2009/01/19

EndNote X2 在 iWorks '09 Pages 的文獻功能

蘋果公司今年出了新的 iWorks (iWorks'09)。和前一代的差異不是很大,因此讓我想要下手買 iWorks'09 的意願不是很高。不過,它還是有些實用又方便的新功能,例如今天要介紹的 Pages'09 和 EndNote X2 的相結合。這對一般研究生來說應該還算有用吧,尤其是那些有用到 iWorks 但沒買 Microsoft Office for Mac 的人。雖然 Microsoft Office 的文字編輯功能非常強悍,但是它的排版比起 Pages 來說就差得多了,每回要在 Word 上排文字和圖片時就令我非常頭大,好了,這不是今天的重點。(OpenOffice 的 Writer 排版也很差)

在 Pages 上,只有用今年出的 Pages'09 才能和 EndNote 搭配得很好。它在 Pages'09 上的操作很陽春,或者應該說是很簡單,不過,功能比起在 Microsoft Office 2008 上的 Word 還弱。

以下便簡單秀些操作的過程和注意事項:

首先,準備好 Pages'09 上的文字,然後打開 EndNote X2。在要插入文獻的文句後面點一下滑鼠後,點開 Pages'09 上的 Insert,找到 EndNote Citation



點選 EndNote 後的對話框。


嗯,先別慌張,雖然它看起來是什麼都沒有,不過,當你在 Find Citation 一欄上打下關鍵字之後按 Return/Enter,那一大片空白的地方就會跑出一堆含有關鍵字的資料來 (如下圖),至於它是依據邏輯來呈現出相關文獻,這就不是我所能回答得了的。


輸入關鍵字後呈現出的相關文獻。

之後,可以選擇單篇或兩篇以上的文獻,再到對話框右下的 Insert 執行文獻插入。在點了 Insert 之後,整個對話框會消失,得要另外再到 Pages 的 Insert 功能列上找 EndNote Citation 才會再次出現這個對話框以進行下一輪的文獻插入。在這時候,如果想要再加入文獻呢?很簡單,只要在已加入文獻的引號前後點滑鼠,再插入想要插入的文獻即可。

可是,如果想要刪除某段文句中的某個文獻時就慘了。Pages'09 不像在 Microsoft Word 的 EndNote 那麼方便地可以在 Word 上就直接刪除文句中的文獻資料並同時更動文件後方形成的參考資料,而是得要用猜的。沒錯,得用猜的,或者,你能很清楚地知道該文獻只出現過一次,或者知道同一篇文獻在某一段文句中是整篇文章第幾資被引用。因為要刪除在某句中的該文獻,只能在句子中間的插入文獻上點兩下滑鼠,讓 Manage Citations 的對話框出現 (如下圖),然後就是令人頭痛不已的猜謎或計算過程,找出 Manage Citations 上重複出現的文獻倒底哪一個才是在某句中將要被刪除的那一份。所幸,它是按文件中出現的順序排列在 Manage Citations 的對話框中。之所以會這麼麻煩是因為 EndNote 和 Pages 還沒整合得很好,它們中間少了相互參照對映的功能,很笨吧?


Manage Citations 的對話框。

接下來,便是文獻格式的問題了。Pages 上能選的不多,不過,它是按 EndNote 上已選擇的選項呈現可選的項目,怎麼說呢?在 Pages 上選擇格式的時候會如下圖:

文獻格式

難道只有這幾種選擇?不,不,不。這和在 EndNote 上已選擇的格式有關 (如下圖),如果想要再增加文獻格式,就只要在 Selecet Another Styles 便行了。而 Pages 上就會相應地出現變化了。



所以,文章內容和文獻格式的樣子就像下面秀出的幾張圖:



