老外筆記

2008/10/16

Adobe Flash Player 10 出爐了

嗯，難道我真是個宅男，連這種東西都要寫？還是只是為了寫東西不得不抓些垂手可得的東西抵數？

其實，都算啦！

Adobe Flash Player 10 聽說會盡量使用 GPU 來運算有關圖形的部分，相較起來，比起以前的版本對於 CPU 的負擔算是少得多。這個消息對我來說很不錯，因為我的 PC 上用的顯示卡很普通。而且，它對 GNU/Linux 的支援也比起以前的版本好多了。所以，用之何樂而不為呢？看 YouTube 時，CPU 風扇應該會比較小聲一點了吧？

若想知道更多有關 Adobe Flash Player 10 的新功能，可以到 ZDNet Taiwan 看看，或是上 Adobe 的官網閱讀更詳盡(更看不懂)的解說。

請享用！

補充 (2008/10/22)：
我的 PC 是 AMD64，上面灌的是 OpenSUSE 的 Linux 發行版，原本的 flash player 是 9.0。而新版 flash player 10 給 Linux 的 plugin 是 32 位元版的，和我的系統以及瀏覽器都不合，所以前一陣子都沒有更新過。
後來，有幸在網路上找到同為 openSUSE 使用者的部落格，黑眼珠2 幾乎很仔細地描述了 AMD64/OpenSUSE 系統上安裝的方法，按圖索驥也就能正常使用了。在我的電腦上真的感覺到新版 flash player 的暢快和平順。快下載使用吧。

Powered by ScribeFire.

ScribeFire 上傳圖片無法以聯結顯示

最近才發現一個有點嚴重的問題，是以前在 Blogger 線上寫 blog 時不曾發現的。

在線上寫 Blogger 時，上傳的圖片或是經由網路所聯結上的圖，可以在線上選擇大小，而且圖片會以聯結的型式呈現，雖然它只有三種大小可以顯示。在用 ScribeFire 離線寫 Blogger 時，圖片大小可以自由修訂，但是上傳後的圖片卻不再是「外聯」，而是「內建」。可聯的圖可以讓頁面長度小些，想要看大圖的人可以點選圖片另開新分頁/新視窗見大圖。而「內建」就無法改變大小了。

當然，這是「所見即所得」式編輯所造成的不便，若會使用網頁原始碼直接寫 Blogger，這種問題應該不存在。只是這樣一來要花的時間就變多了。有點兒討厭。

另外，最近有越來越多的網頁在顯示大圖時，會由小圖經由動畫呈現出大圖來，很炫！我也想要。不過，估計這要修改我 Blogger 的模版源碼了----唉，要什麼時候才能學會呀？

ScribeFire 目前並不支援多人編寫 Blogger 的同一個 blog。還挺可惜的，不然的話可以讓許多人使用同一台電腦或瀏覽器上傳文章應該是件不錯的事。或許原作者有些安全上的考量吧。

2008/10/15

Human papillomavirus (HPV)

其實，我要說的不是 HPV，而是 HPV type 5 E2 protein。碩士班剛入實驗室時，老師要我試著在 cell line 中表現 HPV-5 E2 蛋白。於是乎，我便做了兩個 expression plasmids 好在 Tet-off/Tet-on system 中表現這個蛋白。一般來說，和人類癌症比較有關的是 HPV-16 和 HPV-18。而今年諾貝獎得主當初發現的正是 HPV-16。我們之所以選 HPV-5 E2 是因為這個蛋白質上面有很長的，喔不，是非常長的 SR-rich region (RS domain)，比一般 SR protein 上的 RS domain 還要長。老師本身就對 SR protein 很有興趣，所以才會做到這東西。否則，再怎麼樣都不大會和病毒打交道，即使只是它的其中一個基因產物。而我沒做出來。在實驗室常用的 Tet-off HeLa cell line 中無法表現出來。我本來很鬱悶，結果，在聽到了其他實驗室成員 (當時是諸位學長與學姊) 也沒能用其他方法在任何 cell lines 上表現出來之後我就比較寬心些。後來，我就換題目了。到現在，好像也沒聽說有哪間實驗室能做出可以表現 HPV 的 cell line。真是難搞！嗯，其實，我是想要在這一篇文章中打廣告：

The Federation of Asian and Oceanian Biochemists and Molecular Biologists, Inc.

