蟯蟲病毒

今天看到一則令我感到好笑又好氣的新聞。原圖是從 Yahoo!/奇摩和中時電子報上弄下來的。

話說，一直以來我只聽說過蠕蟲病毒 (事實上一般認為蠕蟲和病毒是兩回事)，從沒聽過「蟯蟲病毒」這東西。下回不曉得是不是會多了「鈎蟲病毒」、「線蟲病毒」、「滴蟲病毒」。說不定還有「電腦後天防護不全症候群」的病毒出現呢。

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Install Gimp-2.6

以下僅為個人安裝新版 GIMP 的過程，是 Linux 小白的白癡安裝法。

GIMP-2.6 是繼 2.4 版後的最新版本，最近才發佈。

在 openSUSE 11.0 的 official repository 中只有 2.4 版。所以，我先是下載了 2.6 版的原始檔。在嘗試著編譯的過程中，想當然地會免不了需要我再安裝其他的必需檔案，所以，在正式編譯之前，我花了一些時間透過 yast2 下載並安裝那些必需檔。在看過了 INSTALL 上的說明之後，我發現我得要先把已安裝的 2.4 版給移除才行，要不然，試著將新 gimp 的 prefix 設在其他地方也行，如後來設定成 --prefix=/usr/local/bin。在我嘗試著由 yast2 移除 gimp-2.4 的摩門特，它竟然想要偷渡 gimpshop。這當然不行啦！所以，後來我才會想讓新舊版的 gimp 都存在在電腦裡。

OK，在花了將近一小時 configure、make clean、make 和 make install 之後，gimp-2.6 binary 檔果然出現在 /usr/local/bin 中。我以為這樣就行了。結果，原來的 gimp-2.4 是能夠正常開啟，gimp-2.6 卻遭遇到了 libgimp dependency 的問題。 電腦告訴我，開啟 gimp-2.6 時所用的不應該是 libgimp-2.4.x 的版本。我愣了一下----上哪兒找 libgimp 檔呀？ Yast2 上根本沒這傢伙啊。

在 google 了一陣之後 (keyword: "suse, gimp-2.6")，發現一些國外論壇提到可以在 openSUSE 的資源庫 (repository) 中找到新 gimp-2.6 的 rpm 檔。在我興沖沖地下載了這些 rpm 檔後，我又傻眼了，因為它們 (rpm 檔) 有相依性問題 (dependency)，而我不大懂得要怎麼解決這東西。所幸，後來又找到一種方法，openSUSE 的 one-click installation。在 openSUSE 的 software search 網上找 gimp-2.6，就能找到無痛安裝的方法。更！害我白花了一個小時在搞升級。原本還以為會有點兒進入自由軟體世界悠遊的自信心，結果，這地方果然不是隨便什麼人都能進來的。
還好，最後還是裝好了。下面秀些圖：

這是開啟過程

這是編輯圖時的樣子

雖然 2.6.0 的正式版在本月初就發佈了，不過，官方網站上卻已經有 2.6.1 版供人下載。可能有些小問題存在，所以這麼快就發了更新檔。

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[網站簡介] LinuxTOY

自從灌了 GNU/Linux 之後，我便經常地需要逛些有關 GNU/Linux 的論譠或是發行版的官方/非官方網站。一來是這個作業系統在操作上不是那麼平易近人，而且，對於中 Windows 毒頗深的人來說，軟體硬體上的「經常性不支援」也是個令人頭痛的問題。所以，上網找答案或是找個「好人」是解決問題的方式。

對於一個相當於是宅男的人來說，自是 DIY 會比較自然些。可以網海無涯，要上哪兒找有意義或者是一針見血的評論或帖子呢？除了 google 排行在第一頁的那些網站有機會成為正主之外，一些相關文章的聯結更會透露出個蛛絲馬跡來。

LinuxTOY 是我常逛的一個論譠，一個大陸人弄出的類似部落格的地方。經常會有關於 Linux 的相關新聞出台，包括軟體的更新。比起 Linux Today 這個芵文網站來說，LinuxTOY 相當地簡潔，幾乎只講重點，而不像 Linux Today 一樣有時廢話一大堆。

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Adenovirus type 5, E1A: splicing patterns

很多涉及 alternative splicing 的 RNA-binding proteins 實驗都會選一些古早時期便在使用的 splicing assay minigene 來當作 general effectors。例如 adenovirus 的 E1A minigene, 或是 nucleolin 1 (NOL1/P120) 的 intron F minigene 等等。E1A 常表現出的是所謂 9S (distal), 12S, 以及 13S (proximal) 的 splicing patterns (見下圖)。不過，偶爾也會有極少數的 10S 和 11S 的產物。

為了讓自己好找，所以在參考了原始 paper 給的資訊，加上實驗室經過定序之後的結果，我將 splicing patterns (圖摘自 EMBO journal, 1987, 6: 2027) 中在 splicing junction 兩旁的 exon sequences 給畫在 splicing patterns 圖上，一目瞭然 (其實是懶得再重畫一張美美的)。我們實驗室用的就是 human adenovirus type 5 的 E1A minigene。