依順序以數字排列。





以作者姓名順序排列。

此外,在插入文獻時,文獻都會在文件最後一頁之後新增新頁以容納參考文獻,而且章節名稱是 Bibliography,可以改名改字型,不用擔心。

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2009/01/13

Endnote X2 在 OpenOffice 3 Writer 的文獻功能

寫論文常需要註明某些觀點的出處,即便是自個兒的想法,也常是依據前人的某些構想衍生而來,同樣地也需要將那些前人的說法給標明清楚。

在微軟帝國宰制的文書世界中,文獻資料在 Word 文件中的處理不是用 Reference Manager 就是用 Endnote 這兩部強大的文獻管理軟體,而那些用苦力計苦一字一字碼出的方法就不是本文的重點,那基本上沒有技巧性,只要是常用 Word 的人都有能力這麼搞。以上所提到的三種軟體都需要付費購買。當然,在那強盛世界的小旮旯裡,仍舊苟延殘喘著許多不同意而準備革命的聲息。正所謂盛極而衰,樂極生悲 (是這樣用的嗎?呵呵),否極泰來,百花爭放,各種替代軟體,要付費的或免費的,都一個個攜帶各自獨有或模仿的特性,企圖咬掉衰弱帝國的大腿肉。可替代 Microsoft Office 中 Word 的軟體計有 OpenOffice 的 WriterKOffice 的 KwordGnomeOffice 的 AbiwordEIOffice、IBM 的 Lotus Symphony 以及 Apple iWorks 的 Pages 或是其他可以處理 Rich Text Format (RTF) 檔的眾文字處理軟體等等。而文獻管理軟體中,我知道的有 Mac 可用的 Papers,其他平台上的 JabrefBibtex 等等。在眾多組合中,我覺得 M$ Word 和 Endnote 或是和 Reference Manager 的配對是最方便和省時的,畢竟它們是付費軟體,而且發展的時間也已經很長了,這只要看軟體版本名稱就能知曉一二。所以,要省時還是要省錢就看各自的需求而定。

今天要介紹的是 OpenOffice 和 Endnote 的組合中,要如何在 OpenOffice.org 3 (OOo 3) 上由 Endnote X2 (EN X2) 資料庫插入文獻。

為什麼?

因為 M$ Office 很貴很貴,而 Endnote 也是很貴很貴。所幸,在教育機構中可以用優惠價格取得或可供機構成員免費使用。我沒買 M$ Office,而且 OpenOffice.org 3 可以免費下載使用,再加上 Endnote X2 可以從圖書館合法取得大量授權版。所以在這兒就先介紹如何用 OOo 3 和 EN X2 來達到插入文獻的目的。

首先,使用 Endnote 有個好處,就是它有個可以直接連上線上文獻資料庫的介面,可以在 Endnote 上操作文獻基本資料或是文獻本身 (PDF 檔) 的下載。在 Endnote 開啟後點選某個想使用的資料庫,在上頭選一個要插入 OOo 3 Writer 文件中的文獻並按 Copy (鍵盤組合鍵是:Ctrl + C 或是 Command + C),然後再到 OOo 3 Writer 上頭的某個要插入文獻的句子後,插入文獻 (Ctrl + V 或是 Command + V)。重複以上步驟直到將文件上要插入文獻的地方都插入了合適的 EN X2 文獻插入格式。

OOo 3 Writer 上插完文獻格式
這是 OOo 3 Writer 上插完文獻格式的樣子。


到這時候,工作顯然還沒完成。因為 Endnote 尚未提供在 OOo 3 Writer 上的 CWYW (隨打即插) 功能。所以,我們需要在 EN X2 上的進行下一個動作,在 Tool → Format Paper → Format Paper 跳出的對話框中,

Tool/Format Pager

Tool/Format Paper


找出 OOo3 Writer 儲存的檔案 (RTF 或是 ODT 檔都可以),然後會再出現另外一個可以 Format OOo 3 Writer 文件的對話框:

Dialogue Window
Dialogue Window


在這對話框中,最上面出現的是 EN X2 在準備 format 的 OOo 3 Writer 文件上所找到已插入的文獻,如果不放心,可以再 Rescan 重新掃描一次。Output Style 則是可以選擇資考文獻呈現的格式,像是要 Nature、Cell、EBMO J、JBC 還是 PNAS 的都有選項可選,


選擇格式。


選完之後就可以按下 Format 鈕輸出含有正確參考資料的 OOo 3 Writer 檔案了,最後是按預設的檔案名稱存檔,以免忘記。而這個檔案就是最終成品了。

有幾點需要比較注意的地方是,一旦 Format 過後所儲存的檔案,就無法依序新增新的文獻,EN X2 會在新一輪的 Format 過後在原參考資料後邊再加上一個新的參考資料。所以,這個組合比較麻煩的地方在於要先將文件打完,而且同時將所需要的文獻插入到尚未 Format 過的文件上過後才進行 Format。而且,最好要一直保留未 Format 過的文件,以備時不時地要增删內容。這一點比起 M$ Office Word 和 EndNote 黃金組合中所有的 CWYW 功能還要弱,是黃金組合最令人稱道之處。

