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2008/12/01

RNA-binding proteins and their interacting sequences

唔,這篇是用來記下一些腦子經常會忘掉但又常用的東西。

有越來越多的証據顯示 RNA-binding proteins 大多有其專一性結合的 RNA 序列,即便是 ESE finder 網站上的 SR proteins,也都有各自的 RNA 結合序列。以下的表格只是稍微統整一下手上的資料。以後若有更新的資料,我會再追加。



RNABP 和 RNA seq


RNA 序列是以 IUPAC 的符號來表示:
[A/G: R]、[A/T: W]、[A/C: M]、[T/C: Y]、[T/G: K]、[C/G: S]

在參考資料中,SR proteins 和 Nova 的 RNA 結合序列是由 SELEX 的方式得到。

參考資料:
Nature Reivew in Genetics, Vol 3: 285 (2002)
Nature Genetics, doi: 10.1038/ng.264 (2008)


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