Wen Quan Yi——文泉驛

在電腦世界中，東亞文字的輸入和顯示一直是個很大的問題。因為漢字的特殊結構及編碼問題，我們有數十種的中文輸入方式 (雖然可以粗分為從音或從形兩大陣營)，如正體中文世界中的注音、倉頡、行列、自然等輸入法，以及簡體中文中的拼音、五筆等等。而中文字在電腦上的顯示和排版一直是個令人頭痛的問題。在以前，一些不常見的字根本不可能在一般電腦上顯示得出，如下圖中的幾個字：

罕見字

就算是現在，仍然沒有一個中文字體可以顯示所有的中文字，也沒有一個中文輸入法可以輸入所有的中文。

免費和開放的中文字體有：
王漢宗自由字型、教育部字體、教育部全字庫字體、螢火飛(firefly)字體、還有新近頗有長江後浪之勢的文泉驛字體。若是考量字體美觀度和應用，則王漢宗和教育部字體不錯；但若是考量能顯示正體和簡體，甚至是其他東亞文字，則 firefly 和文泉驛(文泉驛正黑體)是不錯的選擇。

在這裡，我想要說的是最近文泉驛在開發「微黑米」字體。只要是 有閒有能者，都能參與字體的開發。它有點類似 wiki 系統，只要按照它網頁上的簡易教學編輯點陣或向量字並上傳到開發資料庫，那麼，你所編輯的字體就很有可能會在最終入選到「微黑米」字體庫中。怎樣？會不會有種創造的衝動？那就加入文泉驛「造字」的行列，為免費中文字體貢獻自己的一份心力吧，反正以後你也會用得到。在開始之前，請先看一看簡介和使用教學，很簡單的。

嗯，唯一可能會讓大家不習慣的地方是整個網站都是簡體版，不常接觸簡體字的人可能會很不習慣。我自已是從高中就接觸簡體字，所以沒有什麼問題。雖然簡體字很醜、缺了點正體字的唯美，而且會讓人聯想到日本文字 (個人觀感啦)，不過，要學起來還真不是什麼大問題。剛開始只要按前後句猜字的意思，並按想像猜測，約一周之後就幾乎感覺不到滯礙之處了。



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張大春之認得幾個字《剩》

張大春在中時電子報上的文章，如果是平面媒體的話，文章應該是會被放在中時副刊上的吧。不曉得這聯結多久後會失效，有空的人早早看完吧。

讀完他老人家的這一篇之後我才發覺《剩》字似乎真的有兩種意思。一種是「多餘」的，另一種則是「僅有」的，下面是節錄該文的第一段：

友一定有甚麼哲學上的解釋能夠說明：中國老古人把「多餘的」和「僅有的」兩個全然不同甚至有些相對的意義概念卻用了同一個字來表達。

上面的文字是 copy&paste 來的，所以錯字不是我寫上的，相信也不會是張大春故意寫錯。作家畢竟不同於寫手，他們對文字會有一種特殊的要求。

所以回歸正題，在使用「剩」字時，究竟我們會不會從此就特別注意它在文句中的涵義？我想我自已最近會有這種現象，但久了之後還是回到原來使用它的習慣。語言雖然有規範，但總還是約定俗成地多，有些像是遺傳學中的變異特性。

寫這篇只是分享張大春的這篇文章。另外，記得國中時候在從圖書館中借來某書中的一篇文章裡頭看到有人特別將中文中的含有「打」一字的詞給列舉出來，那時候才發現「打」的用法/用處還真是多呢，它或許是除了「的」之外最隨處可見的字之一吧：打架、打鬧、打理、打車/打的來、打電話、打水(別用竹籃啊)、打從那時候、打掃、打臘、打秋風、吃飯睡覺打東東、打算、打算盤、打氣、打電腦(電腦不會壞，XD)……有些可能有意義上的重覆，我就不管了，反正就是舉個例罷了。

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第二篇本土出品的 Cell 論文：嘗試揭開物種種化的神秘面紗

今天聽到實驗室的榮俊說中研院分生所助理研究員呂俊毅博士在 Cell 發表了一篇論文。

如果沒記錯的話，這應該是台灣第三篇純本土獨立研究後曾發表在 Cell 的論文了。第一篇中興大學某團隊因為其論文內容有作假，所以後來被退回；第二篇是清華大學江安世教授定位果蠅單一神經元的研究。而呂俊毅實驗室的這篇論文，則應該就是近期最有看頭的了。難得的是這篇論文是呂俊毅回國後兩年中做出來並發表的。這在中研院首頁也有相關消息。論文標題是：

Incompatibility of Nuclear and Mitochondrial Genomes Causes Hybrid Sterility between Two Yeast Species

Cell, 2008, 135(6): 1065-73.