以下秀兩張 Format 過後的樣子:


依出現順序給序號。



按作者名稱排序。


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2009/01/07

RNA_2009 分子生物研討會

RNA 分子生物研討會今年 (2009 年) 將在二月十四日西洋情人節當天於成功大學舉辦第二屆會議。

這是個在台灣相當難得的以 RNA 為議題主軸的學術會議。我老闆曾在幾年前於生醫所內辦了個很小型的 RNA Symposium,除此之外,台灣再沒有一個學術會議是以 RNA 為主議題來進行的,直到去年網路上還能找得到去年的活動剪影呢。

去年因為是初次舉辦,加上其他原因,所以報名是免費的,而且會議結束當時還不清楚究竟會不會以常態活動的方式舉辦下去。還好,今年還有得參加,雖然得要繳納些微薄的報名費。報名截止日是元月二十日,但是海報張貼的報名截止日則是元月十五日,全採網路報名方式。下圖是活動海報:


RNA_2009 in Taiwan


今年的贊助廠商只剩下美商 ABI 一家 (其他可能還在談吧),可能是經濟不景氣的緣故吧。

今年演講者,除了國內 RNA 界的熟面孔之外,還有兩位預定的海外講者,一是美國 Robert Wood Johnson Medical School 的  Gary Brewer,他研究的是 RNA turnover 以及 microRNA 的作用。另外一位則是武漢大學生命科學院生化系的張翼教授,她研究的主題則是 ribozyme 和 noncoding RNA 的結構生物學。嗯,這兩位我都不熟。

今年的主題主要有 virus RNA/RNA bioinformatics、posttranscriptional rugulation、translational control 以及 noncoding RNA。有興趣的人快報名參加吧。

我好奇的是,海外的人要怎麼繳錢啊?


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Picasa for Mac 使用心得

今天終於安裝使用了 Picasa for Mac。感覺很強大,只是……

先秀一張圖好了:

Picasa for Mac 截圖
就 Mac OS X 10.4 以上的軟體介面來說,Picasa for Mac 的介面算是陽春又不會太古典,有點 Plot 這軟體介面的感覺。

它少了一些 Picasa 3 for Windows (甚至是 for Linux) 的功能,像是人臉辨識、字體控制、Geotag、上載到 YouTube 等等,它都沒有。而且它沒有附上 Windows 上 Picasa 3 所擁有的 Picasa Picture Viewer (Picasa 相片檢視器) 的功能,興許是為了不和 Mac 內建的 Preview 打對台的緣故吧,可這又說不通,因為 Picasa 簡直是搶了 iPhoto 的生意。

除此之外,它有簡單的備份、製作影片、全螢幕、上傳影片到 YouTube 或 Blog 的功能,其他我用不到的功能,大家可以到 Picasa/Google 的網頁上找找,我就不再多說了。

在 Picasa 上編輯照片後,可以將被編輯照片的原始檔「Save to Disk」,它會幫你備份被編輯照片的原始檔案,不用擔心弄壞了投訴無門……不像 iPhoto,會直接把整個 Folder 都備份,白白浪費硬碟空間。另外,它可以自動輸入 iPhoto library,而且上面的 caption 等的資訊也會被一併被輸入進來,但是,這些個 iPhoto 上的照片沒辦法再被 Picasa 編輯,只能單純地瀏覽,所以,並不影響 iPhoto 的操作。

Picasa 在全螢幕瀏覽時的配樂實在是很差勁,和 iPhoto 完全沒得比。在 Mac 上,它無法和 iTune 掛勾。在 Mac OS X 上有個軟體叫做 Photopresenter 倒是個很不錯的純秀圖軟體,而且還能輸出成影片呢。

最後,有點無言的地方是在 Mac 以香草輸入法想要在照片描述的地方輸入中文,基本上件不可能的事。不曉得近期內會不會有所改善?

