對於要寫論文、趕畢業的學生而言，做實驗、讀論文之餘，最讓人頭痛的莫過於要整理分類上百、甚至是上千的參考資料。現代人還好些，所有東西都電子化了，只要全放進電腦裡頭就好。可是即便如此，在茫茫論文海中要找出依稀有些印象的、或是下載了卻還來不及翻閱的文章，有時也是件會讓人上火的事兒。對我來說，蘋果電腦用戶比其他系統用戶更能感受到一份優秀論文管理軟體的威力。Papers 就是我將要介紹和推薦的（但重點會放在最新釋出的第二版）。
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有人會說管理論文資料（尤其是 PDF 檔），使用 EndNote 或 References Manager，甚至是 firexfox 超強力套件 Zotero 就可以做到了。（EndNote 部分請參考我之前的文章；至於 Zotero ，請看神人 Yumi 的詳細介紹）。喔不，Papers 絕對會讓動目前的使用者感到驚豔，讓目前的懶人擁有神器降世的感動，讓眾多研究生（菸酒牲？）感激涕零，嗯，更正，是使用蘋果電腦（現在還包括了iPhone，或者應該說是 iOS 系統）的研究生才能有的強烈情感，其他系統使用者頂多只會感受到一絲絲波動。
/*以上是廢話！*/
⊙ 可管理並閱讀 PDF 文章
==閱讀==
使用者可以用 Papers 內建的的閱讀軟體開啟 PDF 文檔，或是召喚電腦中其他的 PDF 閱讀軟體（如 Skim 或 Preview）來開啟並做簡單註記甚至是編輯 (如 Adobe Acrobat)，端視開啟的軟體功能有多強大。而且它的呈現方式有多項欄位可以調整，如作者、標題、發表日期、期刊、關鍵字、收錄日期、閱讀日期、個人評分等等。在 Papers 2 時期，它還擁有 OSX 10.6 按空白鍵（space）即顯示高解析度預覽的功能。
==管理==
Papers 可以從期刊資料庫（如 PubMed、Google Scholar、Scopus、Wikipedia、JSTOR等等）下載已登載的文章及其相關資料（如全文、摘要、作者等等，即 metadata），或是從期刊原始網站中下載（要有適當的 license）到全文。所以，它很適合用以管理 PDF 型式的文章。在電腦中，Papers 會自動建立一個文件夾，以收攏已收錄在 Papers 底下的文章；但 metadata 應該是被放在如電腦中 ~/library/application (support)/ 之類的地方。
假設現在手中有幾篇PDF檔，想要使用 Papers 來管理時該怎麼做呢？首先當然是要 Papers 吃掉它（Import；消化則是個人的事），然後針對設定的資料庫做比對（Match）後下載資料庫中的相關資料，以供 Papers 管理之用，也讓管理人在日後方便搜索，在 Papers2 支援註解參考資料後這個相關資料的存在穚正確性更是不可或缺。這個 Match 的功能非常好用，幾乎是只要點兩下就能完成你想要的工作，讓 Papers 自動為你尋找資料庫中和目前手上 PDF 文章符合的內容。而至少去年中使用 Endnote X3 時我並未發現 Endnote 有這種方面的功能；在 Endnote 下，得先同時擁有 PDF 和相關資料才能將兩件不同的東西連結在一塊兒，但 Papers 令你像是個如臂使指的將軍。
在以往，我為了管理眾多的 PDF 文章或部分 manuscripts，我總是會系統性地為它們命名，並將它們放置在適當的位置。當然了，這是個好習慣——我得承認我的房間管理就沒這麼系統了。現在有了 Papers，命名就不再是我要管理和傷腦筋的事了。就讓 Papers 吃（import）進去後自動為它們加上適當的名稱吧。而命名方式可以在 Papers 中設定。
此外，自從 Papers2 問世後，它能管理的東西就不只是 PDF 檔案了，幾乎所有文書檔案都可以塞進去。
==Collection==
⊙ My Research
這其實屬於 Papers 管理的一環。在 Papers2 還出現了 My Research 這個「新人」，是個很新的功能。My Reseach 包括了 manuscripts、my papers 以及 Livfe 等三項功能。
Manuscripts 可以用來管理自已正在謄寫的文章，目前我知道的是 Office, iWorks, OOo.org 等的檔案它都能加入，並且日後可以召喚相對應的文字軟體來編修。最棒的還是它也加上了 supplementary data 連結（或附加）的功能；當然了，你可以隨時附加，也能隨時删除。
My papers 指的是自己已發表的文章，使用者可以用拖拉的方式加進去。以前，我總是很三八的地將有我名字的 papers 都收集在某個資料夾中，現代倒好了，可以光明正大地說是因為軟體有這功能，幹啥裝清高似地不用上呢？