Type 5 Human Adenovirus E1A Splicing Patterns

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[網站簡介] Eureka! Science News

Eureka! Science News 這個網站是我從科景 (Sciscape) 網頁得知的。其他介紹內容可以點選科景的網頁連結觀看。按科景上的消息來看，這網站是一位加拿大人 Michael Imbeault 在就讀於 Universite Laval 研究生時所做，網齡還不到一年。

網頁內容主要是呈現最新科學新知為主的新聞介紹網站。不曉得會不會被告。因為它是用機器人去科學雜誌網站上抓各類科學新聞下來，然後秀在自家網站上，而不只是列出新聞出處而已。由於這個網站上的新聞是「即時」公告的，所以，理論上來說，新出爐的科學研究可以很快地以平民化的語言周知大眾。有點兒像是 Scientific American 的新聞，只是少了類似回顧/評論之類的專文，可以將它看做是進階英文版的科景。這個網站內容包含有 Science, Nature, NASA 等知名科學雜誌或組織的新聞，因此，非常具有可看性。

我呢，則是把自己的 Firefox 首頁設成 e! Science News。實驗室開會時會有新論文介紹，所以，可以將它當做是參考來源，看看有哪些有趣又新奇的東西可以拿來介紹給大家。

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純文字的 line-end 問題

最近在改寫一部分自已網頁上的 CSS，上傳到 Google Page 這個免費網頁空間後發現了一些問題。

原本的網頁原始碼都是在 Windows 或 Fedora 5 上寫的。在 Windows 上，那時還沒考慮到編碼 (file encoding) 的問題和所謂 line-endings 的東西。所以，那時後將網頁上傳到 Yahoo 或 PCHome 的免費網頁空間時，沒有怪問題。而後來投入 GNU/Linux 的懷抱後 (題外話，因為部落網站上傳資料和 Picasa、GenoPro 等軟體的關係，又把 Windows 加找了回來)，偶爾還會修改一下 html/CSS 內容，也沒發現有多大問題。在 Fedora 或 SuSE 上，不論是用 gEdit 或 Kwrite/Kate 寫碼字，上傳到網路上也不曾發現過類似問題。而且，後來我都是設定"編碼/行尾" (encode/line-end) 為 UTF-8/Unix。

現在，手上有了 Mac OSX，在使用 Smultron 或 TextWrangler 寫 CSS 時，設定的都是 UTF-8/Unix，。可是 CSS 檔上傳到 Google Page 後，網頁顯示就有問題了，像是沒有設定任何 style 一樣。一開始檢查 file encoding 是否有誤時，我曾將每個檔案都看了一遍，結果都是 UTF-8，所以應該不是編碼的問題，而且一般編碼問題都是以亂碼的型式表現出來，不是什麼都沒有或編排錯誤。我也忘了後來是怎麼懷疑到 line-endings 的問題上。而 line-endings 有分 Unix/Mac OSX (LF), Mac (CR), Windows (CR/LF) 三種。選 Windows (CR/LF) 就對了。這種情況還真是可惡啊！

秀個圖，在 Sumltron 上的偏好設定中，line-end 設定找不到 Windows 字樣，作者寫成 Dark Side，哈哈！

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很逗的一篇新聞

Yahoo!奇摩引中廣新聞網.... 乍看之下真覺得很莫名奇妙。如果忽略掉了這則新聞的第一句的話，一時間還真可能會以為是件靈異新聞呢。

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Firofox 的擴充套件: ScribeFire

ScribeFire 是可用來離線寫部落格用的小程式。是 Firefox 的擴充套件之一。

以前在使用 Windows 時，寫部落格可以用一些網站專用的離線程式寫寫東西，而且是所見即所得的那種。如微軟的 Windows Live Writer、或是Zoundry 等等。而在 Linux 上也有一些很陽春、功能時好時不好的軟體可以用。但 Windows Live Writer 只能在微軟的 My Space 上加東西，對於像是 Blogger 等其他網站的部落格並不支援。而 Zoundry 則是可以寫 Blogger 等眾多知名部落格 (不算台灣知名的無名、樂多、PCHome 和 Pixnet等)。

而在 Mac 上，能用的、而且免費寫在 Blogger 上的似乎就只有 ScribeFire 了 (因為我用 Blogger)。它就和 Zoundry 一樣好用 (可惜 Zoundry 只能在 Windows 上使用)，只不過目前還有些小缺點就是了。像是無法真的貼上照片，雖然它旳功能選單上有貼照片這個欄位；它也無法加上類似「Powered by ScribeFire」的標韱，雖然它同樣有這功能選項 (新的更新已經修正了這個問題)。此外，其他功能對我來說不是很正常就是暫時用不到，所以，寫部落格就非它莫屬了。