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2009/01/06

Picasa for Mac

真的是千呼萬喚屎出來……orz

Picasa for Mac  終於出現了。

從以前在 Windows XP 上混的時候,我就覺得 Picasa 是 google 出的服務軟體中最好的之一,而且,它後來還和 google web album 掛勾,讓 google 的網路相簿也漸漸紅了起來。剛開始是覺得這軟體在眾 Windows 軟體中是個介面好看,操作也比較傾向無腦化的一款,還能直接用它來下載 google web album 上的相片。

後來棄 Windows 而就 GNU/Linux 時,一直為了沒有一個好的、簡單又美觀的相片編輯瀏覽軟體而煩惱,而 Linux 上的 F-Spot 並沒有我想像中的好用,而且它也比 Picasa 難用,雖然它有上傳照片到 google web album 的外掛。我也曾嘗試著用 WINE 在 Linux 上跑 picasa,不過都以失敗收場。直到 google 自已出了在 Linux 上以 WINE 執行的 Picasa for Linux 之後才又欣喜玩弄了起來。也不曉得是不是我的錯覺,雖然 picasa for linux 3 (beta) 比起 picasa for linux 2.7 來得新穎又順當,但是 picasa for linux 3 比起 picasa 3 (on Windows system) 運作起來還要順。可是,有些在 Windows 上可以用的功能,在 Linux 上被閹割了,像是輸出成影片等等的功能。

再後來,我除了有台跑 OpenSUSE 的 PC 之外還有一台 Apple NB (Intel),我還是喜歡並想念 Picasa。但是當時 Mac OS X 上並沒有 Picasa 可以用。很多人都說用 iPhoto 比用 Picasa 好多了,可是 iPhoto 管理照片的邏輯讓我覺得它太笨了又太浪費硬碟空間,雖然它的諸多功能如照片編輯和全螢幕播放、配樂方式等等的都比 Picasa 好,但也只是讓我覺得它也不過是好在全螢幕呈現這一點上 (這點是比起在 Windows 上的、任何我用過的圖片瀏覽軟體都來得好)。Mac OS X 上另外有一款圖片編輯軟體叫 aperture,這好很多,但又顯得太過專業了些,不是那種有一點點輕巧又有一點點無腦的易用軟體,更何況,我有「買」Picasa Web Album,無法忍受 google 竟然不出 picasa for mac。我有用 WINE 在 Mac 上跑 Picasa (是用 CrossOver 灌 Windows 版 Picasa 或以前用的 Macport 來灌 Picasa for linux),只有一個字可以形容,爛。而且無法正常顯示中文,更不用說輸入中文了。當然,這有可能是因為我自已沒辦法解決其中麻煩的緣故。

還好,現在 google 釋出了 Picasa for Mac ,雖然還在實驗室的 beta 版,不過,Gmail 也曾待了好幾年在 beta 才轉正的,不是嗎?期待了一年半,終於有了 Picasa for Mac。它有幾點需求:
  • 要 Intel CPU (那些用 PPC 的就慘了。)
  • 要至少 Mac OS X 10.4
  • 要 RAM 至少 256 MB (這,這應該是 Mac OS X 的下限了吧)
  • 要至少 100 MB 的硬碟空間
看了下載的檔案內容,它應該是 Mac 原生軟體,而不是像 Linux 上是透過 WINE 來跑 Windovs 軟體。

明天要試用了,希望不會太爛……至少要可以輸出成影片。


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2008/12/31

Wen Quan Yi——文泉驛

在電腦世界中,東亞文字的輸入和顯示一直是個很大的問題。因為漢字的特殊結構及編碼問題,我們有數十種的中文輸入方式 (雖然可以粗分為從音或從形兩大陣營),如正體中文世界中的注音、倉頡、行列、自然等輸入法,以及簡體中文中的拼音、五筆等等。而中文字在電腦上的顯示和排版一直是個令人頭痛的問題。在以前,一些不常見的字根本不可能在一般電腦上顯示得出,如下圖中的幾個字:


罕見字

就算是現在,仍然沒有一個中文字體可以顯示所有的中文字,也沒有一個中文輸入法可以輸入所有的中文。

免費和開放的中文字體有:
王漢宗自由字型教育部字體教育部全字庫字體螢火飛(firefly)字體、還有新近頗有長江後浪之勢的文泉驛字體。若是考量字體美觀度和應用,則王漢宗和教育部字體不錯;但若是考量能顯示正體和簡體,甚至是其他東亞文字,則 firefly 和文泉驛(文泉驛正黑體)是不錯的選擇。