最後的 Livfe （唸 life，是 Papers2 時期才發明的字眼）則是針對使用者有興趣的文章或 manuscripts ，和國外 Papers2 的使用者來個線上大交流，並交換意見，交換資料。我想這是 Mekentosj.com 網站或 Papers 軟體想要在雲端市場另外開立的領域，很有野心。至少我自已就會想用——假設老闆也使用 Papers2 的話，那每次修改過的 manuscript 就能很方便地在兩人以上之間流傳、討論及編修。
⊙ Citation
最後要提到的是我在 Papers1 時期一直感到納悶兒的一件事——為什麼這款優秀的 PDF 管理軟體竟然無法直接支援論文編寫時的參考資料附加功能？
所幸，後來軟體工程師們聽到了我們上達天聽的呼聲。使用方式很簡單（對於 Word 和 Pages 使用者來說很簡單，對 OOo 的 Writer 而言就要繞些路了）。首先，在要插入參考資料的地方點一下，然後召喚 Papers2 的 citation 大神（可以自行設定召喚手勢，組合鍵等等）。
之後用搜尋關鍵字的方式找出想要插入的參考資料（以 citekey 的方式呈現）；當參考資料不只一筆時，可以選用 "Search Another Paper" 這一項功能來增加，最後再 cited 進去。很簡單吧！打過一次之後就會出現一個 "Format Manuscript" 的選項出現，而且還能選擇 References Style （即參考資料的格式）。
在 YouTube 上有針對 Pages 或 Word 要如何註解參考資料的影片：http://www.youtube.com/watch?v=YM-vpt84EjY 和 http://www.youtube.com/watch?v=_jpuRrMbTNE。前者是用在 Pages 而後者是用在 Word 上。老實說，在 Mac 電腦上要我從 Papers2 回頭使用 Endnote 或 References Manager，我個人會覺得這種要求非常無理。
那中文文章和參考資料要怎麼辦？老實說我也不曉得，目前也不推薦中文論文使用它來管理和安插參考資料。但對我來說沒差，所以我也不想探討，但我會想要寫信要求增加對中文資料庫和格式的支援。在我目前的「公司」裡，連個文件管理軟體都沒有，而且也不能自行安裝。只能使用 Word 附設的土方。
什麼？我說得不夠多？拜託！我打字打得很辛苦耶，又沒人按讚或是按推。何況不是每種功能我都會用到——我是個懶人。不過，我知道什麼地方有更多的資訊：軟體網站，http://www.mekentosj.com/papers/2.0/。
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/*以上是廢話！*/
⊙ 可管理並閱讀 PDF 文章
==閱讀==
使用者可以用 Papers 內建的的閱讀軟體開啟 PDF 文檔，或是召喚電腦中其他的 PDF 閱讀軟體（如 Skim 或 Preview）來開啟並做簡單註記甚至是編輯 (如 Adobe Acrobat)，端視開啟的軟體功能有多強大。而且它的呈現方式有多項欄位可以調整，如作者、標題、發表日期、期刊、關鍵字、收錄日期、閱讀日期、個人評分等等。在 Papers 2 時期，它還擁有 OSX 10.6 按空白鍵（space）即顯示高解析度預覽的功能。
==管理==
Papers 可以從期刊資料庫（如 PubMed、Google Scholar、Scopus、Wikipedia、JSTOR等等）下載已登載的文章及其相關資料（如全文、摘要、作者等等，即 metadata），或是從期刊原始網站中下載（要有適當的 license）到全文。所以，它很適合用以管理 PDF 型式的文章。在電腦中，Papers 會自動建立一個文件夾，以收攏已收錄在 Papers 底下的文章；但 metadata 應該是被放在如電腦中 ~/library/application (support)/ 之類的地方。
在以往，我為了管理眾多的 PDF 文章或部分 manuscripts，我總是會系統性地為它們命名，並將它們放置在適當的位置。當然了，這是個好習慣——我得承認我的房間管理就沒這麼系統了。現在有了 Papers，命名就不再是我要管理和傷腦筋的事了。就讓 Papers 吃（import）進去後自動為它們加上適當的名稱吧。而命名方式可以在 Papers 中設定。
此外，自從 Papers2 問世後，它能管理的東西就不只是 PDF 檔案了，幾乎所有文書檔案都可以塞進去。
==Collection==
Papers 允許使用者自訂資料夾（它稱之為 collection），功能就像是圖畫館中的分類項。使用者用拖拉的方式便能將 PDF 文檔拖進虛擬資料夾中以分類。當然也能讓 Papers 以類似信箱軟體中自動分類的方式將文章分類（smart collection），不必每次都需要動用使用者的大腦。每種 collection folder 底下還可以下設 sub-folder，或再設 sub-sub-folder，一直到沒完沒了，但我個人非常不建議這麼做。Collection 只要設定幾個常用的就行了，其他，就交給 google吧！，嗯，交給 Papers 的搜尋功能吧！