順便給一張呂俊毅老師在分生所網頁上的圖：

論文內容我還沒看，不過，中研院首頁的公關簡介中提到了一個概念 (不是呂氏團隊首發，而是由 Dobzhansky & Muller 兩位在 1980 年代所提出的假說)，就是不同物種之間所產生的後代 (指 F1) 之所以不孕可能是因為有一組「鑰匙和鎖」之間的特定基因產物無法配對。呂氏團隊所找到的看樣子也剛好是兩個分別位在酵母菌細胞核 (AEP2) 與粒線體 (OLI1) 中的基因。AEP2 和 OLI1 必需是來自於同一個物種才能使得子代具有遺傳能力，好玩的事是 AEP2 會調控 OLI1 的轉譯。我還沒看到原文，所以不清楚是倒底轉錄還是轉譯，不過不管怎麼說，AEP2 應該是進入粒線體中作用。目前不清楚其他物種的「鑰匙和鎖」是否也具有分別位在不同「遺傳物質庫」的特性，即分別位在「細胞核與粒線體」。

看到這兒，大家或許都會開始想像，如果在某不孕的 F1 子代中表現鑰匙或是鎖的基因，是否就會打破種和種之間不孕的藩籬？這樣一來，很多以前只在小說中才會出現的禁忌事物可能也會馬上跟著出現。這應該是繼複製動物議題後最具爭議的話題了吧。

當然，按照慣例，在酵母菌中看起來是這麼簡單的關係到了高等生物如老鼠或人類身上可能就比較複雜些，會多了很多調控的關卡。所以暫時應該還看不到獅虎或虎獅會生下獅虎或虎獅。

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火警又來了

新聞一、新聞二都是隨手從網路上選的報導。大抵是講述十二月六日在院方行政大樓因施工意外所造成的消防事故，並造成一名工人和一名研究員 (PI) 受傷。

而當天晚上九點，生醫所也傳出意外走火事件，消車來了，一堆住在附近的生醫所 PI 也來了，所幸這只是虛驚一場，只是有台零下八十度的冷凍冰箱跳電導致電線走火。人員也「被陸陸續續地疏散」，事實上應該說是一群沒有消防意識的傢伙們三三兩兩地步出生醫所。

新聞上說這是四年來第四起「有記錄在案」的火警，呵呵，這是一種文字遊戲，可能是定義或認知的不同。不曉得這是指在同一個行政區消防隊所接到的案件，還是「被白紙黑字記錄下來」的事件。事實上，這兩個月內就有四起消防事件，其中十月和十一月都是在分生所，而十二月六日的兩起，一個是在行政大樓，一個是在生醫所。這四起事件，消防隊都出動了大量的人力、物力——雖然其中兩起似乎算得上是烏龍消防事件，實在不需要出動消防隊員。所以，實際上這四年豈止四起火警意外。

再附上一張以前 (2006年) 所拍攝的。和十二月六日的火警規模不相上下：

其他相關照片在：http://picasaweb.google.com/lawaylab/RNALab#

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Specifec Activity of radioactive transcripts

一直以來，計算 in vitro transcribed 出的 RNA 或經由 DNA polymerase 做出的、isotope-labeled DNA 的 specific activity 是我的痛。我一直沒搞清楚為什麼可以由已知 isotope input specific activity (micro-Ci/nmole)、DNA template (nanogram)、和用幾張 filter paper 上點的 isotope 的量 (cpm)，計算得到 polymerase 所做出產物的 specific activity (dpm/microgram)。

