再灌回 openSUSE linux

前一兩年用的是 Fedora。而在這之前有用過 openSUSE 和 Ubuntu 等。

我算得上是娛樂導向的電腦使用者， 而且覺得要是電腦上無法聽到音樂、 無法看電影， 那這種系統可以被我淘汰了。本來， 我是想要灌 UbuntuStudio 這一款重影音的發行版， 加上適逢長期支援版本剛發佈， 所以 Ubuntu 8.04 系列的 distribution 似乎很值得期待。 不過， 在我安裝的過程當中一直出現問題， 要嘛不是說光碟燒壞了， 要不然就是灌到最後重開機時， 出現了 Grub Error 15 的字眼 -- 無法找到某 個開機過程中的重要檔案。 我不是 Linux hacker， 所以， 這種比較深入的問題就足以讓我「當機」。而且，我的顯示卡也不是高級貨，CPU 也只是 Athlon 64 3000+，所以很可能跑不了許多影音和影音編輯軟體。

大約在一個月前， openSUSE 發佈了 11.0 beta 版， 這讓我又對 SUSE 感興趣了，目前的版本是 10.3。因為它社群背後的大老闆是剛和微軟達成許多協議的 Novell。所以， 在影音編碼上的支援度有可能會比較好， 在灌的過程中比較不需要太傷腦筋。事實上， 除了要花一些時間安裝系統本身和更新之外， 對於像是 adobe flash player、 adobe pdf reader、mp3 codecs、 picasa 等非開源軟體的安裝來說， 相比於以往， 現在幾乎是無痛安裝了。

我有 Google Picasa Web Album， 而且以前還有微軟 XP 的時候， 我就喜歡上了這個好用的軟體， 再加上我偶而也會拍幾張照片， 因此， 有個像是 Picasa 一般好用的圖片管理和編輯軟體是不可少的。 今年， Google 出了 Picasa for linux 版本， 雖然不是原生版， 它還需要 wine 來模擬 Windows 的環境， 不過， 能用就好。 而且新版本 (2.7.*) 也增加了將電腦中的照片上傳到 Picasa Web Album 的功能， 這大大的好啊。 我只下載了給 SUSE 的包裝檔， 然後安裝時 SUSE 便自動在 YaST 上幫我解決了 dependency 的問題， 真是免煩惱啊。

接下來看影片聽音樂的好幫手， VLC， 就按照網頁上的方式就可以安裝完成。 至於其他 codecs 的問題， 我是在嘗試著要打開 mpeg 檔等的時候， 因為 openSUSE 的安裝光碟上不會附贈 codecs 但是它會嘗試著要連結至 openSUSE community (OSC) 的網頁， 上面顯示的也有無腦安裝法。非常容易就能讓人在灌完後吃遍電腦中的絕大部分影音檔。

其他灌 openSUSE 中的其他東西， 等我有空後會再上來說說。 對了， 那個 KDE4 千萬不要選成預設桌面啊， 會哭的。 我就是因為 session 的選項中有 KED4， 所以就選擇了它。 可是， 它唯一有用的就是 terminal。而且， terminal 下我不曉得要如何 logout (在 openSUSE 上， logout 完全無用)， 只會下 shutdown 的指令。 後來還是東找西找了一些和桌面管理有關的檔案後才得以解決無法換回 KDE3.* 和其他桌面端的問題： 在家目錄下有個「.dmrc」， 我是將它內容中的 session = kde4 改成 kde 就行了。之後重開啟， 它進入的就是 KED3.* 了， 而不是無用的 KDE4。

另外， 我除了喜歡用 Firefox 之外， 還常用 opera 這個瀏覽器。 可是， 以往使用 opera 時， 我都無法正常地在 scim 下輸入中文， scim 甚至叫不出來。 不過， openSUSE 10.3 倒是幫我解決了這個難題。還有就是 Dvorak 和 行列輸入也不相衝了， 不需要我再到處下載其他 patch 之類的檔案解決這東西。