在這裡,我想要說的是最近文泉驛在開發「微黑米」字體。只要是 有閒有能者,都能參與字體的開發。它有點類似 wiki 系統,只要按照它網頁上的簡易教學編輯點陣或向量字並上傳到開發資料庫,那麼,你所編輯的字體就很有可能會在最終入選到「微黑米」字體庫中。怎樣?會不會有種創造的衝動?那就加入文泉驛「造字」的行列,為免費中文字體貢獻自己的一份心力吧,反正以後你也會用得到。在開始之前,請先看一看簡介使用教學,很簡單的。

嗯,唯一可能會讓大家不習慣的地方是整個網站都是簡體版,不常接觸簡體字的人可能會很不習慣。我自已是從高中就接觸簡體字,所以沒有什麼問題。雖然簡體字很醜、缺了點正體字的唯美,而且會讓人聯想到日本文字 (個人觀感啦),不過,要學起來還真不是什麼大問題。剛開始只要按前後句猜字的意思,並按想像猜測,約一周之後就幾乎感覺不到滯礙之處了。



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2008/12/22

張大春之認得幾個字《剩》

張大春在中時電子報上的文章,如果是平面媒體的話,文章應該是會被放在中時副刊上的吧。不曉得這聯結多久後會失效,有空的人早早看完吧。

讀完他老人家的這一篇之後我才發覺《剩》字似乎真的有兩種意思。一種是「多餘」的,另一種則是「僅有」的,下面是節錄該文的第一段:

一定有甚麼哲學上的解釋能夠說明:中國老古人把「多餘的」和「僅有的」兩個全然不同甚至有些相對的意義概念卻用了同一個字來表達。

上面的文字是 copy&paste 來的,所以錯字不是我寫上的,相信也不會是張大春故意寫錯。作家畢竟不同於寫手,他們對文字會有一種特殊的要求。

所以回歸正題,在使用「剩」字時,究竟我們會不會從此就特別注意它在文句中的涵義?我想我自已最近會有這種現象,但久了之後還是回到原來使用它的習慣。語言雖然有規範,但總還是約定俗成地多,有些像是遺傳學中的變異特性。

寫這篇只是分享張大春的這篇文章。另外,記得國中時候在從圖書館中借來某書中的一篇文章裡頭看到有人特別將中文中的含有「打」一字的詞給列舉出來,那時候才發現「打」的用法/用處還真是多呢,它或許是除了「的」之外最隨處可見的字之一吧:架、鬧、理、車/的來、電話、水(別用竹籃啊)、從那時候、掃、臘、秋風、吃飯睡覺東東、算、算盤、氣、電腦(電腦不會壞,XD)……有些可能有意義上的重覆,我就不管了,反正就是舉個例罷了。



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2008/12/17

第二篇本土出品的 Cell 論文:嘗試揭開物種種化的神秘面紗

今天聽到實驗室的榮俊說中研院分生所助理研究員呂俊毅博士在 Cell 發表了一篇論文。

如果沒記錯的話,這應該是台灣第三篇純本土獨立研究後曾發表在 Cell 的論文了。第一篇中興大學某團隊因為其論文內容有作假,所以後來被退回;第二篇是清華大學江安世教授定位果蠅單一神經元的研究。而呂俊毅實驗室的這篇論文,則應該就是近期最有看頭的了。難得的是這篇論文是呂俊毅回國後兩年中做出來並發表的。這在中研院首頁也有相關消息。論文標題是:

Incompatibility of Nuclear and Mitochondrial Genomes Causes Hybrid Sterility between Two Yeast Species

Cell, 2008, 135(6): 1065-73.