今天 Lab Meeting 上被電之後，我到圖書館散心找資料，結果意外發現了一個好物，一條計算 specific activity 的公式：

Specific Activity 公式

出自 The condensed protocols from Molecular Cloning (Joseph Sambrook & David W. Russell, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2006) 一書。又是公式，沒錯。在我不應該沒有研究生樣地不想搞清楚 transcript 的 specific activity 到底怎麼得出來的時候，它還挺好用地。
Specific Activity 的單位是 (dpm/μg)。
公式中的其他項目是：
L：input radioactiv label (μCi)
PI：Washed/Unwashed value from DE81 filter paper
m：mass of template DNA (ng)
S：specific activity of input label (μCi/nmole)

而 DE81 filter paper (Whatman) 是要在 0.5M disodium hydrogen phosphate (pH 7.0) 中清洗。而我們 Lab 的 protocol 則是在 0.2M ammonium bicarbonate 中清洗。下次換成前者來洗好了，因為實驗室已經很少在用 DE81 法來計算 specific activity 了，而 protocol 則不曉得是誰抄自何處？

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RNA-binding proteins and their interacting sequences

唔，這篇是用來記下一些腦子經常會忘掉但又常用的東西。

有越來越多的証據顯示 RNA-binding proteins 大多有其專一性結合的 RNA 序列，即便是 ESE finder 網站上的 SR proteins，也都有各自的 RNA 結合序列。以下的表格只是稍微統整一下手上的資料。以後若有更新的資料，我會再追加。

RNABP 和 RNA seq

RNA 序列是以 IUPAC 的符號來表示：
[A/G: R]、[A/T: W]、[A/C: M]、[T/C: Y]、[T/G: K]、[C/G: S]

在參考資料中，SR proteins 和 Nova 的 RNA 結合序列是由 SELEX 的方式得到。

參考資料：
Nature Reivew in Genetics, Vol 3: 285 (2002)
Nature Genetics, doi: 10.1038/ng.264 (2008)

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homolog, ortholog, and paralog

這啥？

是的，這啥？每回在 paper 上看到 homolog/ortholog/paralog 等等的字時，就會開始在腦中尋找它們的定義。可惜，總沒記得住，以至於情況就陷入像是在『自己/已經』的字詞中，選擇『已/己/巳』三字裡的正確單字——我是用行列輸入法打字的，所以有這種情況出現。

今天，學長走來問我相關用法，而我又不是很確定。於是再次請教 google 大神，看看正確用法是什麼。簡單來說，homolog 是一般我們說的同源基因，也就是基因間有「血源關係」的意思。而 ortholog 呢？它是指『不同物種』間的基因，有源於共同祖源基因的關係，通常基因功能一樣，但又因為演化的緣故，使得在比較兩個 ortholog genes 間的功能時，會發現其中一個有 lost-of-function 或是 gain-of-function 的現象。最後一個單字，paralog 則是指基因間是由於 gene duplication 而來的，是『一個物種』內 genome 的複製產物，最後也有可能會演化出不太一樣的功能，但有時候其中一份會是 pseudogene。有幾個網站上的說明可以參考：參考資料一、參考資料二。

以下是一個簡圖，免得自已忘記。圖中是以 globin 為例：

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Art as Flirtation and Surrender

In your light I learn how to love.

In your beauty, how to make poems.

You dance inside my chest,

where no one sees you,

but sometimes I do,

and that sight becomes this art.

最近有感而發……要說是發春，我也不反對。

這是一首中世紀伊斯蘭世界著名詩人「魯米」的詩，他似乎是號稱中世紀波斯三大詩人的其中一位，而其詩風近似詩仙李白。有關他的生平，請看參考資料一 (wikipedia)，詩集部分請看參考資料二 (love poems)。立緒出版社有出過一本魯米的詩集，是由梁永安先生翻譯的，雖然翻得不好，詩意還是能夠從譯文中體會得到。不過因為中文翻譯的關係 (版權？)，我就不放上來了。我不確定英文是否確實抓住了原詩的重點，因為我也不懂伊斯蘭話，更沒看過魯米原詩。

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小學生看地獄變相圖

就在兩三天前，新聞和網路出現了小學生家長告老師告學校的事。這一次的事件不是校園肢體暴力，而是精神暴力。

事情發生在台北天母的一間小學，新聞報導指出學校的態度很強硬。事情地大概是說有位老師不知道在什麼情況下，異想天開地想要用播放地獄受刑的影片給小孩子看。該名老師大概是想要用比較婉轉的恐嚇法讓小孩子接受教化吧，結果沒想到可能是營造出來的氣氛太過逼真，又或許是老師太過小看娃兒們的想像力，結果是受驚嚇的一堆，連大人們也嚇到了。