這個組織在本月份的 23~25 日，於陽明大學舉辦研討會。其中，就有一個 section 將討論有關 RNA 的東西。這對我們研究 RNA 的實驗室來說是個相當難得的會議。有興趣的人就來聽聽吧。我們老師和她博士班時期的老闆，中研院分生所的鄭淑珍老師，在這次會議上都會給個題目發表演說。

上個星期就聽老師說到這會議了。只不過，在陽明大學的首頁和研討會訊息的相關聯結中一直找不到有關會議的一點訊息。反而是在有人到首頁上的「國際交流中心」聯結才在一個不起眼的角落中找到它的蹤影：

2008/10/13

蟯蟲病毒

今天看到一則令我感到好笑又好氣的新聞。原圖是從 Yahoo!/奇摩和中時電子報上弄下來的。

話說，一直以來我只聽說過蠕蟲病毒 (事實上一般認為蠕蟲和病毒是兩回事)，從沒聽過「蟯蟲病毒」這東西。下回不曉得是不是會多了「鈎蟲病毒」、「線蟲病毒」、「滴蟲病毒」。說不定還有「電腦後天防護不全症候群」的病毒出現呢。

Install Gimp-2.6

以下僅為個人安裝新版 GIMP 的過程，是 Linux 小白的白癡安裝法。

GIMP-2.6 是繼 2.4 版後的最新版本，最近才發佈。

在 openSUSE 11.0 的 official repository 中只有 2.4 版。所以，我先是下載了 2.6 版的原始檔。在嘗試著編譯的過程中，想當然地會免不了需要我再安裝其他的必需檔案，所以，在正式編譯之前，我花了一些時間透過 yast2 下載並安裝那些必需檔。在看過了 INSTALL 上的說明之後，我發現我得要先把已安裝的 2.4 版給移除才行，要不然，試著將新 gimp 的 prefix 設在其他地方也行，如後來設定成 --prefix=/usr/local/bin。在我嘗試著由 yast2 移除 gimp-2.4 的摩門特，它竟然想要偷渡 gimpshop。這當然不行啦！所以，後來我才會想讓新舊版的 gimp 都存在在電腦裡。

OK，在花了將近一小時 configure、make clean、make 和 make install 之後，gimp-2.6 binary 檔果然出現在 /usr/local/bin 中。我以為這樣就行了。結果，原來的 gimp-2.4 是能夠正常開啟，gimp-2.6 卻遭遇到了 libgimp dependency 的問題。電腦告訴我，開啟 gimp-2.6 時所用的不應該是 libgimp-2.4.x 的版本。我愣了一下----上哪兒找 libgimp 檔呀？ Yast2 上根本沒這傢伙啊。

在 google 了一陣之後 (keyword: "suse, gimp-2.6")，發現一些國外論壇提到可以在 openSUSE 的資源庫 (repository) 中找到新 gimp-2.6 的 rpm 檔。在我興沖沖地下載了這些 rpm 檔後，我又傻眼了，因為它們 (rpm 檔) 有相依性問題 (dependency)，而我不大懂得要怎麼解決這東西。所幸，後來又找到一種方法，openSUSE 的 one-click installation。在 openSUSE 的 software search 網上找 gimp-2.6，就能找到無痛安裝的方法。更！害我白花了一個小時在搞升級。原本還以為會有點兒進入自由軟體世界悠遊的自信心，結果，這地方果然不是隨便什麼人都能進來的。
還好，最後還是裝好了。下面秀些圖：

這是開啟過程

這是編輯圖時的樣子

雖然 2.6.0 的正式版在本月初就發佈了，不過，官方網站上卻已經有 2.6.1 版供人下載。可能有些小問題存在，所以這麼快就發了更新檔。

2008/10/11

[網站簡介] LinuxTOY

自從灌了 GNU/Linux 之後，我便經常地需要逛些有關 GNU/Linux 的論譠或是發行版的官方/非官方網站。一來是這個作業系統在操作上不是那麼平易近人，而且，對於中 Windows 毒頗深的人來說，軟體硬體上的「經常性不支援」也是個令人頭痛的問題。所以，上網找答案或是找個「好人」是解決問題的方式。

對於一個相當於是宅男的人來說，自是 DIY 會比較自然些。可以網海無涯，要上哪兒找有意義或者是一針見血的評論或帖子呢？除了 google 排行在第一頁的那些網站有機會成為正主之外，一些相關文章的聯結更會透露出個蛛絲馬跡來。