順便給一張呂俊毅老師在分生所網頁上的圖:



論文內容我還沒看,不過,中研院首頁的公關簡介中提到了一個概念 (不是呂氏團隊首發,而是由 Dobzhansky & Muller 兩位在 1980 年代所提出的假說),就是不同物種之間所產生的後代 (指 F1) 之所以不孕可能是因為有一組「鑰匙和鎖」之間的特定基因產物無法配對。呂氏團隊所找到的看樣子也剛好是兩個分別位在酵母菌細胞核 (AEP2) 與粒線體 (OLI1) 中的基因。AEP2 和 OLI1 必需是來自於同一個物種才能使得子代具有遺傳能力,好玩的事是 AEP2 會調控 OLI1 的轉譯。我還沒看到原文,所以不清楚是倒底轉錄還是轉譯,不過不管怎麼說,AEP2 應該是進入粒線體中作用。目前不清楚其他物種的「鑰匙和鎖」是否也具有分別位在不同「遺傳物質庫」的特性,即分別位在「細胞核與粒線體」。

看到這兒,大家或許都會開始想像,如果在某不孕的 F1 子代中表現鑰匙或是鎖的基因,是否就會打破種和種之間不孕的藩籬?這樣一來,很多以前只在小說中才會出現的禁忌事物可能也會馬上跟著出現。這應該是繼複製動物議題後最具爭議的話題了吧。

當然,按照慣例,在酵母菌中看起來是這麼簡單的關係到了高等生物如老鼠或人類身上可能就比較複雜些,會多了很多調控的關卡。所以暫時應該還看不到獅虎或虎獅會生下獅虎或虎獅。

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2008/12/09

火警又來了

新聞一新聞二都是隨手從網路上選的報導。大抵是講述十二月六日在院方行政大樓因施工意外所造成的消防事故,並造成一名工人和一名研究員 (PI) 受傷。




而當天晚上九點,生醫所也傳出意外走火事件,消車來了,一堆住在附近的生醫所 PI 也來了,所幸這只是虛驚一場,只是有台零下八十度的冷凍冰箱跳電導致電線走火。人員也「被陸陸續續地疏散」,事實上應該說是一群沒有消防意識的傢伙們三三兩兩地步出生醫所。

新聞上說這是四年來第四起「有記錄在案」的火警,呵呵,這是一種文字遊戲,可能是定義或認知的不同。不曉得這是指在同一個行政區消防隊所接到的案件,還是「被白紙黑字記錄下來」的事件。事實上,這兩個月內就有四起消防事件,其中十月和十一月都是在分生所,而十二月六日的兩起,一個是在行政大樓,一個是在生醫所。這四起事件,消防隊都出動了大量的人力、物力——雖然其中兩起似乎算得上是烏龍消防事件,實在不需要出動消防隊員。所以,實際上這四年豈止四起火警意外。

再附上一張以前 (2006年) 所拍攝的。和十二月六日的火警規模不相上下:



其他相關照片在:http://picasaweb.google.com/lawaylab/RNALab#

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2008/12/05

Specifec Activity of radioactive transcripts

一直以來,計算 in vitro transcribed 出的 RNA 或經由 DNA polymerase 做出的、isotope-labeled DNA 的 specific activity 是我的痛。我一直沒搞清楚為什麼可以由已知 isotope input specific activity (micro-Ci/nmole)、DNA template (nanogram)、和用幾張 filter paper 上點的 isotope 的量 (cpm),計算得到 polymerase 所做出產物的 specific activity (dpm/microgram)。

今天 Lab Meeting 上被電之後,我到圖書館散心找資料,結果意外發現了一個好物,一條計算 specific activity 的公式:



Specific Activity 公式


出自 The condensed protocols from Molecular Cloning (Joseph Sambrook & David W. Russell, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2006) 一書。又是公式,沒錯。在我不應該沒有研究生樣地不想搞清楚 transcript 的 specific activity 到底怎麼得出來的時候,它還挺好用地。
Specific Activity 的單位是 (dpm/μg)。
公式中的其他項目是:
L:input radioactiv label (μCi)
PI:Washed/Unwashed value from DE81 filter paper
m:mass of template DNA (ng)
S:specific activity of input label (μCi/nmole)

而 DE81 filter paper (Whatman) 是要在 0.5M disodium hydrogen phosphate (pH 7.0) 中清洗。而我們 Lab 的 protocol 則是在 0.2M ammonium bicarbonate 中清洗。下次換成前者來洗好了,因為實驗室已經很少在用 DE81 法來計算 specific activity 了,而 protocol 則不曉得是誰抄自何處?

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