這年紀的人通常還是無法理解平生不做虧心事，半夜不怕鬼敲門的。所以，老師的做法沒有其他解釋，就只能是恐嚇。就算他本來是好心，不過，就像騎白馬的不一定是王子而是唐僧一樣，好心也有可能辦壞事。

小時候，教堂裡也放過類似的圖片，電視中也常出現刀山火海的畫面——那是個還不大講究電影分級的年代。沒人控訴過牧師或電視台，可能是因為那時節的順民比較多，哪像現在一會兒紅衫，一會兒綠扁帽的竄出一堆，大唱白蓮紅衣野草莓。唔，扯遠了。我一向不喜歡老師強迫「教化」學生善惡的事，我比較傾向這種東西該是家庭教育的一環。小學老師該做的是教同理心，正太蘿莉正是好「教化」的年紀，多多讓小孩思考常站在別人的角度看待人與人相處的事應該會比在國高中教育要來得好多了。在教室上宗教課更是讓我感到噁心的一部分，因為那裡是創造一言堂的沃土。

我覺得受到驚嚇的父母們應該將重點放在老師的教育方式上，而不是該位教師在課堂上播放地獄變相圖的這件事上。會這麼做事的老師，平時的精神威壓可能就已經不知不覺地影響了小孩子，以壓抑的方式來達到控制的目的，很可怕！

中研院分生所再招災星

中研院分生所在十月十三日發生頂樓失火事件 (有圖為証)，那時候還是居高臨下的「雞蛋中心」(基因體與蛋白體研究中心) 深夜留下做實驗的人拍到的，消防車也是他們在看到分生所頂樓失火後打電話報警叫來的。 今晚，災星再次照耀中研院分生所，儘管因為寒流來襲，整天都在下雨。

今晚約六點半鐘，我和育修及沛之從實驗室走出，到老家牛肉麵館吃「ㄅㄧㄤˋ ㄅㄧㄤˋ 麵」。在等待上麵的時候，忽然聽到消防車警鈴大作的聲音，不是由遠到近的那種，而像是突然在耳邊響起。隔壁桌坐著四個看樣子也在中研院工作的人，其中一人就說了，「這麼近還要鳴笛？喇叭按一按，大門警衛就會放進去了。」大門警衛怎麼樣都不可能會攔下消防車的吧，何況消防車按喇叭也是規定要這麼做的吧，我心裡這麼想著。不過，中研院大門離台北市消防局舊莊分局才約百又五十公尺之遙。當時，心裡以為發生事故的地點是在院外，隔壁桌的人可能只是隨意猜想罷了。

等到吃完麵回來，也沒注意到分生所前面的消防車，天很黑，院內又沒有多少亮著的路燈，而那時也只是低著頭躲小水窪和躲雨。臨近生醫所大門，看到一堆人站在玄關，還以為他們是做完實驗要回去，站在生醫所大門外只是想等雨勢小後才動身。直到十點半鐘，從生醫所走出來才發現隔壁的分生所外站著一堆人。嗯，真的是一大堆人，還有兩三部消防車，分生所外頭還拉了像是警匪片中會有的封鎖線。就連生醫所外也停了一部消防蓄水車和一部名為「宇宙一號」的台北市消防局救護車。這時才知道消防車的目的地是多災多難的分生所。

向生醫所那位喜歡和美眉聊天的夜間警衛之後才知道事由。原來，在傍晚時，分生所傳出不明氣體外洩，於是消防車來了，分生所內的人被迫徹離，環保局的稽查人員也來了解原因。因此，分生所的人不是因此而回家就是在外頭痴痴地等。

等我走回租屋處才發現自已早上出門時又忘了將鑰匙給拿出來。於是又走回中研院取備份鑰，再次走出生醫所時已是晚上十一點半左右。這才看到分生所外的消防車正準備徹退，而分生所的人也陸續回到那多災多難的建築物裡。這一夜，還沒 結束呢。

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