有什麼特別的地方，值得大夥兒報導來報導去的？
第一、它似乎是新種魚類 (現在想要找到新物種是越來越難了)。據說根據 DNA 序列的分析，這種魚和其他相似的天使魚類 (angelfish) 不大一樣。
第二、外型特殊。想知道有哪些特點？有興趣的就找以上幾個網站看看吧。簡單地說，它的一雙小眼睛可說是位在同一平面上，可能會和人類一樣具有立體視覺，至於實際上有沒有就不得而知了。
第三、會用胸鰭爬行。這年代會爬的魚類還真不多見呢，所以它的胸肌也一定超級發達吧。
第四、嗯，是因為它和政治無關嗎？XD

另外，華聖頓大學新聞網還附有它的影片，煞是有趣。猛一看頗有點發福河豚的感覺。

附上圖片兩張 (點一下可放大，再點一下回復)

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Frogfish (Histiophryne psychedelica)

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RNA_2009 分子生物研討會

RNA 分子生物研討會今年 (2009 年) 將在二月十四日西洋情人節當天於成功大學舉辦第二屆會議。

這是個在台灣相當難得的以 RNA 為議題主軸的學術會議。我老闆曾在幾年前於生醫所內辦了個很小型的 RNA Symposium，除此之外，台灣再沒有一個學術會議是以 RNA 為主議題來進行的，直到去年，網路上還能找得到去年的活動剪影呢。

去年因為是初次舉辦，加上其他原因，所以報名是免費的，而且會議結束當時還不清楚究竟會不會以常態活動的方式舉辦下去。還好，今年還有得參加，雖然得要繳納些微薄的報名費。報名截止日是元月二十日，但是海報張貼的報名截止日則是元月十五日，全採網路報名方式。下圖是活動海報：

今年的贊助廠商只剩下美商 ABI 一家 (其他可能還在談吧)，可能是經濟不景氣的緣故吧。

今年演講者，除了國內 RNA 界的熟面孔之外，還有兩位預定的海外講者，一是美國 Robert Wood Johnson Medical School 的  Gary Brewer，他研究的是 RNA turnover 以及 microRNA 的作用。另外一位則是武漢大學生命科學院生化系的張翼教授，她研究的主題則是 ribozyme 和 noncoding RNA 的結構生物學。嗯，這兩位我都不熟。

今年的主題主要有 virus RNA/RNA bioinformatics、posttranscriptional rugulation、translational control 以及 noncoding RNA。有興趣的人快報名參加吧。

我好奇的是，海外的人要怎麼繳錢啊？

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RNA-binding proteins and their interacting sequences

唔，這篇是用來記下一些腦子經常會忘掉但又常用的東西。

有越來越多的証據顯示 RNA-binding proteins 大多有其專一性結合的 RNA 序列，即便是 ESE finder 網站上的 SR proteins，也都有各自的 RNA 結合序列。以下的表格只是稍微統整一下手上的資料。以後若有更新的資料，我會再追加。

RNABP 和 RNA seq

RNA 序列是以 IUPAC 的符號來表示：
[A/G: R]、[A/T: W]、[A/C: M]、[T/C: Y]、[T/G: K]、[C/G: S]

在參考資料中，SR proteins 和 Nova 的 RNA 結合序列是由 SELEX 的方式得到。

參考資料：
Nature Reivew in Genetics, Vol 3: 285 (2002)
Nature Genetics, doi: 10.1038/ng.264 (2008)

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Human papillomavirus (HPV)

其實，我要說的不是 HPV，而是 HPV type 5 E2 protein。碩士班剛入實驗室時，老師要我試著在 cell line 中表現 HPV-5 E2 蛋白。於是乎，我便做了兩個 expression plasmids 好在 Tet-off/Tet-on system 中表現這個蛋白。一般來說，和人類癌症比較有關的是 HPV-16 和 HPV-18。而今年諾貝獎得主當初發現的正是 HPV-16。我們之所以選 HPV-5 E2 是因為這個蛋白質上面有很長的，喔不，是非常長的 SR-rich region (RS domain)，比一般 SR protein 上的 RS domain 還要長。老師本身就對 SR protein 很有興趣，所以才會做到這東西。否則，再怎麼樣都不大會和病毒打交道，即使只是它的其中一個基因產物。而我沒做出來。在實驗室常用的 Tet-off HeLa cell line 中無法表現出來。我本來很鬱悶，結果，在聽到了其他實驗室成員 (當時是諸位學長與學姊) 也沒能用其他方法在任何 cell lines 上表現出來之後我就比較寬心些。後來，我就換題目了。到現在，好像也沒聽說有哪間實驗室能做出可以表現 HPV 的 cell line。真是難搞！嗯，其實，我是想要在這一篇文章中打廣告：

The Federation of Asian and Oceanian Biochemists and Molecular Biologists, Inc.

這個組織在本月份的 23~25 日，於陽明大學舉辦研討會。其中，就有一個 section 將討論有關 RNA 的東西。這對我們研究 RNA 的實驗室來說是個相當難得的會議。有興趣的人就來聽聽吧。我們老師和她博士班時期的老闆，中研院分生所的鄭淑珍老師，在這次會議上都會給個題目發表演說。

上個星期就聽老師說到這會議了。只不過，在陽明大學的首頁和研討會訊息的相關聯結中一直找不到有關會議的一點訊息。反而是在有人到首頁上的「國際交流中心」聯結才在一個不起眼的角落中找到它的蹤影：

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[網站簡介] Eureka! Science News

Eureka! Science News 這個網站是我從科景 (Sciscape) 網頁得知的。其他介紹內容可以點選科景的網頁連結觀看。按科景上的消息來看，這網站是一位加拿大人 Michael Imbeault 在就讀於 Universite Laval 研究生時所做，網齡還不到一年。

網頁內容主要是呈現最新科學新知為主的新聞介紹網站。不曉得會不會被告。因為它是用機器人去科學雜誌網站上抓各類科學新聞下來，然後秀在自家網站上，而不只是列出新聞出處而已。由於這個網站上的新聞是「即時」公告的，所以，理論上來說，新出爐的科學研究可以很快地以平民化的語言周知大眾。有點兒像是 Scientific American 的新聞，只是少了類似回顧/評論之類的專文，可以將它看做是進階英文版的科景。這個網站內容包含有 Science, Nature, NASA 等知名科學雜誌或組織的新聞，因此，非常具有可看性。

我呢，則是把自己的 Firefox 首頁設成 e! Science News。實驗室開會時會有新論文介紹，所以，可以將它當做是參考來源，看看有哪些有趣又新奇的東西可以拿來介紹給大家。

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