siRNA設計的注意事項

事實上這一段是老闆整理過的東西。放在這兒讓我自個兒不至於忘掉：

Rules:
1) low G/C content (36~52%)
2) at least 3 A/U bases at positions 15~19 (sense strand) [A at position 19 is more prefered]
3) sense strand base preferences: 3(A), 10(U), 13(not G), 19 (A or U)

References:
1. Nat Biotechnol. 2004 Mar; 22(3): 326-330. Rational siRNA design for RNA interence.
2. Dharmacon, Inc.

Dharmacon 網站上可以貼上已知序列或以 NCBI 上 nucleotide 的 Accession Number 做為序列來源，讓網站替人計算可用的 siRNA。一般來說，所得 score 越高，越符合規則。但是，效果如何確無從判斷了。