==Supplementary Materials==
在 Papers1時期和 Endnote 到 X3 版本時，它們都沒有下載管理該文章 supplementary materials 的功能。就在 Papers2，它加上了這個眾人引頸企盼已久的人性化功能。除了可以直接從網路上下載之外（在下載時，軟體會問你是要附加成 supplementary data 還是要另立成為一篇單獨的文章），使用者還能從使用者的電腦中加進 supplementary data。==Supplementary Materials==
⊙ My Research
這其實屬於 Papers 管理的一環。在 Papers2 還出現了 My Research 這個「新人」，是個很新的功能。My Reseach 包括了 manuscripts、my papers 以及 Livfe 等三項功能。
Manuscripts 可以用來管理自已正在謄寫的文章，目前我知道的是 Office, iWorks, OOo.org 等的檔案它都能加入，並且日後可以召喚相對應的文字軟體來編修。最棒的還是它也加上了 supplementary data 連結（或附加）的功能；當然了，你可以隨時附加，也能隨時删除。
My papers 指的是自己已發表的文章，使用者可以用拖拉的方式加進去。以前，我總是很三八的地將有我名字的 papers 都收集在某個資料夾中，現代倒好了，可以光明正大地說是因為軟體有這功能，幹啥裝清高似地不用上呢？
最後的 Livfe （唸 life，是 Papers2 時期才發明的字眼）則是針對使用者有興趣的文章或 manuscripts ，和國外 Papers2 的使用者來個線上大交流，並交換意見，交換資料。我想這是 Mekentosj.com 網站或 Papers 軟體想要在雲端市場另外開立的領域，很有野心。至少我自已就會想用——假設老闆也使用 Papers2 的話，那每次修改過的 manuscript 就能很方便地在兩人以上之間流傳、討論及編修。
⊙ Citation
最後要提到的是我在 Papers1 時期一直感到納悶兒的一件事——為什麼這款優秀的 PDF 管理軟體竟然無法直接支援論文編寫時的參考資料附加功能？
所幸，後來軟體工程師們聽到了我們上達天聽的呼聲。使用方式很簡單（對於 Word 和 Pages 使用者來說很簡單，對 OOo 的 Writer 而言就要繞些路了）。首先，在要插入參考資料的地方點一下，然後召喚 Papers2 的 citation 大神（可以自行設定召喚手勢，組合鍵等等）。
之後用搜尋關鍵字的方式找出想要插入的參考資料（以 citekey 的方式呈現）；當參考資料不只一筆時，可以選用 "Search Another Paper" 這一項功能來增加，最後再 cited 進去。很簡單吧！打過一次之後就會出現一個 "Format Manuscript" 的選項出現，而且還能選擇 References Style （即參考資料的格式）。
在 YouTube 上有針對 Pages 或 Word 要如何註解參考資料的影片：http://www.youtube.com/watch?v=YM-vpt84EjY 和 http://www.youtube.com/watch?v=_jpuRrMbTNE。前者是用在 Pages 而後者是用在 Word 上。老實說，在 Mac 電腦上要我從 Papers2 回頭使用 Endnote 或 References Manager，我個人會覺得這種要求非常無理。
那中文文章和參考資料要怎麼辦？老實說我也不曉得，目前也不推薦中文論文使用它來管理和安插參考資料。但對我來說沒差，所以我也不想探討，但我會想要寫信要求增加對中文資料庫和格式的支援。在我目前的「公司」裡，連個文件管理軟體都沒有，而且也不能自行安裝。只能使用 Word 附設的土方。
什麼？我說得不夠多？拜託！我打字打得很辛苦耶，又沒人按讚或是按推。何況不是每種功能我都會用到——我是個懶人。不過，我知道什麼地方有更多的資訊：軟體網站，http://www.mekentosj.com/papers/2.0/。
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写的好。我正考虑从Endnote转移到Papers上呢。虽然学校有买Endnote许可。不过Endnote最大的问题就是笔记和文献管理要分开。这点papers很强，现在2。0版本又支持边写边插入引文，真的不买正版都不行了。最近先试用几天，如果能顺利的导入我之前的所有Endnote文献，就支持买正版！
回覆刪除在搜尋論文寫作軟體的過程中找到您的文章，
回覆刪除感謝精彩的整理!!