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同名同姓又同校

最近民視新聞有個「同名同姓、同分又同校」的消息，見出處。

考高中同分(288分)的兩人，不僅同名同姓(曾薇庭)，還分發到同一所學校(國立武陵高中)。這要多大的緣分才會發生啊，其中一位曾同學的母親還說要認另一位曾同學為乾女兒呢。

這不禁讓我想到我國中分發班級時所發生的類似的事情：
在國一剛開學時有個實力測驗。我這個剛從鄉下跑到大都會區的小子雖然自認不是很頂尖，但是就成蹟來說不至於太差。可是，當考試成蹟出來時，我被分到男生班的第十一班，而全校一年級新生的男生班也不過十三個班而已，每個班級都有約五十個人左右。可想而知，這個消息實在是令人消沉。

第一天上課時，我幾乎快上不下去了。等到班導師來班上點名時發現，班上人數似乎與點名單上顯示的不一樣。於是在一一唱名時才發現多了一個人----我和另外一位和我同名同姓的同學被叫出來詢問誰才是應該留下、誰才要離開？我當時快嚇壞了，心想我的確是有報名考試和註冊的，所以有問題的應該不是我。搞到後來，老師也沒辦法，只得拎著我們兩個人到教務處查查是怎麼一回事？結果發現，是我看錯榜單了，我應該被分到男生第一班。呵呵，頓時間有種從地獄飛到天堂的感覺，在飄飄然了一陣之後才醒來向原來的班導敬了個禮後道謝後走去男生第一班的教室。連我自己看錯和在進教室後因為遲到而被老師唸了一下的事情都變得雲淡風輕了。

而到大學聯考的當年，和我同名同姓的老生一共有五位。這不算什麼。畢竟我不是叫志明、建雄之類的菜市場名字。

今年的北京奧運，大陸跳水女將郭晶晶也很有名，她不但暨上屆奧運得冠後又拿了個第一名的奧運金牌，在中國大陸也同樣也數千名郭晶晶出現呢，見新聞出處。

我的 Firefox 3 擴充套件

嗯，這一篇應該算是湊字數用的。許多人都喜歡將自己瀏覽器上加的東西都放在部落格上，一來顯擺，二來還能達到推廣的作用。

這是 firefox 的首頁圖案

Firefox 3 在我來說比起其他瀏覽器算是優秀很多。一則記憶體的占用比在 firefox 2 時期還要少，啟動速度和開啟網頁的速度也快很多。加上有很多的擴充套件可以用，又能盡量避免釣魚網頁的影響，比起 Windows 上的 Internet Explorer 和 Apple/Mac 的 Safari 好很多。比它稍差一些的是 Opera 這一款也是跨平台的瀏覽器。

我 Firefox 3 上的擴充套件如下：
Adblock plus --
可以用來擋網頁的廣告，還能設定要擋下哪些個廣告呢。Opera 上可比擬的有 block content。
DownloadHelper --
可以下載網頁上的 flash 動畫或是影片。預設是 .flv 檔。
Easy DragToGo --
可以將選取的文字在原網頁上，輕輕拖動後以自定的搜尋引擎找網頁。或是將連結於分頁或新視窗中開啟。再來是將滑鼠點到的照片以輕輕拖動方式下載到預設目錄底下。
Flashblock --
現在很多網頁上都會放上許多以 flash 制作的廣告。這些東西很煩人又會拖慢網頁速度。使用 flashblock 後就能預先阻擋那些 flash 檔。
Image Toolbar --
這是一個模仿 IE 上的圖片小工具。只要滑鼠移動到照片上，就會有五種選項出現，如下載、檔案資料、列印等等。
Image Zoom --
可以放大或縮小網頁上的圖片。
NoScript --
我是因為安全和開啟網頁速度上考量才使用這套件。主要是可以使網頁不呈現 javascript 或 Java 的內容。至於其他 script，如 Perl 或 PHP 等是否也在阻擋之列我就不曉得了。它也能擋下 adobe flash 及 微軟 silverlight 的內容。
PDF download --
下載 PDF 時的小小管理工具。對經常下載 PDF 檔案的研究人員來說算是個不錯的控制工具。
PicLens --
看圖片的超炫工具。尤其是看 Picasa、Flickr和無名正妹牆，更是一大享受。目前並不支援 Linux 系統。
ScribeFire --
離線寫 blog 的套件。我寫 blogger 時就用這東西。不過，目前看來，在從電腦上傳照片一事上還有待改進。
Stop or Reload Button --
將 firefox 的停止和重啟兩個按鈕給統一起來。可以節省空間。
Tab Mix Lite CE --
設定開啟分頁模式的工具。
Web Developer --
網頁開發者的好工具。也是下載防右鍵網頁照片的好物。

當然，除了以上這些之外，還有非常多其他好玩的套件。只是，我不想裝罷了，如果裝太多東西，firefox 就會開始肥了，網頁開啟也會慢下來。