Opera for Linux 無法輸入中文

最近下載使用了 Opera 9.5 beta2 版本，對一些網站的呈現很是迅速。可惜，網路上說明的異版本和修改檔案法都無法讓我的 opera 乖乖地接受中文輸入，這讓我非常地受傷……

問題在於，我無法在 opera 中叫出中文輸入法，只能用英文。

而且，令人傷腦筋的是，我中文輸入是用行列，英文則是用 Dvorak 的鍵盤排列。在使用 gcin 時，行列會隨著 Dvorak 的設定而更動。我只得使用 scim 了。可是，網路上的人說了，opera 和 scim 不對頭，因此，本題目前無解。

還好，Firefox 3.0 beta5 比起之前任可版本都好用，速度快了不說，連向量圖也能比較正常的呈現。以後網站上的圖 (除了照片之外)，或許可以考慮用向量圖了，減少失真的問題。

Firefox 的華麗畫面套件：Personas

這是一個讓人心情好的套件－－除非電腦跑得很慢。

Personas for Firefox 目前還未正式推出，它被放在 Mozilla 的程式實驗室中。只要按下網頁中的圖 (如下圖)， 套件就會開始安裝。

安裝完，它會在 Firefox 的左下方有個小圖，點選它之後可以選很多種圖案。

以下是我喜歡的幾種樣式：

Create PDF using virtual printer: CUPS-PDF

在 Windows 和 Mac 的系統中有很多軟體可以將文件輸出成 PDF 檔。
我窮，而且不喜歡功能太多又得付錢的軟體。有些免費/共享軟體又喜歡在製作的 PDF 檔案加上一些有的沒的額外圖案。

在這裡要推介一款實用的、可以將文件轉成如 A4 尺寸 PDF 檔的軟體：CUPS-PDF。
其專案網頁在：http://freshmeat.net/projects/cupspdf/ 。
Linux 下的使用方法請參照：http://www.ubuntu.org.tw/modules/newbb/viewtopic.php?post_id=18326 。
Mac 下的使用方法請參照：http://blog.roodo.com/droger/archives/2894303.html 。

我經常需要下載論文 PDF 檔。而有越來越多的期刊社喜歡在論文的前面加上一頁說明，這對要看論文的我來說很是果擾，比如在電腦上經常得要翻到第二頁才是正文的部分。而且，有需要列印出來時，又得手動將第一頁的廢話頁排除掉。可是 Linux 和 Mac 下的似乎沒有免費軟體可以以頁數為單位將 PDF 檔的某一頁給刪除掉。
後來，我找到了 CUPS-PDF 這個虛擬印表機軟體。它有 Linux 版和 Mac 版。安裝完成後會直接建立虛擬印表機。而我的問題可以在以任何 PDF Reader 開啟 PDF 檔後用 CUPS-PDF 列印出該 PDF 文件的頁次，而列印出的文件自然是另一份 PDF 檔。這樣就能達到刪除某頁 PDF 的目的。
至於合併文件？這我還要再想想。

另外，Mac 上有一款軟體叫做 Yep。是個專門用來管理 PDF 文件的好物之一 (它要錢……)。它能在瀏覽器上以按鈕的型式存在，在需要將某個網頁列印成 PDF 檔時，只要按一下該按鈕，它就能將網頁整個列印成原網頁的樣子，而不會自動分頁成一張張的 PDF 檔。對習慣看網頁的人來說，可以將整個網頁存成 PDF 後再慢慢瀏覽是一件很幸福的事吧。可惜，不曉得有沒有類似的、免費的軟體可以用在 Linux 上。