LinuxTOY 是我常逛的一個論譠，一個大陸人弄出的類似部落格的地方。經常會有關於 Linux 的相關新聞出台，包括軟體的更新。比起 Linux Today 這個芵文網站來說，LinuxTOY 相當地簡潔，幾乎只講重點，而不像 Linux Today 一樣有時廢話一大堆。

2008/10/07

Adenovirus type 5, E1A: splicing patterns

很多涉及 alternative splicing 的 RNA-binding proteins 實驗都會選一些古早時期便在使用的 splicing assay minigene 來當作 general effectors。例如 adenovirus 的 E1A minigene, 或是 nucleolin 1 (NOL1/P120) 的 intron F minigene 等等。E1A 常表現出的是所謂 9S (distal), 12S, 以及 13S (proximal) 的 splicing patterns (見下圖)。不過，偶爾也會有極少數的 10S 和 11S 的產物。

為了讓自己好找，所以在參考了原始 paper 給的資訊，加上實驗室經過定序之後的結果，我將 splicing patterns (圖摘自 EMBO journal, 1987, 6: 2027) 中在 splicing junction 兩旁的 exon sequences 給畫在 splicing patterns 圖上，一目瞭然 (其實是懶得再重畫一張美美的)。我們實驗室用的就是 human adenovirus type 5 的 E1A minigene。

Type 5 Human Adenovirus E1A Splicing Patterns

2008/10/03

[網站簡介] Eureka! Science News

Eureka! Science News 這個網站是我從科景 (Sciscape) 網頁得知的。其他介紹內容可以點選科景的網頁連結觀看。

按科景上的消息來看，這網站是一位加拿大人 Michael Imbeault 在就讀於 Universite Laval 研究生時所做，網齡還不到一年。

網頁內容主要是呈現最新科學新知為主的新聞介紹網站。不曉得會不會被告。因為它是用機器人去科學雜誌網站上抓各類科學新聞下來，然後秀在自家網站上，而不只是列出新聞出處而已。由於這個網站上的新聞是「即時」公告的，所以，理論上來說，新出爐的科學研究可以很快地以平民化的語言周知大眾。有點兒像是 Scientific American 的新聞，只是少了類似回顧/評論之類的專文，可以將它看做是進階英文版的科景。這個網站內容包含有 Science, Nature, NASA 等知名科學雜誌或組織的新聞，因此，非常具有可看性。

我呢，則是把自己的 Firefox 首頁設成 e! Science News。實驗室開會時會有新論文介紹，所以，可以將它當做是參考來源，看看有哪些有趣又新奇的東西可以拿來介紹給大家。

純文字的 line-end 問題

最近在改寫一部分自已網頁上的 CSS，上傳到 Google Page 這個免費網頁空間後發現了一些問題。

原本的網頁原始碼都是在 Windows 或 Fedora 5 上寫的。在 Windows 上，那時還沒考慮到編碼 (file encoding) 的問題和所謂 line-endings 的東西。所以，那時後將網頁上傳到 Yahoo 或 PCHome 的免費網頁空間時，沒有怪問題。而後來投入 GNU/Linux 的懷抱後 (題外話，因為部落網站上傳資料和 Picasa、GenoPro 等軟體的關係，又把 Windows 加找了回來)，偶爾還會修改一下 html/CSS 內容，也沒發現有多大問題。在 Fedora 或 SuSE 上，不論是用 gEdit 或 Kwrite/Kate 寫碼字，上傳到網路上也不曾發現過類似問題。而且，後來我都是設定"編碼/行尾" (encode/line-end) 為 UTF-8/Unix。

現在，手上有了 Mac OSX，在使用 Smultron 或 TextWrangler 寫 CSS 時，設定的都是 UTF-8/Unix，。可是 CSS 檔上傳到 Google Page 後，網頁顯示就有問題了，像是沒有設定任何 style 一樣。一開始檢查 file encoding 是否有誤時，我曾將每個檔案都看了一遍，結果都是 UTF-8，所以應該不是編碼的問題，而且一般編碼問題都是以亂碼的型式表現出來，不是什麼都沒有或編排錯誤。我也忘了後來是怎麼懷疑到 line-endings 的問題上。而 line-endings 有分 Unix/Mac OSX (LF), Mac (CR), Windows (CR/LF) 三種。選 Windows (CR/LF) 就對了。這種情況還真是可惡啊！

秀個圖，在 Sumltron 上的偏好設定中，line-end 設定找不到 Windows 字樣，作者寫成 Dark Side，哈哈！