想要請問版主有沒有接觸過另外一款寫作的軟體Scrivner?
國外對於該款軟體有許多的介紹跟推薦，
蠻想知道台灣Mac使用者有沒有相關的心得^^
想請問一下～他的ref格式只有他內建的嗎？是否可以跟endnote一樣可以再去抓別的呢？
回覆刪除To 匿名甲：
回覆刪除感謝你的支持。
我沒用過 Scrivner，但會想要試試看。等有了心得，會再分享出來。
To tacasi：
他的格式有上千種耶(1405種)，沒有你要的？中文資料的我不清楚，也沒打算和需要去弄，因此就不試了。
但如果你想要找它內建的其他格式，可以在 Preferences -> Manuscripts -> Favorite Styles -> Mole Styles 對話框中點選或以關鍵字搜尋你要的格式。
ps. 它搜尋出來是以關鍵字為字首，所以要注意了。
很棒的分享！謝謝！
回覆刪除想請問papers 2與iphone4同步的狀況如何？
這倒没啥研究，因為我没使用智慧型手機。
回覆刪除不過，你確定要在 iphone 上寫論文？
哈哈！當然不會在iphone上做這等傻事
回覆刪除想說當手邊沒筆電想查paper時就會很好用啦！
想請問一下，這軟體的權限為何?一個註冊名稱可以使用幾台電腦，因為有筆電與桌機要用...謝謝
回覆刪除請問
回覆刪除左側的藍色點點代表什麼意思呢？？
To sonysf2：
回覆刪除如果我記得没錯，Papers 可安裝在兩臺不同的電腦上，包括 iPad 等物。但有没有其他授權方式我就不清楚了。
To tinyiting：
藍色點點是指 PDF 没看過吧。還有一種是藍點中間有三角型，好像是没有 PDF 檔但有相關網頁連結的意思。
實心藍點表示匯入後沒有打開過，一半白一半藍的點表示有打開過，如果沒有點，表示你有印過（或是執行過列印功能）。
刪除請問板主，可以直接從國內的碩博士論文抓取論文嘛？endnote可以匯入，可是papers我還沒成功> <，另外，作者資訊那些要手動輸入嘛？
回覆刪除雷拉：
刪除1、華人社會好像比較講究迂迴——目前 Papers 2 的版本似乎還不如 Endnote X 系列，無法自訂 Library 的 filter。比較笨的方式是：
先上博碩士論文知識加值系統
下載(勾選項目/欄位/RIF輸出格式/UTF-8編碼/TXT輸出)*.ris 檔，
打開 Papers 2 --> Import --> RefMan RIF file。
此後會在 Papers 介面出現你要的資料。而我試驗的結果是它不會自動加入摘要，但其他常用欄位顯示正常。然後引用方式就和外文資料庫中的資料一樣。
2、Endnote 部分，在網路上已經有很多自製的 ETD.enf，應該可以直接在 Endnote 上搜尋、整理或下載全國博碩士論文資料。
最近才知道有個免費軟體，Mendeley http://www.mendeley.com/ 。似乎也和 Papers 類似，可以參考看看。
回覆刪除最近在寫proposal，用的是Word (2011 Mac版），我發現我選定好格式，執行Format Manuscript的功能之後，他的確會把Reference列在後面並把內文裡的citation改成該期刊的格式，但是後面的Reference的格式卻不一致。期刊名字該縮寫沒縮寫，或是縮寫之後有些有句點有些沒句點。請問版主有遇過這樣的問題嗎？
回覆刪除Gabriel 兄，不好意思，擔誤了您的作業時間。
刪除我使用 Mac 自家出的 Pages 寫論文。而在畢業後，因為版權問題， MS Office 也從電腦中删除了。所以，您的問題我無法回答。但肯定的是我在 Pages 上没發生過這種問題。
對了，Papers 您是用 2.x 版嗎？還是使用 1.9.x 版？
如果還有相關問題，可能得請出 google 大神，看看國外網友有没有類似問題了。要是您有空，還能將問題反應給 Papers 的團隊。
謝謝您的分享。