Blogged with the Flock Browser

農民曆

某一日，老師走到實驗桌前，先是嘆了一口氣後問：「唉，你們誰有農民曆啊？」
眾生：「……」
師：「誰幫我看一看今天適不適合 submit paper 啊？」

Picasa for Linux 最新版

目前可以下載到的是 Picasa 2.7 for Linux Beta 版本。和前一版一樣是透過 wine 來模擬 windows 的環境運行的，所以，在效能上會有明顯的緩慢現象。
不過，令人興奮的是它終於和在 Windows 中 2.5版以上的 Picasa 支援將照片上傳到 Google 的 Picasaweb 上。今天才看到有人說起 f-spot 也能將照片上傳到 Picasaweb，我都不曉得。之後再下載 f-spot 試試。
我 PC 上的是 Fedora 7 (AMD64)，配上一個極為普通的獨立顯示卡和平價入門級的 CPU (Athlon 64 3000+)，跑起 Picasa 2.7 來還是很快。只有在碰到大小超過 2MB 以上的圖檔時才會有明顯地減慢。

結論是，很爽！

siRNA設計的注意事項

事實上這一段是老闆整理過的東西。放在這兒讓我自個兒不至於忘掉：

Rules:
1) low G/C content (36~52%)
2) at least 3 A/U bases at positions 15~19 (sense strand) [A at position 19 is more prefered]
3) sense strand base preferences: 3(A), 10(U), 13(not G), 19 (A or U)

References:
1. Nat Biotechnol. 2004 Mar; 22(3): 326-330. Rational siRNA design for RNA interence.
2. Dharmacon, Inc.

Dharmacon 網站上可以貼上已知序列或以 NCBI 上 nucleotide 的 Accession Number 做為序列來源，讓網站替人計算可用的 siRNA。一般來說，所得 score 越高，越符合規則。但是，效果如何確無從判斷了。

我們這裡不是hotel

今天，收到行政單位的一封信，如附圖。

唉。當研究生或助理還是會累啊。有時候會想要找個安靜一點兒的地方小瞇一下，有椅子的交誼廳、休息區自然是上上之選。小瞇一下過後，更有精神做實驗了。當然，有時候躲老闆那裡也是個不錯的逃亡地點。

如今，連睡個小覺都不行了。

Fedora 7 + Beryl

最近桌面系統似乎以秀特效為上。說實話，很炫、也很賞心悅目。所以，我也跟著俗套了起來。至少系統效能沒差到讓人抓狂的地步。

圖一是透明效果。我設定成在移動視窗時或是按住標題列才顯現出透明效果。



第二張圖嘛，顯而易見的是模仿 Mac OSX 的 Expose 效果。雖然視覺上的精緻度不若 Expose，不過，它在每個視窗右下方還加上了 icon，算是別出心裁。









圖三則是 Mac 所沒有的類似「轉場」的效果。它將所有視窗以類似 3D 排列的方式呈現，排在最前方的能被放亮並顯得最大。快速鍵是微軟鍵和 Tab 的 組合鍵。





最後一張圖嘛，和目前 Vista 下最簡單的視窗轉換效是是一樣的。甚至連 Mac 系統也有同樣的效果。

Firefox: 改變套件相容性的設定

我常用 firefox (fx) 和 opera (op) 上網。在 Linux 下，opera 無法用正常行列輸入法 (Dvorak鍵盤配置) 輸入----或許有，但是可能要更動的方法不是我這種初學 linux 的人可以找得到路徑的。

除此之外，有些網頁我常會在 firefox 下看一看之後想轉到 opera 下觀看。Firefox-2.0.0.5 版並不支援使用 operaview 這個小套件，而且我也不會改程式。只得用其他方法了。

網路上提供的法子有很多種。其中一種是再加上某個套件，而這個套件可以針對某個套件相容性與否做細部設定。而我比較喜歡另一種。

* 在網址列打上「about:config」。
* 在各項細部列表中的空白處點右鍵，選擇增加「布林值 (Boolean)」。
* 在跳出來的框框中輸入「extensions.checkCompatibility」。
* 再接下來出現的框框中輸入「false」。

如此一來，就能讓瀏覽器跳過偵測套件相容性的步驟，使原本不相容於新版瀏覽器的套件能夠正常使用。不過，既然預設了相容性偵測，那可能就和程式的安全性或穩定性有關，所以，使用這方法規避相容性檢測就要小心一點。